分子动力学模拟的作用力分析方法、装置、和计算机设备

    公开(公告)号:CN118692576A

    公开(公告)日:2024-09-24

    申请号:CN202410880508.9

    申请日:2024-07-02

    Applicant: 清华大学

    Inventor: 高萍 柳嘉 杨广文

    Abstract: 本申请涉及一种分子动力学模拟的作用力分析方法、装置、和计算机设备。所述方法包括:获取当前进程的本地原子的数目和其对应的邻居列表,并基于所述当前进程的本地原子的数目,确定所述当前进程适配的各组邻接表的组数和分配内存值;将各所述本地原子进行分组处理,得到各原子组,并基于各所述目标原子组中的各本地原子对应的邻居列表、以及所有组邻接表的分配内存值,通过邻接表构建策略,构建各目标组邻接表;基于每个目标组邻接表、每个目标邻接表对应的各目标原子组、以及各所述本地原子的三维坐标,计算所述当前进程的各本地原子的分子受力结果。采用本方法能够提升分子动力学模拟各本地原子的分子受力结果的效率。

    数据计算方法、装置、计算机设备和存储介质

    公开(公告)号:CN111583382B

    公开(公告)日:2023-10-27

    申请号:CN201910124246.2

    申请日:2019-02-18

    Applicant: 清华大学

    Abstract: 本申请涉及一种数据计算方法、装置、计算机设备和存储介质。所述方法包括:通过获取输入数据,将所述输入数据输入计算模型,其中,所述计算模型至少包括缓存区,所述缓存区包括多个输入窗口,通过所述计算模型对所述输入数据进行处理,得到输出数据;其中,所述输入数据以数据流的形式顺序通过所述缓冲区的多个输入窗口。采用本方法能够通过设计多窗口缓冲区来实现高效的缓存机制,提高了计算输入数据的重用效率;在此基础上,进一步设计了两种并行的方法来实现多重核函数的封装,以及硬件压缩方法的设计,降低了算法对系统带宽的需求,增加了优化的灵活性并提高了计算效率。

    数据处理方法、装置、计算机设备和存储介质

    公开(公告)号:CN110865882B

    公开(公告)日:2022-07-08

    申请号:CN201810988672.6

    申请日:2018-08-28

    Applicant: 清华大学

    Abstract: 本发明涉及一种数据处理方法、装置、计算机设备和存储介质。应用于异构系统,异构系统包括第一处理器和第二处理器,第一处理器将每个待计算区域划分成外围区域和中心区域;采用预设的异构任务划分方法,第一处理器确定第一处理器的第一任务和第二处理器的第二任务;第一任务为处理所述外围区域的数据,第二任务为处理所述中心区域的数据;采用预设的浅水波方法,第一处理器和所述第二处理器分别执行相应的任务。采用不同的处理器处理不同的任务,使得各处理器处理数据的速度变高,进而使得不需要较高的计算机性能就能处理浅水波方法的数据,降低了对计算机性能的要求。

    超算云计算平台化管理方法和管理平台

    公开(公告)号:CN113254201A

    公开(公告)日:2021-08-13

    申请号:CN202110536095.9

    申请日:2021-05-17

    Applicant: 清华大学

    Abstract: 本申请提出一种超算云计算平台化管理方法和管理平台,涉及云计算技术领域,其中,超算云计算平台化管理方法包括:第一云计算数据中心接收外网客户端发送的数据请求;超云平台接收由第一云计算数据中心处理后的数据请求,其中,超云平台部署在第二云计算数据中心上;超算中心接收由超云平台处理后的数据请求并将其处理为简化指令,并根据简化指令调用超算中心的资源进行计算处理;第三云计算数据中心接收由超算中心的处理结果。采用上述方案的本申请解决了传统数据中心只提供云计算服务,对于国家高科技领域和尖端技术研究所需要的运算速度快、存储容量大的任务无法承担的问题,实现了超级计算机和云计算数据中心的数据互联和资源共享。

    数据计算方法、装置、计算机设备和存储介质

    公开(公告)号:CN111583382A

    公开(公告)日:2020-08-25

    申请号:CN201910124246.2

    申请日:2019-02-18

    Applicant: 清华大学

    Abstract: 本申请涉及一种数据计算方法、装置、计算机设备和存储介质。所述方法包括:通过获取输入数据,将所述输入数据输入计算模型,其中,所述计算模型至少包括缓存区,所述缓存区包括多个输入窗口,通过所述计算模型对所述输入数据进行处理,得到输出数据;其中,所述输入数据以数据流的形式顺序通过所述缓冲区的多个输入窗口。采用本方法能够通过设计多窗口缓冲区来实现高效的缓存机制,提高了计算输入数据的重用效率;在此基础上,进一步设计了两种并行的方法来实现多重核函数的封装,以及硬件压缩方法的设计,降低了算法对系统带宽的需求,增加了优化的灵活性并提高了计算效率。

    基于神威架构的气体动理学算法优化方法

    公开(公告)号:CN111104765A

    公开(公告)日:2020-05-05

    申请号:CN201911347763.2

    申请日:2019-12-24

    Applicant: 清华大学

    Abstract: 本发明提供的一种基于神威架构的气体动理学算法优化方法,优选地,包括若干核组;所述核组包括一个主核和64个从核;将数据层按照可用的核组数量划分为数量相当的若干数据块,一个核组负责一个数据块的计算;核组负责一个数据块的计算时,将数据块分割为若干数据子块,核组负责依次对所有数据子块进行计算;核组负责一个数据子块计算时,将数据子块分割为64个分块,核组的一个从核负责一个分块的计算。本发明依据神威架构的特点,充分利用神威架构的性能,将气体动理学算法与神威架构充分结构起来,提升并行效率,提高气体动理学算法的运算速度。

    数据中心/集群系统自组织的实现方法及系统

    公开(公告)号:CN107749867A

    公开(公告)日:2018-03-02

    申请号:CN201710792153.8

    申请日:2017-09-05

    Applicant: 清华大学

    Abstract: 本发明公开了一种数据中心/集群系统自组织的实现方法及系统,包括:根据实际需求,创建基于预定格式的初始描述文件;在所述数据中心/集群中选择管理工作机;以所述管理工作机为出发点在多个节点上启动微内核,自动收集所述微内核中的各节点的信息完善所述初始描述文件;根据定制开发的解释器,对完善后的描述文件进行编译解释,完成所述数据中心/集群系统的构建。本发明形成了一种与硬件平台、厂商、架构等等均无关的自动部署组织机制,通过对数据中心/集群系统进行描述定义,实现了系统运行的一致性、灵活性、个性化的统一。

    一种高速高分辨率图像数据存储方法、装置及系统

    公开(公告)号:CN107333080A

    公开(公告)日:2017-11-07

    申请号:CN201710375392.3

    申请日:2017-05-24

    Applicant: 清华大学

    Abstract: 本发明实施例提供了一种高速高分辨率图像数据存储方法、装置及系统,所述方法包括:识别可用的工作站,并获取各工作站的可用内存空间,将各工作站的可用内存空间划分为多个存储块;实时接收图像拍摄设备发送的图像数据,并将图像数据划分为多个图像数据分块;根据各工作站的可用内存空间的大小、图像数据分块的大小以及图像数据分块的数量,将图像数据分块发送至不同工作站的存储块中进行缓存;将各工作站中缓存的同一个图像数据的图像数据分块转存至图像数据存储设备。该装置用于执行上述方法,该系统包括图像数据存储设备、至少一个图像拍摄设备、至少一个工作站和该装置。本发明实施例实现了高速高分辨率图像数据的实时记录。

    一种用于地球系统模式耦合过程的高阶插值方法

    公开(公告)号:CN103019704B

    公开(公告)日:2016-02-24

    申请号:CN201210495395.8

    申请日:2012-11-28

    Applicant: 清华大学

    Abstract: 本发明涉及一种用于地球系统模式耦合过程的高阶插值方法,属于地球系统模式耦合技术领域,该方法分为两个部分,第一个部分根据网格A、网格B信息生成给定高阶插值算法的一阶形式的插值系数W′1,并形成一阶形式的插值系数文件;第二个部分利用网格A上的物理量数据通过插值系数W′1插值计算得到网格B相应的物理量数据;本发明按照高阶插值算法的计算表达式,结合偏导数系数和高阶插值系数,合成高阶插值算法对应的一阶形式的插值系数,应用该发明,已有的高阶插值算法可以应用于地球系统模式的耦合过程,进而提高插值结果的数值精度,潜在地对整个地球系统模式的模拟结果产生有利的影响。

    一种用于地球系统模式的耦合通信方法

    公开(公告)号:CN103019654B

    公开(公告)日:2015-01-14

    申请号:CN201210493456.7

    申请日:2012-11-28

    Applicant: 清华大学

    Abstract: 本发明涉及一种用于地球系统模式的耦合通信方法,属于地球系统模式的耦合技术领域。该方法包括根据耦合数据的特征自适应判定是否对耦合数据进行压缩,以及采用何种压缩方式的第一阶段;和根据自适应判定结果进行耦合通信的第二阶段;所述的压缩方式包括针对相似性的压缩方式S以及针对零值的压缩方式Z;压缩方式S针对同一网格单元上的耦合物理量在连续两个耦合时间步中,其数值未发生变化的特性;压缩方式Z针对分量模式的耦合数据中包含了一定比例的0值数据。本发明方法采用针对耦合数据的实时压缩算法,通过压缩来减少耦合过程中传输数据的数据量,从而减少耦合通信时间。该方法应用于耦合器中,旨在提升地球系统模式的耦合通信性能。

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