本发明涉及自适应调节耕作刀具运行高低的控制系统及其控制方法，该控制系统包括机车速度控制系统、刀架高低调节系统和土质结构判断系统；机车速度控制系统包括与机车行进电机连接的变频器或调速器；刀架高低调节系统包括与可调刀架连接的气缸或油缸，气缸或油缸与调节阀连接；土质结构判断系统包括安装在气缸或油缸上的压力传感器、安装在行进电机上的电流传感器和速度传感器、安装在耕作车辆上的陀螺仪、安装在刀架上的刀架高低位置传感器和与调节阀及行进电机连接的PID控制器。本发明可以判断土质结构并自动调节耕作刀具的运行高度和机车的运行速度，以达到保护刀具、最大效率的达到耕作要求、提高机车的运行效率和减小机车能耗的目的。