本发明公开了一种堆垛机与四向穿梭车组合式智能仓储系统及控制方法，该仓储系统设有货架区和分拣区，货架区和分拣区之间设置横向的堆垛机轨道和堆垛机，货架区内排列有若干多层轨道式货架，货架区内靠近堆垛机轨道一侧设有零盘存储区和出入库缓存区，多层轨道式货架之间安装有穿梭车循环轨道以及在穿梭车循环轨道上运行的四向穿梭车，出入库缓存区一端设有整盘入库区；分拣区内靠近堆垛机轨道一侧设有拆零缓存区，拆零缓存区内横向间隔设有散盘缓存区和出库输送区。本发明的无人化物料仓储系统及其管理方法，采用模块化设计，鲁棒性强，即单点的问题不会造成整个仓库的问题；扩展性强，易随时更改部署，便于根据业务的变化迭代作业流程。