本发明提供一种基于运行数据融合的多态制造系统运行风险建模方法。具体步骤为：一、考虑生产任务和在制品及生产设备本身对过程的影响，确定运行风险的量化因素和框架；二、构造设备输入输出状态参数及其性能状态分布；三、量化设备的基本风险值；四、分解任务，得到生产任务的显性风险值；五、描述在制品的关键质量特性在各工位的传递；六、确定在制品的隐性风险值；七、利用模糊映射确定基本概率分配；八、融合三个不同源的运行风险指标，输出系统运行状态；九、进行运行风险建模的有效性分析，克服不同源数据直接融合时的模糊性，使该模型提供更准确直观的运行风险状态，在系统健康预测方面有很好的实用价值。