本发明公开了一种卵黄高磷蛋白磷酸肽和卵黄多肽的工业化制备方法，属于生物技术领域。本发明以脱脂蛋黄粉，尤其是经工业化提取卵磷脂后变性严重、功能性丧失、价值严重降低的脱脂蛋黄粉为原料，通过两次酶解，第一次酶解后用陶瓷膜分离卵黄多肽和卵黄高磷蛋白，对卵黄高磷蛋白碱处理后进行第二次酶解，从而同时制备卵黄多肽和卵黄高磷蛋白磷酸肽。本发明的方法可以对脱脂蛋黄粉进行充分利用，尤其是能有效提高工业化提取卵磷脂后的低值脱脂蛋黄粉的价值，同步实现卵黄多肽和卵黄高磷蛋白磷酸肽的工业化生产。