本发明提出了一种分离烟气中二氧化碳的系统、方法及船舶，所述分离分离烟气中二氧化碳的系统包括吸收装置、解吸装置以及烟气通道，其中，所述烟气通道用于使至少部分烟气先通入所述解吸装置加热所述富液吸收剂至解吸温度后，再通入所述吸收装置。本发明通过所述至少部分烟气为所述富液吸收剂富液吸收剂至所述贫液吸收剂的解吸提供能量，减少了能耗并降低了结构复杂性和结构尺寸，成本低且易实现；同时还能降低通入所述吸收装置中烟气的温度，有助于提升烟气中二氧化碳的吸收效率；进而，还能降低排出的脱碳烟气的温度，尤其适用于船舶中，有利于减少船舶的热辐射，避免被雷达监控，实现热隐身功能。