本发明提供了一种燃料电池整车活化方法、装置、燃料电池及车辆。其中，燃料电池整车活化方法，包括：响应于系统进入活化模式指令，控制燃料电池停止工作，控制水泵继续运行，控制动力电池提供需求功率；当动力电池放电到第一电量设定值时，控制燃料电池高电密工作，燃料电池提供需求功率的同时为动力电池充电；当动力充电至第二电量设定值时，控制燃料电池停止工作，控制水泵继续运行，控制动力电池提供需求功率，所述第二电量设定值大于第一电量设定值。达到防止质子交换膜出现膜干，提升电堆效率及质子交换膜耐久寿命的目的。