本发明提供了一种卫星数据传输方法及系统，将星务计算机PPS与GNSS接收机PPS保持同步；采用星务软件将星务计算机的时钟调度1秒划分为4个周期，分别对应UTC时间广播数据包、载荷需求信息数据包、载荷遥控指令数据包和卫星平台关键数据包的发送时机，设置这四种数据包的发送时机控制策略；采用GNSS接收机FPGA软件，根据总体发送时序图，对GNSS接收机B类定位数据包发送时机进行控制；采用星务计算机FPGA软件，设置对GNSS接收机B类定位数据包的存储和转发策略；根据发送时机控制策略以及存储和转发策略，将星务计算机各类数据包通过异步RS422通信接口发送至载荷管理器，实现卫星数据传输。