本发明涉及芯片封装技术领域，具体涉及一种FPGA三维芯粒封装结构。本发明提供一种FPGA三维芯粒封装结构，包括：若干堆叠设置的FPGA封装模块，FPGA封装模块设置有FPGA芯片和用于互联的微凸块结构；各FPGA封装模块中的元件和微凸块结构的拓扑布局相同；相邻层的FPGA封装模块中，至少部分的微凸块结构布局重叠，相邻的FPGA封装模块中的FPGA芯片，通过重叠位置的微凸块结构实现互联；连接基板，用于设置堆叠的FPGA封装模块，并实现各FPGA封装模块对外的信号传输。本发明提供一种FPGA三维芯粒封装结构，可增大单位面积的FPGA芯粒的容量，提升FPGA芯粒的性能。