本发明公开了一种高原鱼类关键功能特征指标智能筛选方法及系统，方法包括数据收集、数据预处理、高原鱼类目标检测、特征指标预测估算和关键功能特征指标智能筛选。本发明涉及鱼类目标检测技术领域，具体是指一种高原鱼类关键功能特征指标智能筛选方法及系统，本发明采用计算机视觉方法进行高原鱼类目标检测，自动预测鱼类特征指标，提高了方法的自动性，减少了对鱼类的伤害；采用能见度恢复和对比度增强加权融合的方法进行高原鱼类图像增强，提高了数据的可用性；采用结合路径聚合网络的YOLOv8神经网络方法，提升了高原鱼类关键功能特征指标智能筛选的总体性能。