本发明涉及电数字数据处理领域，具体涉及一种基于非单一卫星定位的数据校验方法及系统，所述方法包括：获取目标轨迹以及参考轨迹，所述目标轨迹和所述参考轨迹均包括多个轨迹点，每一轨迹点包括定位值以及时间戳；根据所述目标轨迹的多个轨迹点分别在多种卫星组合下的卫星组合信息对目标轨迹进行最优插值处理，使得所述目标轨迹具有与所述参考轨迹匹配的时间戳，其中，每一卫星组合中包括三颗卫星，每一卫星组合信息包括该卫星组合在某轨迹点的定位值，以及该卫星组合内三颗卫星的轨道位置；对具有匹配时间戳的目标轨迹和参考轨迹进行偏差检查。这样，能够使得插入目标轨迹的轨迹点更能准确地反映真实轨迹点，进而提高偏差检查结果的准确度。