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公开(公告)号：KR100805816B1
公开(公告)日：2008-02-21
申请号：KR1020070036012
申请日：2007-04-12
Applicant: 한국전자통신연구원
Abstract: A surface modification process of a cycloolefin copolymer substrate is provided to allow easy modification of cycloolefin copolymer substrate, which, otherwise, is not be amenable to surface modification, and to fix various bioactive substances stably to the surface, thereby facilitating production of biosensor chips. A surface modification process of a cycloolefin copolymer substrate comprises the steps of: treating the surface of a cycloolefin copolymer substrate with oxygen plasma to produce hydroxyl groups on the surface of the substrate; treating the oxygen plasma-treated substrate with an acid; and fixing at least one compound having a functional group to the acid-treated substrate. The oxygen plasma treatment is performed at 10-500 W for 2-30 minutes under an oxygen flow rate of 10-500 sccm.
Abstract translation: 提供环烯烃共聚物基材的表面改性方法，以容易地改性环烯烃共聚物基材，否则不适于进行表面改性，并将各种生物活性物质稳定地固定在表面上，从而便于生产传感器芯片。 环烯共聚物基材的表面改性方法包括以下步骤：用氧等离子体处理环烯烃共聚物基材的表面以在基材的表面上产生羟基; 用酸处理氧等离子体处理的基板; 并将至少一种具有官能团的化合物固定在酸处理基材上。 氧气等离子体处理在10-500sccm的氧气流速下在10-500W进行2-30分钟。
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公开(公告)号：KR100797400B1
公开(公告)日：2008-01-28
申请号：KR1020060121752
申请日：2006-12-04
Applicant: 한국전자통신연구원
CPC classification number: G06K9/6203 , G06F19/16 , G06F19/24
Abstract: A device and a method for comparing protein structures through PCA(Principal Component Analysis) and autocorrelation are provided to use a geometrical shape of the proteins, and compare the protein structures through the PCA and the autocorrelation, thereby measuring similarity between input proteins. A PCA calculator(110) extracts a main axis by receiving a queried protein from the outside. A voxel generator(120) generates voxels by determining inclusion of the protein after a main axis extraction result is received from the PCA calculator and whole area is divided by grids. A comparator(130) calculates the similarity by performing the autocorrelation between the protein voxels generated from the voxel generator. The comparator performs the autocorrelation by using FTP(File Transfer Protocol).
Abstract translation: 提供了通过PCA（主成分分析）和自相关比较蛋白质结构的装置和方法，以使用蛋白质的几何形状，并通过PCA和自相关比较蛋白质结构，从而测量输入蛋白质之间的相似性。 PCA计算器（110）通过从外部接收查询的蛋白质来提取主轴。 体素生成器（120）通过从PCA计算器接收到主轴提取结果并且将整个区域除以网格来确定蛋白质的包含来生成体素。 比较器（130）通过执行从体素生成器生成的蛋白质体素之间的自相关来计算相似度。 比较器使用FTP（文件传输协议）执行自相关。
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公开(公告)号：KR100759817B1
公开(公告)日：2007-09-20
申请号：KR1020060046520
申请日：2006-05-24
Applicant: 한국전자통신연구원
Abstract: 본 발명은 실제 세포 내의 유전자 조절 방식인 다중 전사 인자 및 목표 유전자의 조절 관계를 예측할 수 있는 다중 전사 인자 조절 관계 예측 방법 및 장치를 제공한다. 본 발명에 따른 다중 전사 인자 조절 관계 예측 방법은 유전자 발현 프로파일 데이터를 전사 인자를 발현하는 유전자의 발현 프로파일 데이터 및 목표 유전자의 발현 프로파일 데이터로 분할하는 단계; 전사 인자들 및 목표 유전자들의 조합 가능한 모든 쌍들에 대해서 클러스터링하는 단계; 클러스터링 결과를 인터벌 그래프로 나타내는 단계; 및 전사 인자들 중에서 가장 적은 개수로 가장 많은 목표 유전자의 발현 구간을 차지하는 최적의 전사 인자들의 부분 집합을 계산하는 단계를 포함한다.
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公开(公告)号：KR100753826B1
公开(公告)日：2007-08-31
申请号：KR1020060024787
申请日：2006-03-17
Applicant: 한국전자통신연구원
Abstract: 본 발명은 단백질 상호작용 네트워크에 존재하는 방대한 단백질 정보와 빈번하게 갱신되는 공공 정보를 동기화함으로써 상기 단백질 상호작용 네트워크의 최신성을 유지하기 위한 방법 및 시스템에 관한 것이다. 본 발명에 따른 단백질 상호작용 네트워크의 단백질 정보 동기화 방법은 (a) 단백질 상호작용 정보들을 저장하는 단백질 상호작용 네트워크 데이터베이스로부터 갱신이 요구되는 단백질을 선택하는 단계; (b) 공공에 제공되는 단백질 정보들을 저장하는 전역 단백질 데이터베이스로부터 상기 선택된 단백질에 대한 정보를 수신하고 상기 수신된 단백질 정보와 상기 단백질 상호작용 네트워크 데이터베이스에 대응하는 단백질에 관한 정보를 저장하는 지역 단백질 데이터베이스의 단백질에 대한 정보를 전역 동기화하여 상기 지역 단백질 데이터베이스를 최신화 정보로 유지하는 단계; 및 (c) 상기 지역 단백질 데이터베이스로부터 상기 동기화된 단백질에 대한 정보를 수신하고 상기 수신된 단백질 정보와 상기 단백질 상호작용 네트워크 데이터베이스의 단백질에 대한 정보를 지역 동기화하여 상기 단백질 상호작용 네트워크 데이터베이스를 최신화 정보로 유지하는 단계;를 포함한다.
바이오인포메틱스, 단백질 상호작용, XML, wrapper, 동기화-
公开(公告)号：KR1020070061185A
公开(公告)日：2007-06-13
申请号：KR1020060056529
申请日：2006-06-22
Applicant: 한국전자통신연구원
IPC: G06F19/18
CPC classification number: G06F19/18
Abstract: A method and a device for searching bio-complexes with rule-based templates are provided to automatically search various types of significant bio-complexes at a low cost in a huge protein-protein interactive network by using the templates expressed as a rule. A template definer(61) defines the rule-based template for the desired bio-complex by defining a node comprising more than one protein, a triple comprising two defined nodes and one protein-protein interaction, and a single/complex rule with the triple or an operator. A rule analyzer(62) analyzes the rules defined in the template by analyzing whether the protein corresponding to the node included in the defined template and the protein-protein interaction corresponding to the tripe are found in the protein-protein interaction network. A rule estimator(63) searches the bio-complex corresponding to the rule from the protein-protein interaction network by estimating the triple included in the analyzed rule and the node included in the triple with the protein-protein interaction and the protein included in the protein-protein interaction network.
Abstract translation: 提供了一种基于规则的模板搜索生物复合物的方法和装置，通过使用表示为规则的模板，以大量蛋白质 - 蛋白质交互网络中的低成本自动搜索各种类型的重要生物复合物。 模板定义器（61）通过定义包含多于一种蛋白质的节点，包含两个定义的节点的三元组和一个蛋白质 - 蛋白质相互作用的单一/复杂规则来定义所需生物复合物的基于规则的模板，以及具有三重 或操作员。 规则分析器（62）通过分析在蛋白质 - 蛋白质相互作用网络中是否发现与定义的模板中包含的节点相对应的蛋白质和对应于该蛋白质的蛋白质 - 蛋白质相互作用网络来分析模板中定义的规则。 规则估计器（63）通过估计分析规则中包含的三元组和包含在蛋白质 - 蛋白质相互作用的三元组中的节点和包含在蛋白质 - 蛋白质相互作用网络中的蛋白质来搜索与蛋白质 - 蛋白质相互作用网络中的规则相对应的生物复合物 蛋白质 - 蛋白质相互作用网络。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：KR1020070061107A
公开(公告)日：2007-06-13
申请号：KR1020060046520
申请日：2006-05-24
Applicant: 한국전자통신연구원
Abstract: A method and a device for predicting regulatory relationship of multiple transcription factors are provided to obtain a correct result similar to a gene regulation mode in an actual cell by predicting sets of the transcription factors regulating expression of genes based on the gene expression profile data obtained from a micro-array experiment. A data divider(33) divides the gene expression profile data into the expression profile data of the gene expressing the transcription factor and a target gene. A clustering part(34) clusters all combinable pairs of the transcription factors and the target genes. An interval graphic generator(35) represents a clustering result in a graph. An optimizer(36) calculates a partial set of the optimal transcription factors occupying the biggest expression segment of the target gene with the smallest number of transcription factors. The clustering part includes a matrix generator calculating a regulatory relationship level of all combinable gene pairs and finding a corresponding matrix, and a selector selecting the gene pair having a value over a threshold value.
Abstract translation: 提供了一种用于预测多种转录因子的调控关系的方法和装置，以通过基于从基因调控模式获得的基因表达谱数据预测基因表达的转录因子的集合来获得类似于实际细胞中的基因调控模式的正确结果 微阵列实验。 数据分割器（33）将基因表达谱数据划分为表达转录因子和靶基因的基因的表达谱数据。 聚类部分（34）聚集转录因子和靶基因的所有可组合对。 间隔图形生成器（35）表示图中的聚类结果。 优化器（36）计算占据具有最小转录因子的靶基因的最大表达片段的最佳转录因子的部分组。 聚类部分包括计算所有可组合基因对的调节关系水平并找到相应矩阵的矩阵生成器，以及选择选择具有超过阈值的值的基因对的选择器。
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公开(公告)号：KR1020070060994A
公开(公告)日：2007-06-13
申请号：KR1020060024787
申请日：2006-03-17
Applicant: 한국전자통신연구원
Abstract: A method and a system for synchronizing protein information of a protein-protein interaction network are provided to remove a problem of modifying protein-protein interaction information whenever the protein information is updated and automatically keep the latest information of the protein-protein interaction network by synchronizing with global protein information. A global protein database(110) stores publicly provided protein information. A protein-protein interaction network database(150) stores sets of the protein-protein interaction information. A local protein database(140) stores information for protein corresponding to the protein-protein interaction network database. A global synchronizer(131) updates the local protein database with the latest information by synchronizing the protein information selected/received from the global protein database with the protein information of the local protein database. A local synchronizer(133) updates the global protein database with the latest information by synchronizing the synchronized protein information from the local protein database with the protein information of the global protein database.
Abstract translation: 提供蛋白质 - 蛋白质相互作用网络蛋白质信息同步的方法和系统，以消除每当蛋白质信息被更新时修饰蛋白质 - 蛋白质相互作用信息的问题，并通过同步自动保持蛋白质 - 蛋白质相互作用网络的最新信息 与全球蛋白质信息。 全球蛋白质数据库（110）存储公开提供的蛋白质信息。 蛋白质 - 蛋白质相互作用网络数据库（150）存储蛋白质 - 蛋白质相互作用信息的集合。 局部蛋白质数据库（140）存储与蛋白质 - 蛋白质相互作用网络数据库相对应的蛋白质的信息。 全局同步器（131）通过将从全球蛋白质数据库选择/接收的蛋白质信息与局部蛋白质数据库的蛋白质信息同步，将最新信息更新为局部蛋白质数据库。 局部同步器（133）通过将来自局部蛋白质数据库的同步蛋白质信息与全球蛋白质数据库的蛋白质信息同步，利用最新信息更新全球蛋白质数据库。
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公开(公告)号：KR100691429B1
公开(公告)日：2007-03-09
申请号：KR1020040107104
申请日：2004-12-16
Applicant: 한국전자통신연구원
Abstract: 본 발명은 인터넷을 통해 제공되는 생물 정보 검색 서비스 특성을 고려하여, URI를 사용한 내부(혹은 외부) 생물정보간의 참조 및 자체 생물정보 데이터 베이스에 적용 가능한 유용한 연산들을 수용하여 논리적 필드로 정의하고, 이에 기반한 통합검색을 위해 엑스쿼리 내에서 사용된 논리적 필드를 생물정보의 실제 필드로 사상하고 수행 처리하는 생물 정보 검색 시스템 및 생물 정보 검색 방법에 관한 것이다.
본 발명의 생물 정보 통합 검색 시스템은 다수의 생물 정보 데이터 베이스에 각각 대응하며, 상기 생물 정보 데이터 베이스에 대하여 각각 구축되어 있는 검색/분석 연산 규칙을 이용하여, 사용자 질의에 응답하는 다수의 래퍼; 상기 사용자 질의를 상기 개별 래퍼에서 실행될 수 있도록 하나 이상의 부 질의로 분할하거나, 하나 이상의 부 질의를 생성하는 미디에이터; 및 상기 생물 정보 데이터 베이스에 대응하는 래퍼를 자동으로 생성하는 래퍼 생성부를 포함한다.
생물정보통합, 엑스쿼리, 논리적 필드, 질의 개념화, 바이오 인포매틱스-
公开(公告)号：KR100656376B1
公开(公告)日：2006-12-11
申请号：KR1020050121984
申请日：2005-12-12
Applicant: 한국전자통신연구원
IPC: G06F17/30
Abstract: A device and a method for searching an active part of protein on 3D space are provided to correctly and quickly find the active part of the geometric protein by applying a mathematically verified algorithm such as a morphology process to searching process of the active part from the protein. A surface generator(100) generates a protein surface. A data preprocessor(110) generates a cubic image by sampling the protein surface in a specific unit. A data processor(120) performs the morphology process for the cubic image. A post-processor(130) extracts the active part from the cubic image processed by the morphology process. The surface generator finds the protein surface facing a spherical surface of a probe by using Van der Waals surface for all atoms forming the protein. The data preprocessor generates the cubic image by finding an axis-arranged boundary box forming the protein surface, generating lattices of 5 angstroms for the axis-arranged boundary box, and setting '1' if the lattice is the inside of the protein surface and setting '0' if the lattice is the outside of the protein surface.
Abstract translation: 提供一种在三维空间上搜索蛋白质活性部分的装置和方法，通过应用数学上验证的算法如形态学过程来从蛋白质中搜索活性部分的过程，从而正确且快速地找到几何蛋白质的活性部分 。 表面发生器（100）产生蛋白质表面。 数据预处理器（110）通过以特定单位对蛋白质表面进行采样来生成立方体图像。 数据处理器（120）执行立方体图像的形态学处理。 后处理器（130）从形态学处理所处理的立方体图像中提取有效部分。 表面发生器通过对形成蛋白质的所有原子使用范德瓦尔斯表面发现面向探针的球形表面的蛋白质表面。 数据预处理器通过寻找形成蛋白质表面的轴排列的边界框，为轴布置的边界框生成5埃的格子，并且如果格子是蛋白质表面的内部，并设置“1”，则数据预处理器生成立方体图像 如果晶格是蛋白质表面的外部，则为'0'。
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公开(公告)号：KR100609691B1
公开(公告)日：2006-08-08
申请号：KR1020040108987
申请日：2004-12-20
Applicant: 한국전자통신연구원
IPC: G06F17/30
Abstract: 본 발명은 유사 단백질 구조를 검색하는 방법에 관한 것으로, 보다 구체적으로는 단백질을 구성하는 탄소 원자들을 이용하여 유사 단백질 구조를 검색하는 방법 및 그 장치에 관한 것이다. 본 발명은 보다 빠르게 단백질 구조를 비교하기 위하여, 단백질을 구성하는 탄소 원자들간의 상대적인 각도의 차이를 구하여 단백질의 3차원 구조를 간단한 숫자열로 인코딩하고, 인코딩된 숫자열을 서로 비교하여 유사 단백질을 검색하는 것을 특징으로 한다.
이에 따라, 보다 빠르고 간단하게 유사 단백질을 검색할 수 있으며, 단백질의 회전에 대해서 적응적으로 유사 단백질을 검색할 수 있다.
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