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公开(公告)号：KR1020160131837A
公开(公告)日：2016-11-16
申请号：KR1020150136639
申请日：2015-09-25
Applicant: 숙명여자대학교산학협력단
Abstract: 본발명은아미노산변이로인한단백질의수화자유에너지변화(ΔG)를측정하는방법, 아미노산변이로인한단백질의응집가능성및 단백질형태이상질환의위험성을결정하기위한분석방법에관한것이다. 본발명의방법은단백질소수성의위치지향성분석을통해단백질컨텍스트에포함된상태로서의아미노산잔기의소수성을정량화할수 있게함으로써자유아미노산의통상의소수성스케일에비해생체내에서의실제구조적, 열역학적변화에대한신뢰도높은정보를제공할수 있다. 본발명은단백질응집성향에미치는변이의효과를예측할수 있게해주고, 다양한단백질변성질환(protein conformational disorder)을치료또는예방하는의약의개발및 생물학적치료제로서응집-내성단백질을설계하는전략수립에유용하게이용될수 있다.
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公开(公告)号：KR101681426B1
公开(公告)日：2016-12-12
申请号：KR1020150136639
申请日：2015-09-25
Applicant: 숙명여자대학교산학협력단
Abstract: 본발명은아미노산변이로인한단백질의수화자유에너지변화(ΔG)를측정하는방법, 아미노산변이로인한단백질의응집가능성및 단백질형태이상질환의위험성을결정하기위한분석방법에관한것이다. 본발명의방법은단백질소수성의위치지향성분석을통해단백질컨텍스트에포함된상태로서의아미노산잔기의소수성을정량화할수 있게함으로써자유아미노산의통상의소수성스케일에비해생체내에서의실제구조적, 열역학적변화에대한신뢰도높은정보를제공할수 있다. 본발명은단백질응집성향에미치는변이의효과를예측할수 있게해주고, 다양한단백질변성질환(protein conformational disorder)을치료또는예방하는의약의개발및 생물학적치료제로서응집-내성단백질을설계하는전략수립에유용하게이용될수 있다.
Abstract translation: 本发明涉及一种用于确定结块或测量所述蛋白质的水合自由能变化（ΔG）的方法的多个势阱和蛋白质方面的风险由于氨基酸变异从氨基酸变异疾病的分析方法，蛋白。 通过允许可通过蛋白质疏水性的位置方向分析相比，游离氨基酸的常规疏水性规模的本发明的方法定量的氨基酸残基的疏水性的包括在用于热力学变化体内eseoui实际的结构，高可靠性的蛋白质上下文的状态 信息可以提供。 有用的战略规划来设计蛋白质本发明的电阻可能使预测突变对蛋白聚集的倾向，各种蛋白质变性疾病（蛋白质构象疾病）的治疗或预防作为聚合药物的开发和生物处理效果 可以使用。
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公开(公告)号：KR101975639B1
公开(公告)日：2019-05-07
申请号：KR1020160114637
申请日：2016-09-06
Applicant: 숙명여자대학교산학협력단
Inventor： 함시현
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：KR101739323B1
公开(公告)日：2017-05-24
申请号：KR1020150136510
申请日：2015-09-25
Applicant: 숙명여자대학교산학협력단
Abstract: 본발명은생체분자의형태엔트로피(conformational entropy) 측정방법, 생체분자의자유에너지측정방법및 동일한생체분자의두 가지상태간의자유에너지차이측정방법에관한것이다. 본발명의방법은에너지적방법을적용함으로써통상적인구조적방법과달리다중국소에너지벽에의한왜곡없는신뢰도있는결과의도출이가능하고, 단백질폴딩자유에너지를효율적으로계산할수 있다. 본발명은단백질-폴딩및 단백질리간드결합열역학을설명하고, 이들의안정성을예측하며, 생물학적치료전략을수립하는데에유용하게이용될수 있다.
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公开(公告)号：KR101739316B1
公开(公告)日：2017-05-24
申请号：KR1020150136879
申请日：2015-09-25
Applicant: 숙명여자대학교산학협력단
Abstract: 본발명은액체환경에서의생체분자, 특히단백질의응집(aggregation) 가능성예측방법및 미스폴딩(misfolding) 가능성예측방법에관한것이다. 본발명의방법은생체분자의용매화자유에너지를척도로하여생체분자의폴딩, 중합체화및 응집등의시계열적이고연속적인변화에대한신뢰도높은정보를수득할수 있다. 본발명의방법은단백질의응집또는미스폴딩이어떠한에너지요인에의해, 또는단백질의어떠한잔기에의해일어났는지를밝힐수 있는정확한위치지향적열역학적분석(site-directed thermodynamics)을제공한다. 이에, 본발명은다양한단백질변성질환(protein conformational disorder)을치료또는예방하는의약의개발및 생물학적치료제로서응집-내성단백질을설계하는전략수립에유용하게이용될수 있다.
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公开(公告)号：KR1020170037371A
公开(公告)日：2017-04-04
申请号：KR1020150136879
申请日：2015-09-25
Applicant: 숙명여자대학교산학협력단
Abstract: 본발명은액체환경에서의생체분자, 특히단백질의응집(aggregation) 가능성예측방법및 미스폴딩(misfolding) 가능성예측방법에관한것이다. 본발명의방법은생체분자의용매화자유에너지를척도로하여생체분자의폴딩, 중합체화및 응집등의시계열적이고연속적인변화에대한신뢰도높은정보를수득할수 있다. 본발명의방법은단백질의응집또는미스폴딩이어떠한에너지요인에의해, 또는단백질의어떠한잔기에의해일어났는지를밝힐수 있는정확한위치지향적열역학적분석(site-directed thermodynamics)을제공한다. 이에, 본발명은다양한단백질변성질환(protein conformational disorder)을치료또는예방하는의약의개발및 생물학적치료제로서응집-내성단백질을설계하는전략수립에유용하게이용될수 있다.
Abstract translation: 本发明涉及用于预测液体环境中生物分子，特别是蛋白质的聚集概率的方法以及用于预测错误折叠可能性的方法。 能够获得在时间序列的高度可靠的信息的本发明的方法中，在折叠的连续变化，生物分子的聚合和聚合生物分子生物医学梅自由能的度量。 本发明的方法通过任何能量因子，或可点燃发生由该蛋白质的任何残留物的正确位置取向热力学分析（位点定向热力学）提供了这种聚集的或错误折叠的蛋白质。 因此，本发明聚集体作为用于治疗或预防多种蛋白质变性疾病（蛋白质构象疾病）的药物和生物制剂的显影 - 可有利地用于开发策略来设计抗性蛋白质。
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公开(公告)号：KR102256004B1
公开(公告)日：2021-05-25
申请号：KR1020180153612
申请日：2018-12-03
Applicant: 숙명여자대학교산학협력단
Abstract: 본발명은딥러닝을이용한단백질용매화자유에너지예측장치및 방법에대한것이다. 본발명에따르면, JPEG112018120822019-pat00073.jpg52-헬릭스구조를가지는 HP35 단백질과 JPEG112018120822019-pat00074.jpg52-시트구조를가지는 WW도메인단백질에대한데이터를입력받는데이터입력부, 상기입력된 HP35 단백질과 WW도메인단백질에대한데이터를이용하여단백질의 3D구조에대한용매화자유에너지를산출하는단백질용매화자유에너지산출부, 상기단백질데이터에포함된원자좌표를이용하여단백질을구성하는원자간의거리를계산하고, 계산된거리값을이용하여 HP35 단백질과 WW도메인단백질에대한각각의접촉맵을생성하는접촉맵생성부, 특정반경의구체를사용하여분자의표면을조사하는롤링볼 알고리즘(Rolling ball algorithm)을적용하여단백질을구성하는잔기별용제접근가능표면영역(SASA)값을산출하는 SASA산출부, 그리고상기생성된접촉맵과계산된용제접근가능표면영역값을 DNN(Deep Neural Networks) 모델의입력층에입력하여용매화자유에너지를예측하는예측부를포함한다.
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公开(公告)号：KR102199500B1
公开(公告)日：2021-01-06
申请号：KR1020180153613
申请日：2018-12-03
Applicant: 숙명여자대학교산학협력단
Abstract: 본발명은단백질의아미노산잔기주변환경을 3차원이미지로생성하는장치및 그방법에대한것이다. 본발명에따르면, 단백질에대한구조데이터를입력받는단백질데이터입력부, 상기입력된단백질구조데이터를이용하여단백질을구성하는각각의잔기에포함된원자간의거리를계산하고, 계산된거리값을이용하여잔기에대한그룹을형성하는그룹형성부, 상기형성된그룹내에포함되며, 각각의잔기의기본구성이되는 JPEG112018120822154-pat00148.jpg55, N, C의원자를 3차원의공간좌표에표시하는공간좌표표시부, 그리고상기 3차원공간좌표에상기그룹을형성하는모든원자들을표시하는 3차원이미지변환부를포함포함한다. 이와같이본 발명에따르면, 단백질의아미노산잔기와그 주변환경을표현하는 3차원이미지를생성함으로써데이터분석및 인공지능모델을학습할 수있는데이터로사용할수 있으므로인공지능융합의새로운가능성을열어줄원료로제공될수 있는효과를지닌다.
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