公开(公告)号：KR101287040B1

公开(公告)日：2013-07-17

申请号：KR1020070011753

申请日：2007-02-05

Applicant: 재단법인서울대학교산학협력재단

Inventor： 이석근 ,  김연숙 ,  이윤우 ,  지제근 ,  박상철 ,  이대성 ,  이대관

IPC: C12Q1/68

Abstract: 본원 발명은 뉴클레오타이드 염기의 극성을 이용한 뉴클레오타이드의 시각화 및 극성구조 분석 방법, 그리고 이를 이용한 유전자 코드 분석 프로그램 및 유전자 코드 분석 장치에 관한 것이다.
본원 발명은 특히 (i) 유전자의 염기서열에서 A, G, T 또는 U, 그리고 C의 뉴클레오타이드 염기들을 수평선을 중심으로 A는 위쪽 빈 반원, G는 위쪽 찬 반원, T 또는 U는 아래쪽 빈 반원, 그리고 C는 아래쪽 찬 반원의 기호로 시각화하는 단계; (ⅱ) 상기의 기호로 표시된 뉴클레오타이드의 염기서열의 배열에서 피리미딘(들)-퓨린(들)의 연속 배열을 묶어서 뉴클레오타이드 마디(segment)로 구분하는 단계; 및 (ⅲ) 상기 구분된 뉴클레오타이드 마디(segments)들에 대하여 뉴클레오타이드 내부의 전자의 이동 패턴을 이용하여 뉴클레오타이드 총 염기쌍 결합 에너지(total DHE/DS), 뉴클레오타이드 마디 평균 염기쌍 결합 에너지(average DHE/DS) 및 뉴클레오타이드 마디 극성 염기쌍 결합 에너지(polarity DHE/DS)를 계산하는 단계를 포함하는 뉴클레오타이드 염기의 극성을 이용한 뉴클레오타이드의 시각화 및 극성구조 분석 방법을 제공한다.
이러한 뉴클레오타이드 염기의 극성 분석은 PCR 프라이머나 DNA 프로브를 위한 DNA 염기서열의 선택, DNA에서 제한효소 절단 부위 검색, 지노믹 DNA (gDNA)에서 프로모터 부위 또는 엑손과 인트론 염기서열 구분, 유전자 변이 탐색 등에 활용할 수 있으며, DNA 코드의 정전기적 구조를 통하여 DNA 복제 또는 RNA 전사를 위한 DNA 코드 암호를 해독하는 데에 효과적으로 사용할 수 있다.
뉴클레오타이드, 염기, 극성, 시각화, 극성구조

公开(公告)号：KR1020080073130A

公开(公告)日：2008-08-08

申请号：KR1020070011753

申请日：2007-02-05

Applicant: 재단법인서울대학교산학협력재단

Inventor： 이석근 ,  김연숙 ,  이윤우 ,  지제근 ,  박상철 ,  이대성 ,  이대관

IPC: C12Q1/68

CPC classification number: G06F19/26 ,  C12Q1/6811 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q2563/116

Abstract: A method for visualizing nucleotide and analyzing polarity thereof is provided to be applied to select a DNA sequence for a PCR primer or a DNA probe, search a restriction site from DNA, differentiate a promoter region from exon and intron from a genomic DNA(gDNA), and search for genetic mutation and be effectively used to decipher a DNA code cipher through an electrostatic structure of the DNA code. A method for visualizing nucleotide and analyzing polarity thereof comprises the steps of: (a) visualizing nucleotide bases of A, G, T or U, and C in a sequence to mark A as an upper empty semicircle, G as an upper full semicircle, T or U as a lower empty semicircle, and C as a lower full semicircle based on the horizon; (b) putting together a continuous arrangement of pyrimidine(s)-purine(s) from an arrangement of a sequence proceeding from 5' end to 3' end of the marked nucleotide and dividing it into a nucleotide segment; and (c) calculating a nucleotide total base pair binding energy(total DHE/DS), a nucleotide segment average base pair binding energy(average DHE/DS), and a nucleotide segment polarity base pair binding energy(polarity DHE/DS) regarding the divided nucleotide segments using a migration pattern of electrons inside of the nucleotide.

Abstract translation: 为了选择PCR引物或DNA探针的DNA序列，提供了核苷酸可视化和极性分析的方法，从DNA的限制位点搜索，从基因组DNA（gDNA）区分启动子区域与外显子和内含子， 并寻找遗传突变，并通过DNA代码的静电结构有效地用于破译DNA密码。 可视化核苷酸和分析其极性的方法包括以下步骤：（a）将A，G，T或U和C的核苷酸碱基以序列形式显现，将A标记为上空半圆，G作为上半圆， T或U作为下半空半圆，C为基于水平线的较低全半圆; （b）从标记核苷酸的5'末端到3'末端的序列排列组合一个或多个嘧啶连续排列，并将其分成核苷酸区段; 和（c）计算核苷酸总碱基对结合能（总DHE / DS），核苷酸区段平均碱基对结合能（平均DHE / DS）和核苷酸区段极性碱基对结合能（极性DHE / DS） 分割的核苷酸片段使用核苷酸内部的电子迁移模式。