公开(公告)号：KR100789430B1

公开(公告)日：2007-12-28

申请号：KR1020070013405

申请日：2007-02-08

Applicant: 재단법인서울대학교산학협력재단 ,  서울시립대학교 산학협력단

Inventor： 박근수 ,  윤주영 ,  이선호 ,  백은옥 ,  박희진 ,  이상원

IPC: G01N30/72

CPC classification number: H01J49/0036 ,  G06F19/24 ,  G01N33/6848 ,  G06F19/16

Abstract: A method for determining monoisotopic masses by determining isotopic clusters is provided to ensure a high accuracy and high processing speed in determining the position of a real monoisotopic peak even when a polypeptide mixture has a composition away from a general amino acid composition, and complex peaks of isotopic clusters appear in the mass spectrum. A method for determining possibility models of isotopic clusters for determining monoisotopic masses of isotopic clusters comprises the steps of: approximating each peak intensity (Ik), ratio of two peak intensities(Ik+1/Ik) and multiplication of two ratios(Ik-1Ik_1/I^2) obtained from three peaks in the isotopic clusters to a possibility formula; and calculating the highest, lowest and average functions(Rmax(k, M), Rmin(k, M), Ravg(k, M)) of the k^th ratio of a polypeptide with a mass of M, and the highest, lowest and average functions (RPmin(k, M), RPmax(k, M), RPavg(k, M)) of the multiplication of the k^th ratio of the polypeptide with a mass of M by using the possibility formula.

Abstract translation: 提供了通过确定同位素簇来确定单同位素质量的方法，以确保即使当多肽混合物具有远离一般氨基酸组成的组成时，确定真实单同位素峰的位置的高精度和高处理速度， 同位素簇出现在质谱中。 用于确定用于确定同位素簇的同位素质量的同位素簇的可能性模型的方法包括以下步骤：近似每个峰强度（Ik），两个峰值强度（Ik + 1 / Ik）的比率和两个比率（Ik-1Ik_1 / I ^ 2）从同位素簇中的三个峰获得到可能性公式; 并且计算质量为M的多肽的k ^比的最高，最低和平均函数（Rmax（k，M），Rmin（k，M），Ravg（k，M））， 通过使用可能性公式，使多肽与质量M的k ^比的乘积的最小和平均函数（RPmin（k，M），RPmax（k，M），RPavg（k，M））。

公开(公告)号：KR1020120125889A

公开(公告)日：2012-11-19

申请号：KR1020110043616

申请日：2011-05-09

Applicant: 서울시립대학교 산학협력단

Inventor： 백은옥 ,  나승진 ,  누노반데이라

IPC: G06F19/10

CPC classification number: G06F19/22 ,  G01N33/6818 ,  G01N33/6848

Abstract: PURPOSE: A high speed multiple-unrestricted modification searching method through a mass spectrometry and a device thereof are provided to use dynamic programming algorithm based on a multi sequence tag from each a mass spectrometry spectrum according to modification alignment, thereby determining modifications about a database peptide. CONSTITUTION: MS/MS spectrum information is inputted from a mass spectrometry. A plurality of amino acid ranking tags is induced. Each of ranking tags is arranged about candidate peptides including the corresponding ranking tags in a database. Modification within the candidate peptide is identified without a limit of the number of modifications by every peptide through dynamic programming limiting a moving route according to location information of tags in a matrix. Each of the ranking tags are arranged for arrangement between ranking of the spectrum information and the candidate peptides in the matrix.

Abstract translation: 目的：提供通过质谱法及其装置的高速多重无限制修改搜索方法，以根据修改对齐方式使用基于每个质谱图谱的多序列标签的动态规划算法，从而确定关于数据库肽的修饰 。 构成：通过质谱仪输入MS / MS谱信息。 诱导多个氨基酸排名标签。 排列标签中的每个排列关于候选肽，包括数据库中相应的排名标签。 通过根据矩阵中的标签的位置信息通过动态规划限制移动路线来确定候选肽中的修饰，而不限制每个肽的修饰数量。 排列标签中的每一个排列用于在矩阵中的频谱信息和候选肽的排序之间进行排列。

公开(公告)号：KR1020130043905A

公开(公告)日：2013-05-02

申请号：KR1020110108081

申请日：2011-10-21

Applicant: 숭실대학교산학협력단 ,  건국대학교 산학협력단 ,  서울시립대학교 산학협력단

Inventor： 황규백 ,  봉성용 ,  백은옥 ,  우정헌

IPC: G06F17/21 ,  G06F17/28

CPC classification number: G06F17/30616 ,  G06F17/18 ,  G06F17/21

Abstract: PURPOSE: A method for generating a keyword of a document by using ontology information and a device thereof are provided to generate the keyword based on the ontology information set in a word of the document, thereby generating a keyword for the document which the keyword is not provided. CONSTITUTION: An ontology setting unit(210) sets an ontology word in a document by using words included in the document. A candidate keyword extraction unit(230) extracts a candidate keyword which is composed of words of the document. A candidate keyword extension unit(240) extends the candidate keyword by using an association relation between the ontology word and the candidate keyword. A final keyword selection unit(250) sets ranking of the candidate keyword by using a machine learning algorithm and selects the candidate keyword as the final keyword. [Reference numerals] (210) Ontology setting unit; (230) Candidate keyword extraction unit; (240) Candidate keyword extension unit; (250) Final keyword selection unit; (260) Rank resetting unit; (AA) Document input; (BB) Keyword output

Abstract translation: 目的：提供一种通过使用本体信息产生文档的关键字的方法及其装置，用于基于在文档的单词中设置的本体信息来生成关键字，从而生成关键字不是的文档的关键词 提供。 构成：本体设置单元（210）通过使用文档中包含的单词来设置文档中的本体词。 候选关键词提取单元（230）提取由文档的单词组成的候选关键字。 候选关键词扩展单元（240）通过使用本体词和候选关键字之间的关联关系来扩展候选关键字。 最终关键字选择单元（250）通过使用机器学习算法来设置候选关键词的排序，并且选择候选关键字作为最终关键字。 （附图标记）（210）本体设定单元; （230）候选关键词提取单位; （240）候选关键字延伸单位; （250）最终关键词选择单位; （260）等级重置单元; （AA）文件输入; （BB）关键字输出

公开(公告)号：KR101356193B1

公开(公告)日：2014-01-27

申请号：KR1020110108081

申请日：2011-10-21

Applicant: 숭실대학교산학협력단 ,  건국대학교 산학협력단 ,  서울시립대학교 산학협력단

Inventor： 황규백 ,  봉성용 ,  백은옥 ,  우정헌

IPC: G06F17/21 ,  G06F17/28

Abstract: 본 발명은 온톨로지 정보를 이용한 문서 주제어 생성 방법 및 그 장치에 관한 것으로, 본 발명의 일 실시예에 따른 문서 주제어 생성 방법은 문서에 포함된 단어를 이용하여 상기 문서에 온톨로지 용어를 설정하는 단계와, 상기 문서에 포함된 적어도 하나의 단어로 구성되는 후보 주제어를 추출하는 단계와, 상기 온톨로지 용어와 상기 후보 주제어 간의 연관관계를 이용하여 상기 후보 주제어를 확장하는 단계와, 상기 확장된 후보 주제어를 기계학습 알고리즘을 이용하여 순위를 설정하고, 미리 설정된 순위 이상의 후보 주제어를 최종 주제어로 선택하는 단계를 포함함으로써, 주제어가 제시되지 않은 문서에 대한 주제어를 생성할 수 있다.

公开(公告)号：KR101068336B1

公开(公告)日：2011-09-28

申请号：KR1020090009456

申请日：2009-02-05

Applicant: 서울시립대학교 산학협력단

Inventor： 백은옥 ,  박희진 ,  조호성 ,  이태규

IPC: G06F17/15 ,  G06F19/00 ,  G01N30/72

Abstract: 상관관계 합의 선형시간 계산 방법을 개시한다. 상관관계 합의 선형시간 계산 방법은 두 신호의 상관관계(cross correlation)의 합을 계산하는 상관관계 합의 계산 방법에 있어서, 실험 대상이 되는 상대신호(target signal)를 제1 입력신호로 입력받고 기준신호(base signal)를 제2 입력신호로 입력받는 단계; 및, 상기 제1 입력신호와 제2 입력신호 중 어느 한 입력신호의 각 원소를 더하는 덧셈 연산을 먼저 수행한 후 상기 덧셈 연산의 결과를 다른 입력신호의 각 원소에 곱하는 곱셈 연산을 수행하는 연산 순서에 따라 상관관계의 합을 계산하는 단계를 포함할 수 있다.
프로테오믹스(proteomics), 단백질 동정, 탠덤 질량 분석(tandem mass spectrometry), 시퀘스트(SEQUEST), FFT(Fast Fourier Transform), 상관관계(cross-correlation) 연산, 유사도, 선형 시간

公开(公告)号：KR1020100090143A

公开(公告)日：2010-08-13

申请号：KR1020090009456

申请日：2009-02-05

Applicant: 서울시립대학교 산학협력단

Inventor： 백은옥 ,  박희진 ,  조호성 ,  이태규

IPC: G06F17/15 ,  G06F19/00 ,  G01N30/72

CPC classification number: G06F17/15 ,  G01N30/72

Abstract: PURPOSE: A method for calculating linear time of cross-correlation is provided to drastically shorten data processing time for correlation sum. CONSTITUTION: An experiment spectrum is obtained(S210). A fixed number of candidate amino acid ranks is selected among selected peptide amino acid ranks in a peptide rank database(S220). A virtual spectrum is generated through the selected candidate amino acid rank(S230). Similarity between the experiment spectrum and the virtual spectrum is calculated through a linear time operation method of a cross-correlation sum. The peptide amino acid rank of the experiment spectrum is determined(S240).

Abstract translation: 目的：提供一种计算互相关线性时间的方法，大大缩短了相关和的数据处理时间。 构成：获得实验谱（S210）。 在肽等级数据库中选择的肽氨基酸排列中选择固定数量的候选氨基酸等级（S220）。 通过选择的候选氨基酸等级产生虚拟光谱（S230）。 通过互相关和的线性时间运算方法计算实验谱与虚拟谱之间的相似度。 测定实验光谱的肽氨基酸等级（S240）。

公开(公告)号：KR101265187B1

公开(公告)日：2013-05-27

申请号：KR1020110043616

申请日：2011-05-09

Applicant: 서울시립대학교 산학협력단

Inventor： 백은옥 ,  나승진 ,  누노반데이라

IPC: G06F19/10

Abstract: 본발명은이중질량분석기(tandem mass spectrometry: MS/MS)를통한고속다중-무제한변이탐색방법및 장치에관한것이다. 본발명의일면에따른, 단백질수식화의포괄적인동정을위한이중질량분석기스펙트럼의 MODa(modification alignment)를통한다중-무제한변이탐색방법은, 이중질량분석기로부터 MS/MS 스펙트럼정보를입력받아복수의아미노산서열태그를유도하고, 데이터베이스에서해당서열태그들을포함하는후보펩티드들에대해각각의서열태그를정렬하는단계, 및상기스펙트럼정보와상기후보펩티드들의서열간의정렬을위해상기각각의서열태그가정렬된행렬에서태그들의위치정보에따라이동경로를제한하는동적프로그래밍을통해각 펩티드당 변이의수에제한없이후보펩티드내의변이를식별하는단계를포함한다.