公开(公告)号：KR1020130063453A

公开(公告)日：2013-06-14

申请号：KR1020120110597

申请日：2012-10-05

Applicant: 한국과학기술원

Inventor： 이관수 ,  강지용 ,  한영웅

IPC: C40B40/10 ,  G06F19/28 ,  G06F19/22 ,  B01D59/44

CPC classification number: C40B40/10 ,  G01N27/62 ,  G01N33/6848 ,  G06F19/22 ,  G06F19/28

Abstract: PURPOSE: An apparatus for detecting post-translational modification is provided to accurately detect protein modification and to search various peptide-based protein modifications. CONSTITUTION: An apparatus(100) for detecting protein modification comprises: a fragment ion mass pattern generation unit(400), protein modification database(300), and a mass shift detection unit. The fragment ion mass pattern generation unit cleaves a peptide-based protein modification sequence with a virtual enzyme and generates virtual fragment ions. The protein modification database stores protein modification information including the kind and mass of protein modification. The mass shift detection unit detects one or more protein modification. [Reference numerals] (200) Protein modification sequence database; (300) Protein modification database; (400) Fragment ion mass pattern generation unit; (500) Protein modification searching unit; (AA) Mass analysis information and peptide sequence information of analysis target protein; (BB) Protein modification kind and location information

Abstract translation: 目的：提供一种用于检测翻译后修饰的装置，以准确检测蛋白质修饰并搜索各种基于肽的蛋白质修饰。 构成：用于检测蛋白质修饰的装置（100）包括：碎片离子质量模式生成单元（400），蛋白质修饰数据库（300）和质量位移检测单元。 碎片离子质谱图生成单元用虚拟酶切割基于肽的蛋白质修饰序列并产生虚拟碎片离子。 蛋白质修饰数据库存储包括蛋白质修饰的种类和质量的蛋白质修饰信息。 质量位移检测单元检测一种或多种蛋白质修饰。 （200）蛋白质修饰序列数据库; （300）蛋白质修饰数据库; （400）碎片离子质量图生成单元; （500）蛋白质修饰检索单位; （AA）分析靶蛋白质量分析信息和肽序列信息; （BB）蛋白质修饰种类和位置信息

公开(公告)号：KR1020140098561A

公开(公告)日：2014-08-08

申请号：KR1020130011376

申请日：2013-01-31

Applicant: 한국과학기술원

Inventor： 이관수 ,  강지용

IPC: C12Q1/68 ,  C12N15/11

CPC classification number: C12Q1/6827 ,  C12N15/11

Abstract: The present invention relates to an apparatus for predicting the risk of disease of a user based on single nucleotide polymorphism (SNP) combination related to the target disease. The apparatus comprises a whole genome analysis-based disease related database saving the relation between the disease and SNP combinations extracted from a disease group and a control group based on the whole genome analysis information thereof; and an SNP combination extraction part filtering the target disease related SNP data from the disease related database in stages according to priority and conducting the following stage of filtering based on error rates of candidate SNP combinations generated from each stage of filtering, and extracting a candidate SNP combination showing the lowest error rate as the target disease related SNP combination.

Abstract translation: 本发明涉及一种基于与目标疾病相关的单核苷酸多态性（SNP）组合来预测用户疾病风险的装置。 该装置包括基于全基因组分析的疾病相关数据库，其基于其全部基因组分析信息来保存疾病组和对照组提取的疾病与SNP组合之间的关系; 以及SNP组合提取部，根据优先级从疾病相关数据库中分阶段过滤目标疾病相关SNP数据，并且基于从每个滤波阶段产生的候选SNP组合的错误率进行以下阶段的滤波，并提取候选SNP 组合显示最低误差率为目标疾病相关SNP组合。

公开(公告)号：KR101427865B1

公开(公告)日：2014-08-08

申请号：KR1020120110597

申请日：2012-10-05

Applicant: 한국과학기술원

Inventor： 이관수 ,  강지용 ,  한영웅

IPC: C40B40/10 ,  G06F19/28 ,  G06F19/22 ,  B01D59/44

Abstract: 단백질 변형을 탐색하는 단백질 변형 탐색 장치로서, 펩티드 기반 단백질 변형 서열을 가상 효소로 절단하여 가상 조각 이온들을 생성하고, 가상 조각 이온들의 질량 정보를 포함하는 조각 이온 질량 패턴을 생성하는 조각 이온 질량 패턴 생성부, 단백질 변형의 종류와 질량을 포함하는 단백질 변형 정보를 저장하는 단백질 변형 데이터베이스, 그리고 분석 대상 단백질에서 추출된 조각 이온들의 질량 변화를 기초로 질량 변화가 유사한 조각 이온들을 포함하는 복수의 군집을 추출하고, 복수의 군집을 조합하여 복수의 군집 조합을 생성하며, 상기 조각 이온 질량 패턴과 상기 단백질 변형 정보를 기초로 상기 복수의 군집 조합 중 적어도 하나의 군집 조합에 포함된 적어도 하나의 단백질 변형을 탐색하는 질량변화탐색부를 포함한다.

公开(公告)号：KR1020160008966A

公开(公告)日：2016-01-25

申请号：KR1020150096365

申请日：2015-07-07

Applicant: 한국과학기술원

Inventor： 이관수 ,  김율 ,  강지용

IPC: G06F19/22 ,  G06F19/28 ,  G06F19/12

Abstract: 장치가번역후변형(Post-Translational Modification, PTM)에영향을주는단일염기다형성(Single Nucleotide Polymorphism, SNP) 데이터베이스를구축하는방법으로서, PTM 데이터와상기 PTM 데이터에관련된 SNP 데이터를수집하는단계, 그리고상기 PTM 데이터와상기 SNP 데이터가대응된 PTM-SNP 정보를생성하는단계를포함한다.

Abstract translation: 本发明涉及构建影响翻译后修饰（PTM）的单核苷酸多态性（SNP）数据库的方法。 该方法包括以下步骤：收集与PTM数据相关的PTM数据和SNP数据; 并生成PTM数据与SNP数据相匹配的PTM-SNP信息。

公开(公告)号：KR101483284B1

公开(公告)日：2015-01-15

申请号：KR1020130011376

申请日：2013-01-31

Applicant: 한국과학기술원

Inventor： 이관수 ,  강지용

IPC: C12Q1/68 ,  C12N15/11

Abstract: 분석 대상 질병에 관련된 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism, SNP) 조합을 기초로 사용자의 질병 발생 위험도를 예측하는 질병 발생 위험도 예측 장치로서, 질환군과 대조군의 전장유전체분석 정보를 기초로 추출한 SNP들의 질병 연관도를 저장하는 전장유전체분석 기반 질병 연관도 데이터베이스, 그리고 상기 질병 연관도 데이터베이스에서 가져온 분석 대상 질병 관련 SNP 데이터를 필터링 순서에 따라 단계적으로 필터링하고, 각 단계의 필터링으로 생성된 SNP 후보 조합들의 오류율을 기초로 다음 단계의 필터링을 진행하며, SNP 후보 조합들 중에서 오류율이 가장 낮은 SNP 후보 조합을 질병 관련 SNP 조합으로 추출하는 SNP 조합 추출부를 포함한다.