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公开(公告)号：WO2013105807A2
公开(公告)日：2013-07-18
申请号：PCT/KR2013/000235
申请日：2013-01-11
Applicant: 한국과학기술원
IPC: C12N15/113 , C12N15/63 , C12N1/21
CPC classification number: C12N15/1138 , C12N15/111 , C12N15/63 , C12N15/67 , C12N15/70 , C12N2310/11 , C12N2310/13 , C12N2310/18 , C12N2310/3519 , C12N2310/531 , C12P7/22 , C12P13/001 , C12P13/225
Abstract: 본 발명은 신규 구조의 원핵세포 내에서 유전자 발현을 감소시키는 맞춤형 합성 sRNA, 그 제법 및 그 용도에 관한 것으로, 보다 상세하게는 MicC, SgrS 및 MicF 중 어느 하나의 sRNA 유래의 Hfq 결합 부위(Hfq binding site) 및 표적 유전자 mRNA와 상보적 결합을 형성하는 영역을 포함하는 합성 sRNA, 그 제법 및 그 용도에 관한 것이다. 본 발명에 따른 합성 sRNA는 표적 유전자의 mRNA와의 결합력을 조절함으로써 억제 정도를 조절할 수 있는 장점이 있으며, 유전자 발현을 조절하는 합성 sRNA를 통해 기존의 유전자 결실을 통한 과정 없이 효과적으로 제작, 목적 유전자 발현을 감소시킬 수 있어 재조합 미생물 제조에 유용하며, 다양한 균주에서 빠르게 적용할 수 있어 균주별 대사 능력 측정 및 최적 균주 선정에 매우 적합하다. 아울러, 합성 sRNA를 통한 미생물 대사 흐름 조작에 의해 수득된 본 발명에 따른 tyrosine 혹은 cadaverine을 고효율로 생산하는 재조합 미생물은 의약품 및 산업용제 미생물로 유용하다. 즉, 본 발명에 따른 sRNA를 이용하여 대사산물의 고효율 생산을 위한 발현 억제 타겟 유전자 선별을 용이하게 할 수 있다. 이에 다양한 대사 산물의 효율적 생산을 위한 재조합 균주의 제작 및 효율적 생산방법 확립에 사용할 수 있는바 매우 유용하다.
Abstract translation:
减少在新结构的sRNA，所述制造方法的原核细胞中基因表达的本发明定制合成并涉及它们的应用，更具体地MICC，的SGR和MicF的的sRNA的任一项 衍生Hfq结合位点和与靶基因mRNA形成互补键的区域，其制备方法及其用途。 根据本发明合成的sRNA具有的优点是可以通过调节靶基因的mRNA之间的结合力调节抑制的程度，所述过程有效地通过常规的基因缺失用合成的sRNA调节基因表达而产生，靶基因表达而不 这对于生产重组微生物很有用，可以快速应用于各种菌株，因此非常适合菌株代谢能力的测定和最佳菌株的选择。 此外，通过操作通过合成sRNA的微生物代谢流而获得的生产根据本发明的酪氨酸或尸胺的重组微生物可用作药物和工业微生物。 即，使用本发明的sRNA，可以容易地选择用于代谢产物的高通量生产的表达抑制性靶基因。 因此，构建重组菌株以高效生产各种代谢物并建立高效的生产方法非常有用。
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公开(公告)号：KR1020070120297A
公开(公告)日：2007-12-24
申请号：KR1020060054869
申请日：2006-06-19
Applicant: 한국과학기술원
Abstract: A sequential gene expression network is provided to be used for gene therapy or be applied to a biotechnology field by allowing a protein to be expressed at a specific time or allowing various proteins to be expressed sequentially. And a method for tagging cells is provided to be used for performing a high-throughput cell-based assay without a cell chip and various equipments. A method for sequentially expressing a target protein comprises the steps of: (a) preparing a gene construct consisting of a polynucleotide encoding an (n)th target protein(Pn) and an (n)th transcription factor(TFn) operably linked to a transcription control factor of which the expression is induced by an inducer and a polynucleotide encoding an antisense RNAn complementarily binding to a gene of an (n+1)th target protein(Pn+1) and an (n+1)th transcription factor(TFn+1); (b) preparing a gene construct consisting of a polynucleotide encoding the (n+1)th target protein(Pn+1) and the (n+1)th transcription factor(TFn+1) and a polynucleotide encoding an antisense RNAn+1 complementarily binding to a gene of an (n+2)th target protein(Pn+2) and an (n+2)th transcription factor(TFn+2); (c) transforming a host cell using the gene constructs prepared by the steps(a) and (b); and (d) treating the transformed host cell with an inducer. A sequential gene expression system comprises gene sets respectively encoding the Pn, TFn and RNAn. A method for tagging cells comprises the steps of: (a) linking an (n)th target protein to a labeling protein and then expressing it; and (b) sequentially expressing the labeling protein in accordance with the method above to respectively distinguish cells.
Abstract translation: 提供连续的基因表达网络用于基因治疗或通过允许蛋白质在特定时间表达或允许各种蛋白质顺序表达来应用于生物技术领域。 并且提供了用于标记细胞的方法，用于在不使用细胞芯片和各种设备的情况下进行高通量的基于细胞的测定。 一种顺序表达靶蛋白的方法，包括以下步骤：（a）制备由编码第（n）个第（n）个目标蛋白（Pn）和（n））转录因子（TFn）的多核苷酸组成的基因构建体， 诱导剂诱导表达的转录调控因子和编码与第（n + 1）个靶蛋白（Pn + 1）和第（n + 1）转录因子（Pn + 1）和第（n + 1）转录因子的基因互补结合的反义RNAn的多核苷酸 位TFn + 1）; （b）制备由编码第（n + 1）个靶蛋白（Pn + 1）和第（n + 1）转录因子（TFn + 1）的多核苷酸和编码反义RNAn + 1的多核苷酸组成的基因构建体 互补结合第（n + 2）个靶蛋白（Pn + 2）和第（n + 2）转录因子（TFn + 2）的基因; （c）使用由步骤（a）和（b）制备的基因构建体转化宿主细胞; 和（d）用诱导剂处理转化的宿主细胞。 序列基因表达系统包含分别编码Pn，TFn和RNAn的基因组。 标记细胞的方法包括以下步骤：（a）将第（n）个靶蛋白质与标记蛋白质连接，然后进行表达; 和（b）按照上述方法顺序表达标记蛋白质以分别区分细胞。
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公开(公告)号：KR1020130082474A
公开(公告)日：2013-07-19
申请号：KR1020130003438
申请日：2013-01-11
Applicant: 한국과학기술원
IPC: C12N15/113 , C12N15/63 , C12N1/21
CPC classification number: C12N15/1138 , C12N15/111 , C12N15/63 , C12N15/67 , C12N15/70 , C12N2310/11 , C12N2310/13 , C12N2310/18 , C12N2310/3519 , C12N2310/531 , C12P7/22 , C12P13/001 , C12P13/225
Abstract: PURPOSE: A synthetic sRNA is provided to regulate a binding force between a target gene and mRNA and to prepare a recombinant microorganism. CONSTITUTION: An sRNA suppresses gene expression in prokaryotes. The sRNA has a region of a complementary bond with the mRNA of a target gene and the Hfq binding site derived from sRNA of MicC, SgrS, or MicF. A method for preparing sRNA comprises the step of connecting a nucleic acid encoding the region of a complementary bond to a nucleic acid encoding the Hfq binding site. A method for suppressing the expression of the target gene comprises the steps of: transducing or expressing the sRNA in prokaryotes; and suppressing the mRNA expression of the target gene.
Abstract translation: 目的：提供合成的sRNA以调节靶基因和mRNA之间的结合力并制备重组微生物。 构成：sRNA抑制原核生物中的基因表达。 sRNA具有与靶基因的mRNA互补键的区域和源自MicC，SgrS或MicF的sRNA的Hfq结合位点。 制备sRNA的方法包括将编码互补键区域的核酸连接到编码Hfq结合位点的核酸的步骤。 抑制靶基因表达的方法包括以下步骤：在原核生物中转导或表达sRNA; 并抑制靶基因的mRNA表达。
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公开(公告)号：KR101094834B1
公开(公告)日：2011-12-16
申请号：KR1020090020639
申请日：2009-03-11
Applicant: 한국과학기술원
Abstract: 본 발명은 유전자 번역 효율 추론에 기반을 둔 맞춤형 유전자 서열 제작 시스템에 관한 것으로, 해결하고자 하는 기술적 과제는 원핵생물 내의 유전자 발현량을 정량적으로 가늠해 줄 수 있는 유전자 번역 초기 단계의 효율 추론을 통해 유전자의 발현량 정도를 정량적으로 예측하고, 이를 역으로 이용하여 사용자가 원하는 유전자의 발현량에 대응하는 유전자 서열을 제작하는 시스템을 제공하는데 있다.
이를 위해 본 발명에 따른 유전자 번역 효율 추론에 기반을 둔 맞춤형 유전자 서열 제작 시스템은 유전자 서열 및 상기 유전자의 정보를 입력받는 정보 입력부와, 상기 정보 입력부를 통하여 획득한 정보를 활용하여 기설정된 목표 번역 초기 단계 효율 수치에 따라 유전자 서열을 생성하는 유전자 서열 생성부와, 상기 유전자 서열 생성부에서 생성된 유전자 서열의 번역 초기 단계 효율 수치를 계산하는 번역 초기 단계 효율 추론부와, 상기 유전자 서열 생성부로부터 생성된 유전자 서열 및 그에 대응되는 번역 초기 단계 효율을 출력하는 정보 출력부 및 상기 정보 출력부를 통해 출력된 유전자 서열의 실제 유전자 발현량을 확인하기 위해 유전자 발현량을 측정하는 검증부를 포함하는 유전자 서열 제작 시스템을 개시한다.
원핵생물, 번역효율, 유전자 서열 제작, 리보솜 결합 부위-
Patent Agency Ranking
公开(公告)号：KR101575587B1
公开(公告)日：2015-12-09
申请号：KR1020130003438
申请日：2013-01-11
Applicant: 한국과학기술원
IPC: C12N15/113 , C12N15/63 , C12N1/21
CPC classification number: C12N15/1138 , C12N15/111 , C12N15/63 , C12N15/67 , C12N15/70 , C12N2310/11 , C12N2310/13 , C12N2310/18 , C12N2310/3519 , C12N2310/531 , C12P7/22 , C12P13/001 , C12P13/225
Abstract: 본발명은신규구조의원핵세포내에서유전자발현을감소시키는맞춤형합성 sRNA, 그제법및 그용도에관한것으로, 보다상세하게는 MicC, SgrS 및 MicF 중어느하나의 sRNA 유래의 Hfq 결합부위(Hfq binding site) 및표적유전자 mRNA와상보적결합을형성하는영역을포함하는합성 sRNA, 그제법및 그용도에관한것이다. 본발명에따른합성 sRNA는표적유전자의 mRNA와의결합력을조절함으로써억제정도를조절할수 있는장점이있으며, 유전자발현을조절하는합성 sRNA를통해기존의유전자결실을통한과정없이효과적으로제작, 목적유전자발현을감소시킬수 있어재조합미생물제조에유용하며, 다양한균주에서빠르게적용할수 있어균주별대사능력측정및 최적균주선정에매우적합하다. 아울러, 합성 sRNA를통한미생물대사흐름조작에의해수득된본 발명에따른 tyrosine 혹은 cadaverine을고효율로생산하는재조합미생물은의약품및 산업용제미생물로유용하다. 즉, 본발명에따른 sRNA를이용하여대사산물의고효율생산을위한발현억제타겟유전자선별을용이하게할 수있다. 이에다양한대사산물의효율적생산을위한재조합균주의제작및 효율적생산방법확립에사용할수 있는바매우유용하다.
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公开(公告)号：KR101171384B1
公开(公告)日：2012-08-10
申请号：KR1020060054869
申请日：2006-06-19
Applicant: 한국과학기술원
Abstract: 본 발명은 유전자의 단계적 발현 네트워크 및 이를 이용한 세포 표식방법에 관한 것으로, 구체적으로 전사조절인자나 유전자에 상보적인 RNA를 이용하여 유전자가 순차적으로 발현되게 하는 유전자의 단계적 발현 네트워크 및 이를 이용하여 형광 단백질을 발현시켜 시간에 따라 발현되는 단백질의 종류를 달리함으로써 세포를 표식하는 방법에 관한 것이다. 본 발명의 발현 네트워크는 유전자 발현의 조절을 시간에 따라 가능케 하여 특정 시간에 단백질이 발현되게 하거나, 시간차를 두고 서로 다른 단백질이 발현되게 함으로써 유전자 치료나, 생물 공학 분야에 이용될 수 있고 세포 표식방법은 세포칩 및 제반기기 없이 대량의 세포 실험(high-throughput cell-based assay)을 수행하는데 이용될 수 있다.
유전자 네트워크, 세포 표식, 순차적 단백질 발현, 유전자 치료, 생물공학, 세포칩-
公开(公告)号：KR100984644B1
公开(公告)日：2010-10-01
申请号：KR1020080006138
申请日：2008-01-21
Applicant: 한국과학기술원
Abstract: 본 발명은 세포 내 목적 단백질의 유도 진화가 가능한 방법에 관한 것으로, 구체적으로 파지 복제기점 및 목적 단백질을 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 운반체 플라스미드 및 상기 목적 단백질에 의해 작동이 조절되는 프로모터 및 리포터 유전자를 포함하는 선택 플라스미드가 도입된 대장균에 돌연변이 유발물질을 처리하여 목적 단백질의 유전자 서열에 돌연변이를 유도한 후, 하이브리드 헬퍼 파지를 감염시켜 돌연변이 운반체 파지를 수득하고 이를 선택 플라스미드로 형질전환된 대장균에 다시 형질 전환시킨 후 유도 진화된 목적 단백질을 생산하는 형질전환체를 선별하고, 다시 돌연변이 유발물질 처리 후, 배양 및 선별 과정을 반복하는 것을 특징으로 하는 재조합 대장균 세포 내 목적 단백질의 유도 진화 시스템에 관한 것이다. 본 발명의 시스템은 상기 형질전환된 대장균에 반복적으로 돌연변이 유발물질 처리, 배양 및 선별에 의해 신속하고 간단하게 목적 단백질의 유도 진화를 수행할 수 있다.
목적 단백질 유도 진화, 자동화, 헬퍼 파지, 돌연변이, 선별-
公开(公告)号：KR1020100102321A
公开(公告)日：2010-09-24
申请号：KR1020090020639
申请日：2009-03-11
Applicant: 한국과학기술원
CPC classification number: G06F19/28 , C12Q1/6869
Abstract: PURPOSE: A system for making customized gene sequence based on gene translation efficiency is provided to quantitatively predict expression level. CONSTITUTION: A system for making customized gene sequence based on gene translation efficiency comprises: an information input unit(110) for receiving gene sequence and information; a gene sequence generator(120) for generating gene sequence based on efficiency level at translation initiation stage; as reasoning unit(130) for efficiency at translation initiation stage; an information output unit(140) which outputs efficiency at translation initiation stage; and a verification unit(150) for checking real expression level of the gene sequence through the information output unit.
Abstract translation: 目的：提供基于基因翻译效率制作定制基因序列的系统，以定量预测表达水平。 构成：基于基因翻译效率制作定制基因序列的系统包括：用于接收基因序列和信息的信息输入单元（110） 用于基于翻译起始阶段的效率水平产生基因序列的基因序列发生器（120）; 作为推理单元（130），用于翻译起始阶段的效率; 在翻译起始阶段输出效率的信息输出单元（140） 以及用于通过信息输出单元检查基因序列的实际表达水平的验证单元（150）。
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公开(公告)号：KR1020090080266A
公开(公告)日：2009-07-24
申请号：KR1020080006138
申请日：2008-01-21
Applicant: 한국과학기술원
Abstract: A method for directed evolution of target protein in a cell is provided to perform treatment, culture and screening of repetitive mutant-inducing agent. A hybrid helper phage has a fusion genome which comprises: a genome DNA of the first phage of which origin of replication is removed; and a genome DNA of the second phage having an origin of replication which is different from the first phage. A directed evolution method of target protein in a cell comprises: a step of preparing carrier plasmid which contains the origin of replication and polynucleotide encoding target protein; a step of selection plasmid containing an antibiotics-resistance gene and promoter; a step of preparing a first transformant and a second transformant; a step of infecting a hybrid helper phage into the second transformant; a step of producing mutant carrier phage; a step of collecting the mutant carrier phage; a step of preparing a third transformant; a step of infecting the mutant carrier phage in the third transformant; a step of culturing the third transformant; and a step of screening single colony.
Abstract translation: 提供了一种靶细胞定向进化的方法，用于进行重复突变诱导剂的治疗，培养和筛选。 混合辅助噬菌体具有融合基因组，其包含：去除其起始点的第一噬菌体的基因组DNA; 和具有不同于第一噬菌体的复制起点的第二噬菌体的基因组DNA。 靶蛋白在细胞中的定向进化方法包括：制备含有复制起点的载体质粒和编码靶蛋白的多核苷酸的步骤; 含有抗生素抗性基因和启动子的选择质粒的步骤; 制备第一转化体和第二转化体的步骤; 将混合辅助噬菌体感染入第二转化体的步骤; 生产突变体载体噬菌体的步骤; 收集突变载体噬菌体的步骤; 制备第三转化体的步骤; 在第三转化体中感染突变载体噬菌体的步骤; 培养第三转化子的步骤; 并筛选单个殖民地的步骤。
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