公开(公告)号：KR100870913B1

公开(公告)日：2008-12-01

申请号：KR1020050086119

申请日：2005-09-15

Applicant: 한국과학기술원

Inventor： 이상엽 ,  우한민 ,  최형석

IPC: C12Q1/68 ,  C12Q1/00 ,  G06F19/18

Abstract: 본 발명은 대사흐름 분석을 이용한 유용물질 생성 생물의 개량방법에 관한 것으로, 보다 구체적으로는, 유용물질 생산을 위한 대상생물의 대사회로 모델에서, 유용물질의 이론적 최대수율인 최대값과, 발효데이터의 적용 또는 미적용 조건에서성장관련 대사흐름의 값이 최대일 때 유용물질의 생산관련 대사흐름의 최적값을 구하고, 그 최적값과 최대값 사이의 구간에서 대사흐름값의 절대값이 증가하는 대사흐름 및 그 대사흐름에 관련되는 유전자를 선별하고, 이를 도입 및/또는 증폭함으로써 유용물질 생성 생물을 개량하는 방법에 관한 것이다.
본 발명에 따르면 게놈 수준의 대사회로모델이 구축된 유용물질 생산을 위한 대상 생물에서, 생산관련 대사흐름의 최적값과 최대값 사이의 구간에서 증폭대상 대사흐름 및 그 대사흐름에 관여하는 유전자를 선별하고 이를 도입 및/또는 증폭함으로써 유용물질의 생산성을 효과적으로 향상시킬 수 있다.
대사산물, 유전자 증폭, 대사흐름분석, FSEOF 알고리즘

公开(公告)号：KR1020070087736A

公开(公告)日：2007-08-29

申请号：KR1020050086119

申请日：2005-09-15

Applicant: 한국과학기술원

Inventor： 이상엽 ,  우한민 ,  최형석

IPC: C12Q1/68 ,  C12Q1/00 ,  G06F19/18

CPC classification number: G06F19/18 ,  C12Q1/6844

Abstract: A method for improving the productivity of a useful material in a living organism is provided to effectively improve the productivity of the useful material by selecting a gene involving with metabolic pathway between an optimum value and a maximum value of the production-related metabolic pathway from the subject living organism and then introducing it thereinto or amplifying it. The method for screening a gene to be amplified for improving the productivity of a useful material comprises the steps of: (a) after selecting a living organism(except human) which is a subject to produce an object useful material, constructing a metabolic pathway model of the selected living organism; (b) obtaining a maximum value which is a theoretical maximum yield related to the production of the useful material in the constructed metabolic pathway and an optimum value of the production-related metabolic flux of the useful material when the value of the growth related metabolic flux is maximum under the application or the non-application of fermentation data; (c) performing an FSEOF(flux scanning based on enforced objective flux) algorithm between the optimum value and the maximum value of the metabolic path obtained from the step(b) to make out a profile of total metabolic flux of the metabolic pathway; (d) if the maximum among the relative values of the total metabolic flux values in the profile is larger than the optimum value, selecting a gene involving with metabolic flux as a first gene to be amplified; and (e) determining a gene involving with the metabolic flux showing the simple increase or the simple decrease from the gene selected from the step(d) as a final gene to be amplified. To improve a living organism producing a useful material, the final gene obtained from the step(e) is introduced to a subject living organism or the gene is amplified in the subject living organism.

Abstract translation: 提供了一种用于提高生物体中有用材料的生产率的方法，以有效地提高有用材料的生产率，方法是从生物相关代谢途径的最佳值和最大值之间选择涉及代谢途径的基因 然后将其引入或放大。 用于筛选待扩增基因以提高有用材料的生产率的方法包括以下步骤：（a）在选择作为对象的受试者的生物体（人除外）之后，构建代谢途径模型 的选定生物体; （b）获得最大值，其是在构建的代谢途径中与有用材料的生产相关的理论最大产量和当生长相关代谢通量的值时有用材料的生产相关代谢通量的最佳值 在应用下是最大的或不应用发酵数据; （c）执行从步骤（b）获得的代谢途径的最佳值和最大值之间的FSEOF（基于强制目标通量）的算法，以形成代谢途径的总代谢通量的轮廓; （d）如果轮廓中总代谢通量值的相对值中的最大值大于最佳值，则选择涉及代谢通量的基因作为待扩增的第一个基因; 和（e）确定涉及代谢通量的基因，显示从作为待扩增的最终基因的步骤（d）中选出的基因的简单增加或简单降低。 为了改善产生有用材料的生物体，将从步骤（e）获得的最终基因导入受试者生物体，或者在受试者活体中扩增基因。