-
公开(公告)号：KR1020120125846A
公开(公告)日：2012-11-19
申请号：KR1020110043545
申请日：2011-05-09
Applicant: 한국과학기술원
IPC: G06F19/10
Abstract: PURPOSE: A prediction device predicting an important part from amino acid or nucleic acid sequences and a method thereof are provided to detailedly and accurately measure an important part of a life molecule sequence, thereby reducing costs and time required for discovering the important part. CONSTITUTION: A sequence database(130) stores information of an amino acid or nucleic acid sequence. A multi sequence arranging means(120) searches and arranges sequences related to the inputted amino acid or nucleic acid sequence in the sequence database. A multi sequence arrangement post-processing means(140) controls redundancy of a similar sequence based on multi sequence arrangement. A sequence profile calculating means(150) calculates a sequence profile based on multi sequence arrangement post-processing. A joint probability calculating means(160) calculates a joint probability of the amino acid and the nucleic acid based on the multi sequence arrangement post-processing means and the sequence profile calculating means. [Reference numerals] (110) Input means; (120) Multi sequence arranging means; (130) Sequence database; (140) Multi sequence arrangement post-processing means; (150) Sequence profile calculating means; (160) Joint probability calculating means; (170) Coevolution analyzing means; (180) Essential portion selecting means; (190) Output means
Abstract translation: 目的：提供从氨基酸或核酸序列预测重要部分的预测装置及其方法，以详细和准确地测量生命分子序列的重要部分，从而降低发现重要部分所需的成本和时间。 构成：序列数据库（130）存储氨基酸或核酸序列的信息。 多序列排列装置（120）在序列数据库中搜索和排列与输入的氨基酸或核酸序列有关的序列。 多序列排列后处理装置（140）基于多序列排列来控制类似序列的冗余。 序列轮廓计算装置（150）基于多序列排列后处理来计算序列轮廓。 联合概率计算装置（160）基于多序列排列后处理装置和序列轮廓计算装置计算氨基酸和核酸的联合概率。 （附图标记）（110）输入装置; （120）多序列排列装置; （130）序列数据库; （140）多序排列后处理装置; （150）序列轮廓计算装置; （160）联合概率计算装置; （170）共演化分析手段; （180）基本部分选择装置; （190）输出装置
-
-
公开(公告)号：KR101743254B1
公开(公告)日：2017-06-07
申请号：KR1020150021408
申请日：2015-02-12
Applicant: 한국과학기술원
Abstract: 확률그래프모델을이용한단백질의중요부위예측장치가개시된다. 아미노산또는핵산서열에대한미지서열이수신되는입력부, 아미노산또는핵산서열의정보가저장되고, 단백질의 3차원구조가저장되는데이터베이스및 데이터베이스를이용하여상기미지서열의중요부위를예측하는제어부를포함하되, 제어부는, 수신된아미노산또는핵산서열과진화적으로관련된서열들로생성한다중서열정렬, 상기수신된아미노산또는핵산서열의단백질구조를이용하여생성한 MRF(Markov Random Field) 모델및 상기 MRF 모델을기초로설정한제한조건항중 적어도하나를기초로 MRF 모델파라미터를산출하여서로다른위치사이의진화적연관성및 각잔기의진화적의존성을측정하고, 측정된진화적연관성및 진화적의존성을기초로상기미지서열의중요부위를예측한다.
Abstract translation: 公开了一种使用概率图模型预测蛋白质的临界区域的设备。 和用于氨基酸或一个输入单元，一个氨基酸或所接收，其包括核酸序列的核酸序列信息的图像序列：控制器使用数据库和数据库来估计图像序列的关键部分是蛋白存储的三维结构 时，控制单元，通过用与所接收的氨基酸或核酸序列和进化的序列比对，并且在接收到的氨基酸或核酸序列（马尔可夫随机场）MRF模型和MRF模型相关氨基酸序列所得的蛋白质结构中产生 通过根据基于不同位置之间的进化关系，每个残基的进化依赖测量和测量的进化关系和进化相关性的基础上的防设定中的至少一个计算约束MRF模型参数 预测未知序列的重要区域。
-
Patent Agency Ranking
公开(公告)号：KR100836166B1
公开(公告)日：2008-06-09
申请号：KR1020060082296
申请日：2006-08-29
Applicant: 한국과학기술원
Abstract: 본 발명은 단백질의 아미노산 서열로부터 삼차 구조를 예측하기 위한 장치 및 이의 예측 방법에 관한 것으로, 구체적으로 입력수단; 상기 입력수단에서 입력된 미지 단백질 서열을 전처리하는 수단; 주형 단백질 데이터베이스; 짝 비교 수단; 단백질 유사도 네트워크 데이터베이스; 상기 단백질 유사도 네트워크 데이터베이스에 기초하여 미지 단백질과 주형 단백질을 전역적으로 비교하는 전역 비교 수단; 주형 선택 수단; 모델링 수단; 상기 예측된 단백질 구조를 검증하는 검증 수단; 및 출력수단을 포함하여 이루어지는 미지 단백질의 삼차 구조 예측 장치 및 이의 예측 방법에 관한 것이다. 본 발명은 기존의 단백질 예측 방법들보다 정확하고 정밀하게 단백질의 삼차 구조를 예측해줌으로써, 실험적으로 단백질 구조를 밝히는데 소비되는 비용과 시간을 절감하는 효과가 있으므로 각종 질병을 치료를 위한 연구 분야에 유용하게 사용될 수 있다.
단백질, 삼차 구조, 예측 방법, 단백질 유사도 네트워크 데이터베이스-
公开(公告)号：KR101565005B1
公开(公告)日：2015-11-03
申请号：KR1020140183097
申请日：2014-12-18
Applicant: 한국과학기술원
Abstract: 비음수행렬 3-요소분해를이용한질병및 질병연관유전자를예측하는예측장치및 방법이개시된다. 유전체변이의데이터를수신하는입력부및 수신된데이터를기초로변이유해성을예측하는변이유해성예측부, 예측된유해성예측값, 질병유전자정보및 유전자사이의상호작용정보중 적어도하나를이용하여비음수행렬 3-요소분해(Non-negative Matrix Tri-Factorization, NMTF) 최적해를산출하기위한제한조건을설정하여제한조건항을생성하는제한조건항생성부, 수신된데이터를행렬형태로변환하여 NMTF 입력행렬을생성하는 NMTF 입력행렬생성부, 제한조건항및 NMTF 입력행렬을기초로 NMTF 최적해를산출하는 NMTF 산출부및 산출된 NMTF 최적해를기초로유전체변이의질병유무및 질병발생에연관된유전자를예측하는질병및 유전자예측부를포함하는제어부를포함한다.
Abstract translation: 公开了一种使用非负矩阵三因子分解（NMTF）预测疾病和与该疾病相关的基因的装置和方法。 该装置包括：输入单元，其接收关于遗传变体的数据; 基于接收到的数据来预测变体伤害的变体伤害预测单元; 约束条件项产生单元，其通过使用预测的伤害预测值，疾病基因信息和基因 - 基因相互作用信息中的至少一个来设置约束来生成约束条件项以便找到NMTF最优解; NMTF输入矩阵生成单元，其通过将接收的数据变换为矩阵形式来生成NMTF输入矩阵; NMTF输出单元，其基于约束条件项和NMTF输入矩阵计算NMTF最优解; 以及控制部分，其包括疾病和基因预测单元，其基于所计算的NMTF最优解来预测遗传变异是否导致疾病和与疾病相关的基因。
-
公开(公告)号：KR101317470B1
公开(公告)日：2013-10-11
申请号：KR1020110043545
申请日：2011-05-09
Applicant: 한국과학기술원
IPC: G06F19/10
Abstract: 본 발명은 아미노산 또는 핵산 서열로부터 중요부위를 예측하기 위한 장치 및 예측방법에 관한 것으로, 구체적으로 아미노산 또는 핵산 서열이 입력되는 입력수단; 상기 입력수단에서 입력된 아미노산 또는 핵산 서열과 진화적으로 관련 있는 서열들을 검색하고 이들을 서로 정렬하는 다중서열정렬 수단; 아미노산 또는 핵산 서열의 정보가 저장된 서열 데이터베이스; 상기 다중서열정렬에 기초하여 유사한 서열의 중복성을 조정하는 다중서열정렬 후처리수단; 상기 다중서열정렬 후처리수단에 기초하여 서열 프로파일을 계산해주는 서열프로파일 계산수단; 상기 다중서열정렬 후처리수단과 상기 서열프로파일 계산수단에 기초하여 아미노산 또는 핵산의 결합 확률을 계산해주는 결합확률 계산수단; 상기 결합확률 계산수단에 기초하여 서열상의 서로 다른 위치 사이의 연관성을 측정하는 공진화 분석수단; 상기 공진화 분석수단에 기초하여 미지 서열의 중요부위를 예측하는 중요부위 선택수단; 및 상기 예측된 중요부위를 출력하는 출력수단;을 포함하여 이루어지는 아미노산 또는 핵산 서열로부터 중요부위를 예측하는 예측장치에 관한 것이다.
-
公开(公告)号：KR1020160099752A
公开(公告)日：2016-08-23
申请号：KR1020150021408
申请日：2015-02-12
Applicant: 한국과학기술원
Abstract: 확률그래프모델을이용한단백질의중요부위예측장치가개시된다. 아미노산또는핵산서열에대한미지서열이수신되는입력부, 아미노산또는핵산서열의정보가저장되고, 단백질의 3차원구조가저장되는데이터베이스및 데이터베이스를이용하여상기미지서열의중요부위를예측하는제어부를포함하되, 제어부는, 수신된아미노산또는핵산서열과진화적으로관련된서열들로생성한다중서열정렬, 상기수신된아미노산또는핵산서열의단백질구조를이용하여생성한 MRF(Markov Random Field) 모델및 상기 MRF 모델을기초로설정한제한조건항중 적어도하나를기초로 MRF 모델파라미터를산출하여서로다른위치사이의진화적연관성및 각잔기의진화적의존성을측정하고, 측정된진화적연관성및 진화적의존성을기초로상기미지서열의중요부위를예측한다.
Abstract translation: 公开了一种通过使用概率图模型预测蛋白质重要位点的装置。 用于通过使用概率图模型预测蛋白质的重要位点的装置包括：输入单元，其接收氨基酸或核酸序列的未知序列; 其中存储了氨基酸或核酸序列的信息的数据库，并且已经存储了蛋白质的3D结构; 以及控制单元，其通过使用所述数据库预测所述未知序列的重要位点，其中所述控制单元至少基于至少计算马尔科夫随机场（MRF）模型参数来测量不同位置之间的进化相关性和各个酸残基的进化依赖性 基于与所接收的氨基酸或核酸序列进化相关的序列产生的多序列排列之一，通过使用所接收的氨基酸或核酸序列的蛋白质结构产生的MRF模型，以及基于约束条件集 在MRF模型上，并基于测量的进化相关性和测量的进化依赖性来预测未知序列的重要位点。
-
公开(公告)号：KR1020080019857A
公开(公告)日：2008-03-05
申请号：KR1020060082296
申请日：2006-08-29
Applicant: 한국과학기술원
Abstract: A device and a method for predicting a tertiary structure from amino acid sequences of protein are provided to reduce a cost and time for experimentally declaring a structure of the protein by predicting the tertiary structure of the amino acid sequences of the protein correctly/precisely more than usual prediction methods. A sequence preprocessor(100) preprocesses unknown protein sequences inputted from an input device(10). A mold protein database(102) stores information of mold protein. A matching comparator(101) compares unknown protein with the mold protein based on the mold protein database. A protein similarity network database(104) stores structure similarity among the mold proteins. A global comparator(103) compares the unknown protein with the mold protein globally based on the protein similarity network database. A mold selector(105) selects more than one of the mold proteins having a structure similar to the unknown protein based on a result of the matching comparator and the global comparator. A modeler(106) predicts a 3D(Dimensional) structure of the unknown protein based on the result of the mold selector. A verifier(107) verifies the predicted protein structure. An output part(20) outputs the predicted protein structure.
Abstract translation: 提供一种用于从蛋白质的氨基酸序列预测三级结构的装置和方法，以通过预测蛋白质的氨基酸序列的三级结构正确/精确地超过以上来精确地降低用于实验地宣告蛋白质结构的成本和时间 通常的预测方法。 序列预处理器（100）预处理从输入设备（10）输入的未知蛋白质序列。 模具蛋白质数据库（102）存储模具蛋白质的信息。 匹配比较器（101）基于模具蛋白质数据库比较未知蛋白质与模具蛋白质。 蛋白质相似性网络数据库（104）存储模具蛋白质之间的结构相似性。 全球比较（103）基于蛋白质相似性网络数据库，全球比较未知蛋白质与模具蛋白质。 模具选择器（105）基于匹配比较器和全局比较器的结果选择具有与未知蛋白质相似结构的多于一种的模具蛋白质。 建模者（106）基于模具选择器的结果预测未知蛋白质的3D（尺寸）结构。 验证器（107）验证预测的蛋白质结构。 输出部（20）输出预测的蛋白质结构。
-
-
-
-
-
-
-
Search Results
8
records
(took 0.018 seconds)
