公开(公告)号：WO2020054906A1

公开(公告)日：2020-03-19

申请号：PCT/KR2018/013316

申请日：2018-11-05

Applicant: 한국과학기술정보연구원

Inventor： 유석종 ,  조용성 ,  정연준 ,  장욱진

IPC: C12Q1/689 ,  C12Q1/6883 ,  G16B25/00 ,  G16B30/00 ,  G16B45/00 ,  G16B15/00

Abstract: 본 발명은 목표 유전자를 검출하기 위한 프라이머의 설계 방법에 관한 것으로, 구체적으로는 복수 개의 유전자 데이터들을 다중 서열 정렬(Multiple sequence alignment)을 이용하여 행렬 형태로 정렬하고, 정렬된 유전자 데이터에서 각각의 컬럼(column)의 염기서열에 대한 제 1 컬럼 엔트로피(column entropy) 값을 산출한 다음, 다중서열 정렬된 유전자 서열에서 사용자가 정의한 최소 길이부터 최대길이까지 길이를 변화시키면서 후보 프라이머를 생성하고, 상기 제 1 컬럼 엔트로피(column entropy) 값에 후보 프라이머 내에서의 위치적 특징 및 결합 특징을 고려한 그래디언트 패널티(gradient penalty) 값을 적용하여 제 2 컬럼 엔트로피(column entropy) 값을 산출하고, 후보 프라이머 내의 모든 서열에 대한 제 2 컬럼 엔트로피(column entropy) 값을 합산하여 프라이머 엔트로피(primer entropy) 값을 산출하고, 이를 바탕으로 정방향 및 역방향 프라이머의 프라이머 세트 매칭 점수를 산출하여 정방향 프라이머(Forward primer) 및 역방향 프라이머(Reverse primer)로 선정하는 목표 유전자를 증폭하여 검출하기 위한 프라이머의 설계 방법에 관한 것이다.

公开(公告)号：KR102020614B1

公开(公告)日：2019-09-11

申请号：KR1020180108476

申请日：2018-09-11

Applicant: 한국과학기술정보연구원

Inventor： 유석종 ,  조용성 ,  정연준 ,  장욱진

IPC: C12Q1/689 ,  C12Q1/6883