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公开(公告)号：WO2020054907A1
公开(公告)日：2020-03-19
申请号：PCT/KR2018/013318
申请日：2018-11-05
Applicant: 한국과학기술정보연구원
Inventor： 유석종
IPC: C12Q1/6876 , C12Q1/686
Abstract: 본 발명은 표적 서열의 증폭을 위한 올리고 뉴클레오타이드 및 이를 이용한 표적 서열의 증폭 방법에 관한 것으로, 더욱 상세하게는 crisper-cas9 또는 이와 상응하는 시스템을 포함하여, 카스 9 효소와의 반응을 통해 표적 서열에서 결합할 수 있는 위치를 감지하고 특별한 장비 없이 실온에서 표적 서열에 결합하여 증폭되는 올리고 뉴클레오타이드 및 이를 이용한 표적 서열의 증폭 방법에 관한 것이다.
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公开(公告)号：WO2020054906A1
公开(公告)日：2020-03-19
申请号：PCT/KR2018/013316
申请日：2018-11-05
Applicant: 한국과학기술정보연구원
Abstract: 본 발명은 목표 유전자를 검출하기 위한 프라이머의 설계 방법에 관한 것으로, 구체적으로는 복수 개의 유전자 데이터들을 다중 서열 정렬(Multiple sequence alignment)을 이용하여 행렬 형태로 정렬하고, 정렬된 유전자 데이터에서 각각의 컬럼(column)의 염기서열에 대한 제 1 컬럼 엔트로피(column entropy) 값을 산출한 다음, 다중서열 정렬된 유전자 서열에서 사용자가 정의한 최소 길이부터 최대길이까지 길이를 변화시키면서 후보 프라이머를 생성하고, 상기 제 1 컬럼 엔트로피(column entropy) 값에 후보 프라이머 내에서의 위치적 특징 및 결합 특징을 고려한 그래디언트 패널티(gradient penalty) 값을 적용하여 제 2 컬럼 엔트로피(column entropy) 값을 산출하고, 후보 프라이머 내의 모든 서열에 대한 제 2 컬럼 엔트로피(column entropy) 값을 합산하여 프라이머 엔트로피(primer entropy) 값을 산출하고, 이를 바탕으로 정방향 및 역방향 프라이머의 프라이머 세트 매칭 점수를 산출하여 정방향 프라이머(Forward primer) 및 역방향 프라이머(Reverse primer)로 선정하는 목표 유전자를 증폭하여 검출하기 위한 프라이머의 설계 방법에 관한 것이다.
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公开(公告)号：WO2015099264A1
公开(公告)日：2015-07-02
申请号：PCT/KR2014/008225
申请日：2014-09-03
Applicant: 한국과학기술정보연구원
Inventor： 유석종
IPC: G06F19/12
CPC classification number: G06F17/5022 , G06F17/30477 , G06F19/12
Abstract: 생물학적 네트워크 분석 장치 및 방법이 개시된다. 생물학적 네트워크 분석 방법은 외부 서버로부터 생물학적 데이터를 수신하는 단계, 수신된 생물학적 데이터로부터 생물학적 정보를 추출하여 생물학적 상호 작용 데이터베이스를 생성하는 단계, 생성된 생물학적 상호 작용 데이터베이스를 저장하는 단계, 시뮬레이션을 위한 복수 개의 생물학적 객체를 입력받는 단계 및 입력된 복수 개의 생물학적 객체 각각을 노드로 설정하고, 생성된 생물학적 상호 작용 데이터베이스를 기초로 불리언 룰을 자동으로 생성하여 시뮬레이션을 수행하는 단계를 포함한다. 이에 따라, 생물학적 네트워크 분석 방법은 생물학적 상호 작용 데이터베이스를 생성하여 생물학적 상호 작용 정보를 기초로 간편하게 생물학적 네트워크를 설계하고 시뮬레이션할 수 있다.
Abstract translation: 公开了一种生物网络分析装置和方法。 生物网络分析方法包括以下步骤：从外部服务器接收生物数据; 从接收到的生物数据中提取生物信息，生成生物交互数据库; 存储生成的生物交互数据库; 接收用于模拟的多个生物体的输入; 并且将所输入的多个生物体中的每一个设置为节点，基于所生成的生物交互数据库自动生成布尔规则，并执行模拟。 因此，生物网络分析方法可以生成生物交互数据库，方便地设计生物网络，并基于生物交互信息进行模拟。
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公开(公告)号：KR102200109B1
公开(公告)日：2021-01-08
申请号：KR1020180108615
申请日：2018-09-12
Applicant: 한국과학기술정보연구원
Inventor： 유석종
IPC: C12Q1/6876 , C12Q1/686
Abstract: 본발명은표적서열의증폭을위한올리고뉴클레오타이드및 이를이용한표적서열의증폭방법에관한것으로, 더욱상세하게는 crisper-cas9 또는이와상응하는시스템을포함하여, 카스 9 효소와의반응을통해표적서열에서결합할수 있는위치를감지하고특별한장비없이실온에서표적서열에결합하여증폭되는올리고뉴클레오타이드및 이를이용한표적서열의증폭방법에관한것이다.
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公开(公告)号：KR101400946B1
公开(公告)日：2014-05-29
申请号：KR1020130165128
申请日：2013-12-27
Applicant: 한국과학기술정보연구원
Inventor： 유석종
IPC: G06F19/12
CPC classification number: G06F17/5022 , G06F17/30477 , G06F19/12
Abstract: A device and a method for analyzing a biological network are disclosed. The method for analyzing a biological network comprises the steps of: receiving biological data from an external server; generating a biological interaction database by extracting biological information from the received biological data; storing the generated biological interaction database; receiving a plurality of biological objects for simulation; setting each of the biological objects to a node, and performing the simulation by automatically generating Boolean rules based on the generated biological interaction database. Accordingly, the method for analyzing a biological network can simply design and simulate a biological network based on biological interaction information by generating a biological interaction database.
Abstract translation: 公开了用于分析生物网络的装置和方法。 用于分析生物网络的方法包括以下步骤：从外部服务器接收生物数据; 通过从接收的生物数据中提取生物信息来产生生物相互作用数据库; 存储生成的生物交互数据库; 接收多个用于模拟的生物体; 将每个生物对象设置为节点，并且基于生成的生物交互数据库自动生成布尔规则来执行模拟。 因此，用于分析生物网络的方法可以通过生成生物相互作用数据库简单地设计和模拟基于生物相互作用信息的生物网络。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：KR1020170119666A
公开(公告)日：2017-10-27
申请号：KR1020170135614
申请日：2017-10-19
Applicant: 한국과학기술정보연구원
Abstract: 본발명은다양한바이오패스웨이관련기관에서다양한바이오패스웨이기술언어(KGML, SBML, BIOPAX 등)를사용하여바이오패스웨이를개별적독립적으로구축하기때문에이질적인언어로표현된바이오패스웨이를효과적으로통합하고확장하기위함이다. 이를위해본 발명은, 적어도하나이상의바이오패스웨이를입력받는제 1 입력모듈; 상기적어도하나이상의바이오패스웨이를제1언어로변환하는언어통일모듈; 상기제1언어로변환된적어도하나이상의바이오패스웨이를노드또는관계로분리하는분리모듈; 상기노드또는관계를표준용어로표준화하고상기노드또는관계의형태로분리된적어도하나이상의바이오패스웨이로부터상기노드또는관계와관련된속성정보를추출하는표준화모듈; 상기노드또는관계로분리된적어도하나이상의바이오패스웨이를통합하는통합모듈; 상기통합된바이오패스웨이를확장하기위한확장정보를생성하는문헌지식화모듈; 및상기생성된확장정보를이용하여상기통합된바이오패스웨이를확장하는확장모듈을포함한다.
Abstract translation: 本发明的各种生物途径描述语言（KGML，SBML，BIOPAX等）生物途径独立地内置掺入由异质语言表示的生物途径的个体，因为在各种生物途径机构使用的有效地延长 它的目的是。 为此，本发明提供了一种生物信息系统，包括：接收至少一条生物通路的第一输入模块; 语言统一模块，用于将所述至少一个生物路径转换为第一语言; 分离模块，用于将转换成第一语言的至少一个或多个生物途径分离成节点或关系; 标准化模块规范节点或关系到标准条款，并提取与该节点或从关系的形式分离出的或至少一种生物途径之间的节点相关联的属性信息; 整合模块，用于整合由节点或关系分开的至少一个或多个生物通路; 文档知识模块，用于生成扩展集成生物通路的扩展信息; 以及用于使用生成的扩展信息扩展集成生物通路的扩展模块。
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公开(公告)号：KR101707076B1
公开(公告)日：2017-02-15
申请号：KR1020170009500
申请日：2017-01-20
Applicant: 한국과학기술정보연구원
IPC: H04L12/715 , H04L12/721 , H04L29/06
CPC classification number: H04L45/46 , H04L45/124 , H04L45/127 , H04L69/04
Abstract: 복수의노드와가중치가부여된간선을포함하는대용량네트워크를압축하고클러스터링하는방법및 장치가제공된다. 상기네트워크를압축하는방법은, 원본네트워크를구성하는노드중 압축대상노드를선정하는제1 단계, 상기압축대상노드와인접한이웃노드중에서압축후보노드를선정하되, 상기이웃노드는기 교체된슈퍼노드를포함하는제2 단계, 상기압축대상노드및 상기압축후보노드를하나의슈퍼노드로교체하는제3 단계및 상기제1 내지제3 단계를반복수행하여, 상기슈퍼노드를하나이상포함하는압축네트워크를구성하는단계를포함할수 있다. 또한, 상기클러스터링하는방법은, 원본네트워크를압축하여압축네트워크를구성하되, 상기압축하는것은상기원본네트워크를구성하는압축대상노드와상기압축대상노드와인접한이웃노드중에서선정된압축후보노드를하나의슈퍼노드로교체하는것을포함하고, 상기이웃노드는기 교체된슈퍼노드를포함하는단계, 상기압축네트워크를제1 클러스터링하는단계, 상기제1 클러스터링된네트워크를압축해제하여중간네트워크를구성하는단계및 상기중간네트워크를제2 클러스터링하고, 상기제2 클러스터링된네트워크를클러스터링결과네트워크로구성하는단계를포함할수 있다.
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公开(公告)号：KR101861180B1
公开(公告)日：2018-05-28
申请号：KR1020170135614
申请日：2017-10-19
Applicant: 한국과학기술정보연구원
Abstract: 본발명은다양한바이오패스웨이관련기관에서다양한바이오패스웨이기술언어(KGML, SBML, BIOPAX 등)를사용하여바이오패스웨이를개별적독립적으로구축하기때문에이질적인언어로표현된바이오패스웨이를효과적으로통합하고확장하기위함이다. 이를위해본 발명은, 적어도하나이상의바이오패스웨이를입력받는제 1 입력모듈; 상기적어도하나이상의바이오패스웨이를제1언어로변환하는언어통일모듈; 상기제1언어로변환된적어도하나이상의바이오패스웨이를노드또는관계로분리하는분리모듈; 상기노드또는관계를표준용어로표준화하고상기노드또는관계의형태로분리된적어도하나이상의바이오패스웨이로부터상기노드또는관계와관련된속성정보를추출하는표준화모듈; 상기노드또는관계로분리된적어도하나이상의바이오패스웨이를통합하는통합모듈; 상기통합된바이오패스웨이를확장하기위한확장정보를생성하는문헌지식화모듈; 및상기생성된확장정보를이용하여상기통합된바이오패스웨이를확장하는확장모듈을포함한다.
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公开(公告)号：KR101610785B1
公开(公告)日：2016-04-08
申请号：KR1020150129167
申请日：2015-09-11
Applicant: 한국과학기술정보연구원
Inventor： 유석종
CPC classification number: G06F19/12
Abstract: 본발명은세포의라이프사이클에대한세포내의다양한반응에대해시뮬레이션을하기위함이다. 이를위해본 발명은세포모델을생성하기위한세포와관련된정보를포함하는데이터베이스; 상기데이터베이스로부터상기세포와관련된정보를입력받아세포모델을생성하는모델생성모듈; 상기데이터베이스로부터상기세포와관련된정보를입력받아단백질정량화를위한수치모델을구성하는발현체모듈;및상기형성된세포모델내의세포반응을적어도하나이상의컴퓨터에할당하여시뮬레이션하는시뮬레이션모듈을포함한다.
Abstract translation: 本发明的目的是模拟与细胞的生命周期相关的不同的细胞内反应。 为此，根据本发明，细胞内反应模拟装置包括：数据库，包括用于生成细胞模型的细胞相关信息; 模型生成模块，通过从所述数据库接收所述小区相关信息来生成所述小区模型; 表达模块，被配置为通过从所述数据库接收所述小区相关信息来形成数字模型以执行蛋白质定量; 以及模拟模块，被配置为将所生成的小区模型中的至少一个小区反应分配给用于模拟所述小区模型的计算机。
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公开(公告)号：KR102020614B1
公开(公告)日：2019-09-11
申请号：KR1020180108476
申请日：2018-09-11
Applicant: 한국과학기술정보연구원
IPC: C12Q1/689 , C12Q1/6883
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