公开(公告)号：KR100898751B1

公开(公告)日：2009-05-25

申请号：KR1020070040512

申请日：2007-04-25

Applicant: 한국전자통신연구원

Inventor： 방선이 ,  최재훈 ,  박종민 ,  이용호 ,  박수준 ,  박선희

IPC: G06F19/12 ,  G06F19/18 ,  G06F19/26

Abstract: 1. 청구범위에 기재된 발명이 속한 기술분야
본 발명은, 시드 단백질 기반 단백질 상호작용 네트워크의 시각화 방법에 관한 것임.
2. 발명이 해결하려고 하는 기술적 과제
본 발명은, 물리적인 관계도가 높은 노드를 중심으로 다단계에 걸쳐 합병을 수행하고 최종 합병 그래프에 대해 다단계에 걸쳐 확장 및 FDP(Force-Directed Placement)를 수행함으로써, 방대한 단백질 상호작용 네트워크를 균형 상태의 그래프로 표현하고 고속으로 시각화하기 위한, 시드 단백질 기반 단백질 상호작용 네트워크의 시각화 방법을 제공하는데 그 목적이 있음.
3. 발명의 해결방법의 요지
본 발명은, 단백질 상호작용 네트워크를 이루는 각 서브 그래프의 노드 리스트를 추출하여 노드 인접 정도에 따라 정렬하는 노드 리스트 정렬 단계; 상기 정렬한 노드 리스트 중에서 노드 우선순위와 타 노드와의 합병 관계에 따라 시드 단백질(Seed Protein)을 선정하는 시드 단백질 선정 단계; 상기 선정한 시드 단백질을 중심으로 인접 노드들을 합병하여 합병 노드를 생성하는 합병 노드 생성 단계; 및 상기 생성한 합병 노드의 초기 위치를 선정하고 해당 시드 단백질을 중심으로 분할포인트 상에 합병된 노드를 위치시킨 후 시각화하는 시각화 단계를 포함함.
4. 발명의 중요한 용도
본 발명은 단백질 상호작용 네트워크의 시각화 등에 이용됨.
바이오인포매틱스, 단백질 상호작용 네트워크, FDP 알고리즘, 인접 노드, 분할포인트, 시각화

公开(公告)号：KR1020090001553A

公开(公告)日：2009-01-09

申请号：KR1020070040512

申请日：2007-04-25

Applicant: 한국전자통신연구원

Inventor： 방선이 ,  최재훈 ,  박종민 ,  이용호 ,  박수준 ,  박선희

IPC: G06F19/12 ,  G06F19/18 ,  G06F19/26

Abstract: A method for visualizing a protein interworking network around seed protein is provided to express the huge protein interworking network with a stable graph and visualize the protein interworking network at high speed by performing mergence centering on a highly physically related node over a plurality of stages, and performing expansion and FDP(Force-Directed Placement) to the final mergence graph. A node list of each sub-graph forming an protein interaction network is extracted and is arranged according to a node adjacency level(220). Seed protein is selected among the arranged node list according to node priority and mergence relation with other nodes(230). A merged node is generated by merging the adjacent nodes around the selected seed protein(240). An initial position of the merged node is selected and the merged node is located on a division point around the seed protein(260).

Abstract translation: 提供一种可视化种子蛋白质周围的蛋白质交互网络的方法，以稳定的图形表示巨大的蛋白质互配网络，并通过在多个阶段上以高度物理相关的节点为中心进行合并，高速可视化蛋白质互通网络， 执行扩展和FDP（强制导向放置）到最终的合并图。 提取形成蛋白质相互作用网络的每个子图的节点列表，并根据节点邻接级别进行排列（220）。 根据节点优先级和与其他节点的合并关系，在排列的节点列表中选择种子蛋白（230）。 通过合并所选种子蛋白（240）周围的相邻节点来生成合并节点。 选择合并节点的初始位置，合并节点位于种子蛋白周围的分割点上（260）。

公开(公告)号：KR100799541B1

公开(公告)日：2008-01-31

申请号：KR1020060121754

申请日：2006-12-04

Applicant: 한국전자통신연구원

Inventor： 이용호 ,  최재훈 ,  박종민 ,  방선이 ,  박수준 ,  박선희

IPC: G06F19/20 ,  G06F19/18 ,  G01N33/50

CPC classification number: G06F19/28 ,  G06F19/22 ,  G06F19/24

Abstract: A device and a method for predicting feature of unknown protein are provided to predict the feature of the unknown protein in a PPI(Protein-Protein Interaction) network by utilizing a feature relation matrix using level normalization of GO(Gene Ontology) terms and PPI data. A GO term normalizer(21) normalizes a GO term level by calculating similarity of the GO terms found in an external PPI network(14). A feature relation matrix generator(22) generates the feature relation matrix by using the data received from the PPI network and the GO term normalizer. A Chi-square value calculator(23) calculates a Chi-square value by using the data received from the PPI network and the GO terminal level normalizer. A protein feature predictor(24) predicts the feature of the unknown protein by using the Chi-square value and the feature relation matrix.

Abstract translation: 提供了一种用于预测未知蛋白质特征的装置和方法，以通过使用GO（基因本体）术语和PPI数据的水平归一化的特征关系矩阵来预测PPI（蛋白质 - 蛋白质相互作用）网络中未知蛋白质的特征 。 GO术语归一化器（21）通过计算外部PPI网络（14）中发现的GO术语的相似性来对GO项目级别进行归一化。 特征关系矩阵生成器（22）通过使用从PPI网络和GO项目归一化器接收的数据来生成特征关系矩阵。 卡方值计算器（23）通过使用从PPI网络和GO终端级别归一化器接收的数据来计算卡方值。 蛋白质特征预测器（24）通过使用卡方值和特征关系矩阵预测未知蛋白质的特征。