시드 단백질 기반 단백질 상호작용 네트워크의 시각화 방법
    1.
    发明授权
    시드 단백질 기반 단백질 상호작용 네트워크의 시각화 방법 有权
    基于种子蛋白的蛋白质 - 蛋白质相互作用网络布局方法

    公开(公告)号:KR100898751B1

    公开(公告)日:2009-05-25

    申请号:KR1020070040512

    申请日:2007-04-25

    Abstract: 1. 청구범위에 기재된 발명이 속한 기술분야
    본 발명은, 시드 단백질 기반 단백질 상호작용 네트워크의 시각화 방법에 관한 것임.
    2. 발명이 해결하려고 하는 기술적 과제
    본 발명은, 물리적인 관계도가 높은 노드를 중심으로 다단계에 걸쳐 합병을 수행하고 최종 합병 그래프에 대해 다단계에 걸쳐 확장 및 FDP(Force-Directed Placement)를 수행함으로써, 방대한 단백질 상호작용 네트워크를 균형 상태의 그래프로 표현하고 고속으로 시각화하기 위한, 시드 단백질 기반 단백질 상호작용 네트워크의 시각화 방법을 제공하는데 그 목적이 있음.
    3. 발명의 해결방법의 요지
    본 발명은, 단백질 상호작용 네트워크를 이루는 각 서브 그래프의 노드 리스트를 추출하여 노드 인접 정도에 따라 정렬하는 노드 리스트 정렬 단계; 상기 정렬한 노드 리스트 중에서 노드 우선순위와 타 노드와의 합병 관계에 따라 시드 단백질(Seed Protein)을 선정하는 시드 단백질 선정 단계; 상기 선정한 시드 단백질을 중심으로 인접 노드들을 합병하여 합병 노드를 생성하는 합병 노드 생성 단계; 및 상기 생성한 합병 노드의 초기 위치를 선정하고 해당 시드 단백질을 중심으로 분할포인트 상에 합병된 노드를 위치시킨 후 시각화하는 시각화 단계를 포함함.
    4. 발명의 중요한 용도
    본 발명은 단백질 상호작용 네트워크의 시각화 등에 이용됨.
    바이오인포매틱스, 단백질 상호작용 네트워크, FDP 알고리즘, 인접 노드, 분할포인트, 시각화

    시드 단백질 기반 단백질 상호작용 네트워크의 시각화 방법
    2.
    发明公开
    시드 단백질 기반 단백질 상호작용 네트워크의 시각화 방법 有权
    基于种子蛋白的蛋白质 - 蛋白质相互作用网络的布局方法

    公开(公告)号:KR1020090001553A

    公开(公告)日:2009-01-09

    申请号:KR1020070040512

    申请日:2007-04-25

    Abstract: A method for visualizing a protein interworking network around seed protein is provided to express the huge protein interworking network with a stable graph and visualize the protein interworking network at high speed by performing mergence centering on a highly physically related node over a plurality of stages, and performing expansion and FDP(Force-Directed Placement) to the final mergence graph. A node list of each sub-graph forming an protein interaction network is extracted and is arranged according to a node adjacency level(220). Seed protein is selected among the arranged node list according to node priority and mergence relation with other nodes(230). A merged node is generated by merging the adjacent nodes around the selected seed protein(240). An initial position of the merged node is selected and the merged node is located on a division point around the seed protein(260).

    Abstract translation: 提供一种可视化种子蛋白质周围的蛋白质交互网络的方法,以稳定的图形表示巨大的蛋白质互配网络,并通过在多个阶段上以高度物理相关的节点为中心进行合并,高速可视化蛋白质互通网络, 执行扩展和FDP(强制导向放置)到最终的合并图。 提取形成蛋白质相互作用网络的每个子图的节点列表,并根据节点邻接级别进行排列(220)。 根据节点优先级和与其他节点的合并关系,在排列的节点列表中选择种子蛋白(230)。 通过合并所选种子蛋白(240)周围的相邻节点来生成合并节点。 选择合并节点的初始位置,合并节点位于种子蛋白周围的分割点上(260)。

    미지의 단백질 특성 예측 장치 및 그 방법
    3.
    发明授权
    미지의 단백질 특성 예측 장치 및 그 방법 有权
    未知蛋白特征预测的装置和方法

    公开(公告)号:KR100799541B1

    公开(公告)日:2008-01-31

    申请号:KR1020060121754

    申请日:2006-12-04

    CPC classification number: G06F19/28 G06F19/22 G06F19/24

    Abstract: A device and a method for predicting feature of unknown protein are provided to predict the feature of the unknown protein in a PPI(Protein-Protein Interaction) network by utilizing a feature relation matrix using level normalization of GO(Gene Ontology) terms and PPI data. A GO term normalizer(21) normalizes a GO term level by calculating similarity of the GO terms found in an external PPI network(14). A feature relation matrix generator(22) generates the feature relation matrix by using the data received from the PPI network and the GO term normalizer. A Chi-square value calculator(23) calculates a Chi-square value by using the data received from the PPI network and the GO terminal level normalizer. A protein feature predictor(24) predicts the feature of the unknown protein by using the Chi-square value and the feature relation matrix.

    Abstract translation: 提供了一种用于预测未知蛋白质特征的装置和方法,以通过使用GO(基因本体)术语和PPI数据的水平归一化的特征关系矩阵来预测PPI(蛋白质 - 蛋白质相互作用)网络中未知蛋白质的特征 。 GO术语归一化器(21)通过计算外部PPI网络(14)中发现的GO术语的相似性来对GO项目级别进行归一化。 特征关系矩阵生成器(22)通过使用从PPI网络和GO项目归一化器接收的数据来生成特征关系矩阵。 卡方值计算器(23)通过使用从PPI网络和GO终端级别归一化器接收的数据来计算卡方值。 蛋白质特征预测器(24)通过使用卡方值和特征关系矩阵预测未知蛋白质的特征。

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