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公开(公告)号：CN103020489B
公开(公告)日：2016-04-20
申请号：CN201310000114.1
申请日：2013-01-04
Applicant: 吉林大学
IPC: G06F19/18
Abstract: 本发明提供一种RNA干扰时预测siRNA干扰效率的方法，涉及生物信息学研究领域，其目的在于解决现有预测siRNA干扰效率方法中准确率不高的问题。本发明包括如下的步骤：将siRNA序列输入CPLD；按照特征提取规则表将siRNA序列重新编码，由于靶mRNA的序列和结构特征也对siRNA干扰效率有影响，故对siRNA序列编码的同时，也对靶mRNA进行编码；最后用随机森林模型进行siRNA干扰效率预测，在预测时首先用已知样本建立优化的模型，采用bootstrap抽样方法产生的OOB数据进行OOB估计，通过不断的调解模型的参数，使模型的泛化误差达到最小，然后再用优化的模型进行siRNA干扰效率预测。
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