一种基于整合分析的生物标志物选择方法及系统

    公开(公告)号:CN110246544A

    公开(公告)日:2019-09-17

    申请号:CN201910409758.3

    申请日:2019-05-17

    Applicant: 暨南大学

    Abstract: 本发明公开了一种基于整合分析的生物标志物选择方法及系统,该方法包括下述步骤:选取原始测序数据;原始测序数据采用FANSe算法,进行mapping分析,得到基因定量信息,设定基因原始分组;采用GWGS算法计算基因在原始分组中的重要性排序,再采用GWRS算法将每组基因的重要性整合,得到整合后的基因重要性排列列表,将基因按照重要性从高到低排序;采用基于SVM的Wrapper Feature Selection模型进行数据挖掘,区分数据样本类型,从重要性高的基因中筛选出生物标志物。本发明根据测序数据特点,有机整合多中心的原始测序数据,并解决平台、样本、实验设计上的系统差异,采用稳健性高的整合分析算法进行深度数据挖掘,挖掘到共同、特异、关键的生物大分子。

    使用分子筛离心柱快速完整获取mRNA核糖体新生肽链复合物的方法及其应用

    公开(公告)号:CN110004142A

    公开(公告)日:2019-07-12

    申请号:CN201910193016.1

    申请日:2019-03-14

    Applicant: 暨南大学

    Inventor: 卢小龙 张弓

    Abstract: 本发明提供了一种使用分子筛离心柱快速完整获取mRNA核糖体新生肽链复合物的方法及其应用。本发明通过使用裂解液裂解生物样品,得到裂解产物;通过差速离心去除裂解液中的碎片,得到裂解后的上清液;使用分子筛离心柱来纯化裂解后的上清液,得到高纯度的mRNA核糖体新生肽链复合物。该方法不需要贵重仪器超速离心机,操作简单,步骤少,被RNase污染的概率小,实验重复性高,分子筛离心柱纯化步骤耗时只需10min左右,极大地缩短了实验时间,且可以大批量操作,解决了蔗糖密度超速离心法耗时长,操作难度高,通量低等限制,同时可以获得高质量的RNC-mRNA测序数据,对RNC技术推广有重要推动作用。

    完整冷冻保存及解冻细胞内核糖体新生肽链复合物的方法

    公开(公告)号:CN104186460A

    公开(公告)日:2014-12-10

    申请号:CN201410387213.4

    申请日:2014-08-07

    Applicant: 暨南大学

    Abstract: 本发明公开了一种完整冷冻保存及解冻细胞内核糖体新生肽链复合物的方法。该方法是在正常生长的细胞培养液中加入翻译延伸抑制剂,待翻译延伸抑制剂有效作用于RNC,抑制翻译延伸的进行后,将细胞冷却至0~4℃,再用预冷至0~4℃的PBS溶液清洗细胞以及加入细胞中,液氮中快速冷冻,超低温保存,于冰上解冻,再抽提RNC。本发明通过采用翻译延伸抑制剂有效固定核糖体,使之不易解离,将细胞内的翻译状况固定下来;再通过液氮急冻方法有效地冷冻保存RNC长期储存和运输,并且解冻后所提取的RNC与新鲜细胞提取的RNC无异,因此本发明突破了时间和空间的限制,为研究RNC及开展RNC商业服务提供了便利。

    表达量高和活性强的CVN突变体的编码序列及其应用

    公开(公告)号:CN103255151B

    公开(公告)日:2014-12-03

    申请号:CN201310164451.4

    申请日:2013-05-07

    Applicant: 暨南大学

    Abstract: 本发明公开一种表达量高和活性强的CVN突变体的编码序列及其应用。该编码序列如SEQ ID NO.1所示。该编码序列用于CVN突变体,包括如下步骤:将上述编码核苷酸序列克隆到表达载体上,得到重组载体;将重组载体转化到宿主细胞中进行表达,纯化,得到表达量高和活性强的CVN突变体。该编码序列显著促进了CVN在大肠杆菌中的可溶性表达,CVN突变体在大肠杆菌中可溶性表达的量显著高于野生型CVN。此外,由该编码序列得到的CVN突变体的体外抗流感病毒活性要好于野生型CVN,说明通过翻译暂停理论对蛋白质编码核苷酸序列理性设计和优化,不仅能够提高CVN的表达量,更为重要的是显著促进CVN可溶性表达,得到生物活性更好的CVN蛋白。

    一种翻译组学标准品及其制备方法

    公开(公告)号:CN114807304A

    公开(公告)日:2022-07-29

    申请号:CN202210275371.5

    申请日:2022-03-21

    Applicant: 暨南大学

    Abstract: 本发明公开了一种翻译组学标准品及其制备方法以及标准品细胞株的筛选方法和相关试剂盒;本发明通过利用人类肝癌细胞MHCC97H制得了翻译组学标准品;该标准品具有代次间差异小,稳定性高的优点。为翻译组学提供了一种可重复好的标准品。

    一种核糖体印迹测序文库构建方法

    公开(公告)号:CN112899345A

    公开(公告)日:2021-06-04

    申请号:CN201911217929.9

    申请日:2019-12-03

    Applicant: 暨南大学

    Abstract: 本发明提供了一种核糖体印迹测序文库构建方法。本发明的文库构建方法包括如下步骤:(1)提取样品的RFP‑RNA;(2)修复RFP‑RNA的两端结构;(3)将正常结构的RNA采用small RNA建库试剂盒进行文库构建。本发明将RFP‑RNA双端修复,使其恢复成正常的RNA结构,能够和市面上的small RNA试剂盒无缝衔接,直接建库,无需去除rRNA,无需采用复杂的RFP‑RNA建库方法,简化了建库实验步骤,降低了物资成本,提高了实验的稳定性;减少了4~5天的实验时间,降低了50%的时间成本。本发明的文库构建方法适用于各类物种;得到的测序数据质量高,和理论水平一致。

    通过翻译暂停序列理性重设计改善蛋白质可溶性表达的方法

    公开(公告)号:CN103266105A

    公开(公告)日:2013-08-28

    申请号:CN201310164454.8

    申请日:2013-05-07

    Applicant: 暨南大学

    Abstract: 本发明公开了一种通过翻译暂停序列理性重设计改善蛋白质可溶性表达的方法。该方法包括如下步骤:根据蛋白质结构,确定翻译暂停位点应存在的位置;将翻译暂停范围外的缓慢翻译密码子突变为氨基酸相同的高频密码子;在翻译暂停范围内按照选择2~6个密码子进行同义突变,产生翻译暂停位点。该方法是在不改变蛋白质氨基酸序列的前提下,重新设计编码蛋白质的核苷酸序列,增强其可溶性表达的效率。适用性广,前景潜力大。

    表达量高和活性强的CVN突变体的编码序列及其应用

    公开(公告)号:CN103255151A

    公开(公告)日:2013-08-21

    申请号:CN201310164451.4

    申请日:2013-05-07

    Applicant: 暨南大学

    Abstract: 本发明公开一种表达量高和活性强的CVN突变体的编码序列及其应用。该编码序列如SEQ ID NO.1所示。该编码序列用于CVN突变体,包括如下步骤:将上述编码核苷酸序列克隆到表达载体上,得到重组载体;将重组载体转化到宿主细胞中进行表达,纯化,得到表达量高和活性强的CVN突变体。该编码序列显著促进了CVN在大肠杆菌中的可溶性表达,CVN突变体在大肠杆菌中可溶性表达的量显著高于野生型CVN。此外,由该编码序列得到的CVN突变体的体外抗流感病毒活性要好于野生型CVN,说明通过翻译暂停理论对蛋白质编码核苷酸序列理性设计和优化,不仅能够提高CVN的表达量,更为重要的是显著促进CVN可溶性表达,得到生物活性更好的CVN蛋白。

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