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公开(公告)号：CN1763225A
公开(公告)日：2006-04-26
申请号：CN200510029321.5
申请日：2005-09-01
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12Q1/68
Abstract: 一种海绵共附生优势细菌组成及宿主特异菌的分子鉴定方法，研磨破碎海绵后经溶菌酶与蛋白酶K处理释放DNA，采用酚－氯仿方法制备海绵共附生微生物宏基因组总DNA样品，以其为模板，以细菌通用引物进行PCR扩增得到小于500bp的16S rDNA片段，经变性梯度凝胶电泳将混合片段分开得到16S rDNA－DGGE基因指纹图谱，割胶回收DNA条带，再次PCR扩增及变性梯度凝胶电泳确认条带位置，纯化后克隆、测序，对照基因库进行同源性与系统发育分析，通过一种海绵的DGGE指纹图谱上所有条带的分析对海绵共附生的优势细菌组成进行分子鉴定，通过找到不同海绵的DGGE指纹图谱上的差异性条带完成宿主特异菌的分子鉴定。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN1326866C
公开(公告)日：2007-07-18
申请号：CN200510029320.0
申请日：2005-09-01
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 一种海绵共附生微生物群落总DNA的快速提取方法。先将海绵样品切成小块，悬浮于TE缓冲液中放置冰上直接研磨，完成海绵组织的裂解；然后在得到的TE悬浮海绵裂解物中，加入溶菌酶、十二烷基磺酸钠及蛋白酶K处理；离心后加入Tris-饱和酚抽提，然后依次采用Tris-饱和酚、氯仿、异戊醇溶液及氯仿、异戊醇溶液提取；再依次加入NaCl及异丙醇得到DNA沉淀，洗涤后溶解于TE缓冲液，采用RNA酶消解RNA；最后琼脂糖凝胶电泳分析检测提取的DNA样品。本发明可在一般实验室快速、方便地得到大片段的海绵共附生微生物的群落总DNA样品，可满足基于核酸的海绵共附生微生物种群结构与多样性分析的需要。
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公开(公告)号：CN1320098C
公开(公告)日：2007-06-06
申请号：CN200510029319.8
申请日：2005-09-01
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 一种海绵共生微生物混合培养及可培养种群监测方法。无菌水洗净海绵表面附生微生物后以人工海水浸泡、震荡释放海绵体内共生微生物制备种子液；用乙醇提取制备海绵浸出汁，添加进海水培养基中制成复合培养基；接种进行混合微生物培养。提取混合培养的微生物总DNA，采用细菌通用引物PCR扩增得到小于500bp的16S rDNA片段，进行变性梯度凝胶电泳得到基因指纹图谱；通过不同培养时间混合微生物样品指纹图条带的回收、克隆测序、同源性与系统发育分析鉴定微生物种群中的细菌种类，实现体外混合培养海绵共生微生物种群的监测。本发明可提高海绵共生微生物体外分离与培养的效率，也为制备多菌诱导产生的活性物质提供原料和技术支撑。
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公开(公告)号：CN1316041C
公开(公告)日：2007-05-16
申请号：CN200510029321.5
申请日：2005-09-01
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12Q1/68
Abstract: 一种海绵共附生优势细菌组成及宿主特异菌的分子鉴定方法，研磨破碎海绵后经溶菌酶与蛋白酶K处理释放DNA，采用酚-氯仿方法制备海绵共附生微生物宏基因组总DNA样品，以其为模板，以细菌通用引物进行PCR扩增得到小于500bp的16S rDNA片段，经变性梯度凝胶电泳将混合片段分开得到16S rDNA-DGGE基因指纹图谱，割胶回收DNA条带，再次PCR扩增及变性梯度凝胶电泳确认条带位置，纯化后克隆、测序，对照基因库进行同源性与系统发育分析，通过一种海绵的DGGE指纹图谱上所有条带的分析对海绵共附生的优势细菌组成进行分子鉴定，通过找到不同海绵的DGGE指纹图谱上的差异性条带完成宿主特异菌的分子鉴定。
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公开(公告)号：CN1766081A
公开(公告)日：2006-05-03
申请号：CN200510029319.8
申请日：2005-09-01
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 一种海绵共生微生物混合培养及可培养种群监测方法。无菌水洗净海绵表面附生微生物后以人工海水浸泡、震荡释放海绵体内共生微生物制备种子液；用乙醇提取制备海绵浸出汁，添加进海水培养基中制成复合培养基；接种进行混合微生物培养。提取混合培养的微生物总DNA，采用细菌通用引物PCR扩增得到小于500bp的16S rDNA片段，进行变性梯度凝胶电泳得到基因指纹图谱；通过不同培养时间混合微生物样品指纹图条带的回收、克隆测序、同源性与系统发育分析鉴定微生物种群中的细菌种类，实现体外混合培养海绵共生微生物种群的监测。本发明可提高海绵共生微生物体外分离与培养的效率，也为制备多菌诱导产生的活性物质提供原料和技术支撑。
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公开(公告)号：CN1740186A
公开(公告)日：2006-03-01
申请号：CN200510029320.0
申请日：2005-09-01
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 一种海绵共附生微生物群落总DNA的快速提取方法，先将海绵样品切成小块，悬浮于TE缓冲液中放置冰上直接研磨，完成海绵组织的裂解，然后在得到的TE悬浮海绵裂解物中，加入溶菌酶、十二烷基磺酸纳及蛋白酶K处理，离心后加入Tris－饱和酚抽提，然后依次采用Tris－饱和酚、氯仿、异戊醇溶液及氯仿、异戊醇溶液提取，再依次加入NaCl及异丙醇得到DNA沉淀，洗涤后溶解于TE缓冲液，采用RNA酶消解RNA，最后琼脂糖凝胶电泳分析检测提取的DNA样品。本发明可在一般实验室快速、方便地得到大片段的海绵共附生微生物的群落总DNA样品，可满足基于核酸的海绵共附生微生物种群结构与多样性分析的需要。
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