公开(公告)号：CN117947020A

公开(公告)日：2024-04-30

申请号：CN202410253065.0

申请日：2024-03-06

Applicant: 南京工业大学

Inventor： 柳东 ,  鲍雅楠 ,  张迪 ,  廖镜淋 ,  张斌赟 ,  李飞雪 ,  刘霖洁

IPC: C12N15/10 ,  A01N63/60 ,  A01P3/00

Abstract: 本发明涉及基因工程领域，公开了一种从大肠杆菌中产生dsRNA以抑制灰霉菌的方法及dsRNA的提取方法和应用。本发明公开的RNAi的靶标基因是灰葡萄孢菌中的BcSAS1，因为它在灰霉病菌的毒力中发挥关键作用。具体来说，BcSAS1编码灰霉菌中菌丝发育和毒力所需的小GTP酶Rab家族的成员。本发明以灰霉菌BcSAS1基因为基础，获得的dsRNA能有效降低灰霉菌的侵染能力从而防控植物和水果的灰霉病。本发明利用大肠杆菌实现了在短时间内大规模合成dsRNA，并显著提高了dsRNA的提取效率，克服现有技术难以大规模生产dsRNA的缺点。

公开(公告)号：CN118136117A

公开(公告)日：2024-06-04

申请号：CN202410255465.5

申请日：2024-03-06

Applicant: 南京工业大学

Inventor： 柳东 ,  张斌赟 ,  张迪 ,  廖镜淋 ,  鲍雅楠 ,  王振宇 ,  郑诚

IPC: G16B40/00 ,  G16B50/00 ,  G16B30/00 ,  G16B15/00 ,  G06N20/00 ,  G06N3/0455

Abstract: 本发明属于蛋白质相分离特性检测技术领域，具体涉及一种蛋白相分离预测模型的构建方法、检测方法及其系统。本发明蛋白相分离预测模型的构建方法以ESM蛋白语言模型为特征嵌入模块构建用于氨基酸序列的特征向量，在充分利用了蛋白质氨基酸序列本身所蕴含的特征的基础上，实现了特征全面、准确地表达，大大提高了蛋白质相分离特性检测的准确性。同时，利用开源的自动机器学习库AutoGluon可以自动实现超参数优化，并集成多种基础的机器学习算法，实现了蛋白相分离特性的预测，大大提高了模型预测的准确性和泛化能力。

公开(公告)号：CN118063560A

公开(公告)日：2024-05-24

申请号：CN202410229733.6

申请日：2024-02-29

Applicant: 南京工业大学

Inventor： 柳东 ,  张斌赟 ,  张迪 ,  廖镜淋 ,  鲍雅楠 ,  陈简 ,  高天平

IPC: C07K14/00 ,  C12N15/11 ,  C07K19/00 ,  C12N15/62 ,  C12N15/70 ,  C12N15/66 ,  C12N1/21 ,  C12R1/19

Abstract: 本发明属于基因工程领域，具体涉及一种促进蛋白液‑液相分离的标签多肽、融合蛋白、重组表达载体、重组表达菌株及其构建方法与应用。本发明提供了一种标签多肽，其氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示。本发明还提供了所述标签多肽的编码多核苷酸、包含上述标签多肽的融合蛋白、融合蛋白的编码多核苷酸、包含该多核苷酸的重组表达载体、包含该重组表达载体的重组表达菌株。利用本发明提供的标签多肽可促进目标蛋白质进行液‑液相分离，从而使得蛋白质在生物体内形成无膜细胞器。本发明提供的标签多肽有望富集代谢途径上的关键酶，进而促进酶促反应，减少代谢途径中的有害物质逸散，以减弱对细胞的毒害作用等方面发挥作用，因而具有广阔的应用前景。

公开(公告)号：CN118291510A

公开(公告)日：2024-07-05

申请号：CN202410536013.4

申请日：2024-04-30

Applicant: 南京工业大学

Inventor： 柳东 ,  张迪 ,  廖镜淋 ,  应汉杰 ,  朱晨杰 ,  陈勇 ,  鲍雅楠 ,  张斌赟 ,  王振宇

IPC: C12N15/70 ,  C12P7/18 ,  C12P19/34 ,  C12N15/53 ,  C12N15/60 ,  C12N15/12 ,  C12N1/21 ,  C12R1/19

Abstract: 本发明属于生物工程技术领域，具体涉及一种基于凝聚‑割离技术生产目标分子的方法、重组菌株及其应用。本发明通过调控生物凝聚态的形成，实现目标分子在细胞端的高浓度富集。经过这一步骤，获得了高度富集的目标分子，并可通过细胞分裂的方式进一步累积。这一创新方法为提高目标分子的产量和积累率开辟了新途径。相较于传统方法，本方法不仅有效地提高了细胞内目标分子在特定区域的浓度，还通过细胞分裂机制，实现了这些富集分子的进一步积累。通过精确调控生物凝聚态的生成，本发明克服了目标分子在细胞内稳定积累的难题，为增强目标分子生产效率提供了一种创新解决方案。这一方法在生物工艺、医药制造及其他相关领域具有广泛的应用前景。

公开(公告)号：CN118240729A

公开(公告)日：2024-06-25

申请号：CN202410253061.2

申请日：2024-03-06

Applicant: 南京工业大学

Inventor： 柳东 ,  鲍雅楠 ,  张迪 ,  廖镜淋 ,  张斌赟 ,  徐彬锐 ,  邵子健

IPC: C12N1/21 ,  C12N15/113 ,  C12N15/70 ,  C12R1/19

Abstract: 本发明属于生物工程技术领域，揭示了一种提高双链RNA产量的创新方法。该方法涉及构建一个能够高效产生双链RNA的大肠杆菌底盘BL21(DE3)△rnc△minC，并通过外源添加脂肪酸来进一步提升双链RNA的生产量。在这项研究中，我们成功敲除了大肠杆菌BL21(DE3)中编码细胞分裂Min系统中隔膜抑制蛋白的minC基因以及编码内切核糖核酸酶RNase III的rnc基因，并将其与含有单个T7启动子的RNAi表达载体相匹配，以实现高效的双链RNA生产。同时，我们提出在培养基中外源添加脂肪酸的策略，以进一步提高双链RNA的产量。这一创新系统不仅显著提升了双链RNA的产量，还加速了基于RNAi的害虫防治技术的发展。这一技术不仅为生物农业领域提供了先进的工具，而且为可持续农业的发展做出了积极贡献。