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公开(公告)号：CN113362899B
公开(公告)日：2023-12-19
申请号：CN202110425032.6
申请日：2021-04-20
Applicant: 厦门大学
IPC: G16B40/10 , G06N3/0455 , G06N3/047 , G06N3/0475 , G06N3/067
Abstract: 本发明公开了一种基于深度学习的蛋白质质谱数据的分析方法及系统，包括：获取样品的DIA蛋白质数据；基于DIA蛋白质数据，沿驻留时间维度以特定步幅移动的滑块为最小处理单元，删除滑块中的低信噪比的背景离子，确定候选母离子和候选子离子；将候选子离子的提取色谱输入变分自编码器编码神经网络后，嵌入到欧氏空间中，然后用k均值分类算法将其划分为k类；基于蛋白质数据库将每个碎片子离子簇与相应的母离子结合，生成母离子‑碎片子离子对；通过计算与理论谱相匹配的碎片子离子间的相似度，再次判断这些母离子‑碎片子离子对，将相似度超过预设阈值的母离子‑碎片子离子对作为伪串联谱存储。本发明能够提高鉴定到的肽段和蛋白质的数量。
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公开(公告)号：CN113284563A
公开(公告)日：2021-08-20
申请号：CN202110424972.3
申请日：2021-04-20
Applicant: 厦门大学
Abstract: 本发明公开了一种蛋白质质谱定量分析结果的筛选方法及系统，包括：获取经过OpenSWATH筛选后的定量结果图像；利用归一化方法对定量结果图像中的6个子离子的XIC曲线进行标准归一化，将XIC的强度转换到0和1之间；通过训练好的卷积神经网络对归一化方法的输出进行分类，输出肽段为阳性肽段的概率；基于预设的双阈值进行筛选，如果所述概率小于等于第一预设阈值，则判断出对应的肽段为假阳性肽段，如果所述概率大于等于第二预设阈值，则判断出对应的肽段为阳性肽段，否则，判断出对应的肽段为模糊肽段。本发明对OpenSWATH输出结果中多肽的碎片离子色谱所有肽段进行分类，以去除假阳性肽段，减轻人工检测的任务量。
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公开(公告)号：CN102516993B
公开(公告)日：2013-11-20
申请号：CN201110407866.0
申请日：2011-12-09
Applicant: 厦门大学
Abstract: 本发明公开一类具有甲基氯羰基哌嗪的罗丹明B衍生物作为细胞线粒体荧光染色剂的用途。该罗丹明B衍生物可作为细胞线粒体荧光染色剂用于高选择性、长期稳定标记细胞线粒体。该罗丹明B衍生物与不同类型的细胞孵育后，进入细胞的线粒体。这种罗丹明B衍生物在细胞线粒体内不仅保留时间长，而且稳定性高，不易被光猝灭，不与细胞内的活性物质反应。利用这种罗丹明B衍生物对不同细胞的线粒体能进行专一、稳定的标记。该罗丹明B衍生物可以作为不同类型细胞的线粒体荧光标记物质，可以用于长时间标记、跟踪细胞内线粒体。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN102433350A
公开(公告)日：2012-05-02
申请号：CN201110381716.7
申请日：2011-11-25
Applicant: 厦门大学
Abstract: 核酸内切酶DUF820-2的原核表达与制备方法及应用，涉及核酸内切酶。从蓝藻Microcystis aeruginosa PCC7806染色体DNA上PCR扩增出DUF820-2基因，再克隆到表达载体pGEX-6p-1中，将重组质粒pGEX-DUF820-2转化大肠杆菌，实现DUF820-2在大肠杆菌中的诱导表达。将诱导表达菌用Ni-NTA琼脂糖树脂纯化得DUF820-2蛋白。DNA酶切实验表明，表达纯化的DUF820-2蛋白具有核酸内切酶的活性，在反应缓冲液中能酶切环状质粒DNA和染色体DNA。该酶在30～64℃温度范围内具有核酸内切酶活性。具有比现有市售的核酸内切酶更广泛的应用范围和前景。
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公开(公告)号：CN113755160B
公开(公告)日：2023-05-09
申请号：CN202010502425.8
申请日：2020-06-04
Applicant: 厦门大学
Abstract: 本发明公开了应激线粒体定位成像探针组合物及其应用，包括可在线粒体的跨膜电势ΔΨm的驱动下在线粒体内聚集第一探针和第二探针，该第一探针和第二探针在该线粒体内通过生物正交反应相连形成一组合探针，使得当线粒体因应激反应导致跨膜电势ΔΨm降低或丧失时，该组合探针仍然保留在该线粒体内，从而实现应激线粒体的稳定定位成像。
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公开(公告)号：CN111671743A
公开(公告)日：2020-09-18
申请号：CN202010663799.8
申请日：2020-07-10
Applicant: 厦门大学
IPC: A61K31/265 , A61P43/00
Abstract: 本发明提出了D609在制备抑制细胞铁死亡的药物中的应用，该D609能够有效的抑制脂质过氧化造成的细胞铁死亡，而且其在高于有效浓度作用时完全无副作用，不会造成细胞死亡。
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公开(公告)号：CN103238565B
公开(公告)日：2015-03-04
申请号：CN201210537815.4
申请日：2012-12-13
Applicant: 国家海洋局第三海洋研究所 , 厦门大学
IPC: C12N15/12 , A01K67/033
Abstract: 本发明涉及一种筛选EphB4激酶活性抑制剂的转基因果蝇模型及其构建方法。将质粒注射到yw果蝇胚胎中，羽化的雌蝇与yw野生型雄蝇杂交后羽化的雄蝇与yw野生型雌蝇杂交，所得子代红眼雄性果蝇与雌性GMR-Gal4处女蝇杂交得子I代果蝇，挑子I代果蝇的处女蝇与yw/Y;+/Cyo雄蝇杂交，后代翘翅rougheye的雄蝇即为转基因果蝇模型中雄性果蝇；用所得雄性果蝇与+/FM7;+/Cyo雌性果蝇杂交，后代bar眼、翘翅、rougheye雌蝇再与模型中的雄性果蝇杂交，后代无bar眼、翘翅、rougheye的雌蝇即为转基因果蝇模型中雌性果蝇。本发明的果蝇模型可用于更快和方便的筛选有针对性的药物。
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公开(公告)号：CN103238565A
公开(公告)日：2013-08-14
申请号：CN201210537815.4
申请日：2012-12-13
Applicant: 国家海洋局第三海洋研究所 , 厦门大学
IPC: A01K67/033
Abstract: 本发明涉及一种筛选EphB4激酶活性抑制剂的转基因果蝇模型及其构建方法。将质粒注射到yw果蝇胚胎中，羽化的雌蝇与yw野生型雄蝇杂交后羽化的雄蝇与yw野生型雌蝇杂交，所得子代红眼雄性果蝇与雌性GMR-Gal4处女蝇杂交得子I代果蝇，挑子I代果蝇的处女蝇与yw/Y;+/Cyo雄蝇杂交，后代翘翅rougheye的雄蝇即为转基因果蝇模型中雄性果蝇；用所得雄性果蝇与+/FM7;+/Cyo雌性果蝇杂交，后代bar眼、翘翅、rougheye雌蝇再与模型中的雄性果蝇杂交，后代无bar眼、翘翅、rougheye的雌蝇即为转基因果蝇模型中雌性果蝇。本发明的果蝇模型可用于更快和方便的筛选有针对性的药物。
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