一种超高通量单细胞染色质转座酶可及性测序方法

    公开(公告)号:CN113604545B

    公开(公告)日:2022-04-29

    申请号:CN202110911428.1

    申请日:2021-08-09

    Applicant: 浙江大学

    Abstract: 本发明公开了一种超高通量单细胞染色质转座酶可及性测序方法,本发明先使用特异性分子标签转座酶包埋复合物进行细胞核内染色质转座酶可及性基因组序列的转座,再将细胞核通过微孔板技术或微流控技术使一个分子标记微珠与一个或多个细胞核处于分隔的空间中,并在裂解液作用下裂解细胞核,在桥连引物的帮助下将特异性分子标签序列与分子标记微珠上的分子标记序列连接,并通过PCR扩增获得大量序列,构建获得测序文库,然后进行高通量测序,一次测序便可以获得上百万个单细胞的特异性基因组开放性信息,大大提高了单细胞测序的通量,积极推动基于微孔板的单细胞高通量染色质转座酶可及性测序技术的发展。

    一种单细胞染色质可及性图谱的跨物种分析方法、设备和介质

    公开(公告)号:CN117542414A

    公开(公告)日:2024-02-09

    申请号:CN202311559190.6

    申请日:2023-11-21

    Applicant: 浙江大学

    Abstract: 本发明公开了一种单细胞染色质可及性图谱的跨物种分析方法、设备和介质,属于单细胞染色质可及性数据分析技术领域。所述单细胞染色质可及性图谱的跨物种分析方法包括:单细胞染色质可及性测序数据的处理;识别多物种的潜在调控元件;调控元件的跨物种分析;基于同源基因的开放模式,鉴定跨物种相似谱系与细胞类型和使用Scenicplus构建跨物种基因调控网络。本发明能够实现多物种的染色质可及性数据的整合分析,全面解析转录调控与基因表达的关系,从进化角度大规模筛选细胞谱系相关的转录调控元件。

    一种基于双通穿透型微孔芯片的高通量单细胞测序方法

    公开(公告)号:CN117448432A

    公开(公告)日:2024-01-26

    申请号:CN202311038617.8

    申请日:2023-08-17

    Applicant: 浙江大学

    Abstract: 本发明公开了一种基于双通穿透型微孔芯片设计的单细胞多组学文库构建及测序方法,包括以下步骤:S1、将待测组织的单细胞或单核悬液在多孔板中进行原位的核酸分子标记反应,使其带上已知碱基序列的标签;S2、将反应后的单细胞或单核悬液与带有已知碱基序列的微珠混合,并加载到双通穿透型微孔芯片上,待反应完成后,使用密封油封住芯片;S3、在芯片内进行核酸分子聚合与扩增,后收集芯片内液体构建单细胞测序文库;S4、对单细胞文库进行测序,经过数据处理得到单细胞多组学文库数据。本发明可以在单细胞水平上以较低成本快速便捷的高通量分析包括转录组以及染色质可性在内的多组学遗传信息。

    一种基于寡核苷酸链杂交标记的高通量单细胞测序方法

    公开(公告)号:CN114107459B

    公开(公告)日:2022-12-06

    申请号:CN202111332355.7

    申请日:2021-11-11

    Applicant: 浙江大学

    Abstract: 本发明公开了一种基于寡核苷酸链杂交标记的高通量单细胞测序方法。本发明基于该寡核苷酸链杂交标记的高通量单细胞转录组或染色质可及性测序方法能够一次性标记并获得从上万个到百万级别的单细胞或单细胞核的特异性转录组信息或染色质开放区域基因组信息。由于在多段barcode标记的步骤仅依靠核酸杂交,中间步骤没有使用包括T4连接酶在内的任何连接酶,而是在最后合成完整DNA链时一步聚合连接所有缺口和双链,扩大实验规模只耗费常规盐离子杂交液不耗费酶,因此大大降低了大规模高通量实验的成本,所以整套实验成本低、耗时短、不依赖仪器、通量高,在单细胞测序领域有很好的实际应用价值。

    一种超高通量单细胞染色质转座酶可及性测序方法

    公开(公告)号:CN113604545A

    公开(公告)日:2021-11-05

    申请号:CN202110911428.1

    申请日:2021-08-09

    Applicant: 浙江大学

    Abstract: 本发明公开了一种超高通量单细胞染色质转座酶可及性测序方法,本发明先使用特异性分子标签转座酶包埋复合物进行细胞核内染色质转座酶可及性基因组序列的转座,再将细胞核通过微孔板技术或微流控技术使一个分子标记微珠与一个或多个细胞核处于分隔的空间中,并在裂解液作用下裂解细胞核,在桥连引物的帮助下将特异性分子标签序列与分子标记微珠上的分子标记序列连接,并通过PCR扩增获得大量序列,构建获得测序文库,然后进行高通量测序,一次测序便可以获得上百万个单细胞的特异性基因组开放性信息,大大提高了单细胞测序的通量,积极推动基于微孔板的单细胞高通量染色质转座酶可及性测序技术的发展。

    一种基于寡核苷酸链杂交标记的高通量单细胞测序方法

    公开(公告)号:CN114107459A

    公开(公告)日:2022-03-01

    申请号:CN202111332355.7

    申请日:2021-11-11

    Applicant: 浙江大学

    Abstract: 本发明公开了一种基于寡核苷酸链杂交标记的高通量单细胞测序方法。本发明基于该寡核苷酸链杂交标记的高通量单细胞转录组或染色质可及性测序方法能够一次性标记并获得从上万个到百万级别的单细胞或单细胞核的特异性转录组信息或染色质开放区域基因组信息。由于在多段barcode标记的步骤仅依靠核酸杂交,中间步骤没有使用包括T4连接酶在内的任何连接酶,而是在最后合成完整DNA链时一步聚合连接所有缺口和双链,扩大实验规模只耗费常规盐离子杂交液不耗费酶,因此大大降低了大规模高通量实验的成本,所以整套实验成本低、耗时短、不依赖仪器、通量高,在单细胞测序领域有很好的实际应用价值。

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