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公开(公告)号：CN115354067A
公开(公告)日：2022-11-18
申请号：CN202210041455.2
申请日：2022-01-14
Applicant: 郑州大学第一附属医院 , 江苏先声医学诊断有限公司
IPC: C12Q1/6806 , C40B50/06 , C12Q1/34
Abstract: 本发明提供一种游离DNA甲基化建库的方法，有效的解决了甲基化双链建库在使用中成本较高、检测灵敏度低、冗余度高的问题；包括步骤：S1:提供样本DNA，使用TET酶对样本DNA中的5mC和5fmC进行氧化，分别转化为5caC/5gC，完成氧化并加入终止反应液，然后进行磁珠纯化；S2:将纯化产物变性为单链DNA，使用APOBEC酶，将未修饰的胞嘧啶转化形成尿嘧啶，然后进行磁珠纯化，得到完成C到U转化的单链DNA模板；S3:对纯化产物进行修复，使用单链连接酶进行第一接头连接，得到3’端连接有接头的产物单链DNA分子；一种游离DNA甲基化建库的方法，由于酶法甲基化转化条件温和，可最大程度的减少DNA在转化过程中的损失，提高了文库建库效率。
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公开(公告)号：CN115985400B
公开(公告)日：2024-03-15
申请号：CN202211545623.8
申请日：2022-12-02
Applicant: 江苏先声医疗器械有限公司 , 江苏先声医学诊断有限公司 , 南京先声诊断技术有限公司
Abstract: 本申请属于生信分析技术领域，具体涉及一种宏基因组多重比对序列重分配方法及应用。所述方法对宏基因组测序数据快速分类，基于分类树报告提取小宏基因组参考序列数据库，通过快速比对划分最小分类单元及比对序列独立子集，模拟计算唯一比对率，构建多重比对序列重分配概率模型，进而实现快速准确的物种序列丰度评估。
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公开(公告)号：CN116312796B
公开(公告)日：2023-11-14
申请号：CN202310103910.1
申请日：2023-02-07
Applicant: 江苏先声医学诊断有限公司 , 北京先声医学检验实验室有限公司 , 江苏先声诊断技术有限公司
Abstract: 本申请属于生信分析技术领域，具体涉及一种基于期望最大化算法(EM)的宏基因组丰度估计方法，包括基于宏基因组测序数据的比对信息，引入参考基因组唯一比对位置的比例量化物种参考基因组相似度对比对信息的影响，构建统计模型刻画观测到的唯一比对和多重比对出现的概率；采用EM求解所构建的统计模型，估计宏基因组中的物种丰度。本申请由于量化了物种参考基因组相似度的影响，因此能够在物种水平上提高宏基因组丰度估计的准确性，进而改善宏基因组物种鉴定的灵敏度和特异度。
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公开(公告)号：CN115595367B
公开(公告)日：2023-11-14
申请号：CN202211251568.1
申请日：2022-10-13
Applicant: 江苏先声医学诊断有限公司 , 北京先声医学检验实验室有限公司 , 南京先声医学检验实验室有限公司
IPC: C12Q1/6886 , G01N33/574
Abstract: 本申请涉及COL24A1基因突变在预测肺腺癌患者对免疫检查点抑制剂疗法敏感性中的应用。
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公开(公告)号：CN115595367A
公开(公告)日：2023-01-13
申请号：CN202211251568.1
申请日：2022-10-13
Applicant: 江苏先声医学诊断有限公司(CN) , 北京先声医学检验实验室有限公司(CN) , 南京先声医学检验实验室有限公司(CN)
IPC: C12Q1/6886 , G01N33/574
Abstract: 本申请涉及COL24A1基因突变在预测肺腺癌患者对免疫检查点抑制剂疗法敏感性中的应用。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN113539369A
公开(公告)日：2021-10-22
申请号：CN202110804351.8
申请日：2021-07-14
Applicant: 江苏先声医学诊断有限公司 , 江苏先声医疗器械有限公司 , 南京先声诊断技术有限公司
IPC: G16B30/10
Abstract: 本发明提供了一种基于kraken2单条序列kmer评分和整体基于taxonomy结构统计的生信分析方法，所述方法能够降低生信分析假阳性，提高物种检测准确度，适用于二代宏基因组测序分析。
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公开(公告)号：CN116312798A
公开(公告)日：2023-06-23
申请号：CN202310153201.4
申请日：2023-02-22
Applicant: 江苏先声医学诊断有限公司 , 北京先声医学检验实验室有限公司 , 江苏先声诊断医疗器械有限公司
Abstract: 本申请属于生信分析技术领域，具体涉及一种宏基因组测序数据物种验证的方法及应用。所述方法通过精确序列比对计算待验证物种的多个参考基因组比对指标，基于最大可能性原则筛选候选参考基因组及比对指标的极大似然估计，采用固定步长滑动窗口计算基因组不同区域间序列分布的基尼系数，生成可变长度滑动窗口计算基因组全长范围内序列分布的可信度和不可信度，进而对宏基因组测序数据中待验证物种进行综合评估。此外，本申请基于待验证物种各亚型比对指标、基尼系数、唯一比对序列占比，可进一步构建物种亚型概率模型并对各亚型进行统计推断。
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公开(公告)号：CN115985400A
公开(公告)日：2023-04-18
申请号：CN202211545623.8
申请日：2022-12-02
Applicant: 江苏先声医疗器械有限公司 , 江苏先声医学诊断有限公司 , 南京先声诊断技术有限公司
Abstract: 本申请属于生信分析技术领域，具体涉及一种宏基因组多重比对序列重分配方法及应用。所述方法对宏基因组测序数据快速分类，基于分类树报告提取小宏基因组参考序列数据库，通过快速比对划分最小分类单元及比对序列独立子集，模拟计算唯一比对率，构建多重比对序列重分配概率模型，进而实现快速准确的物种序列丰度评估。
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公开(公告)号：CN114242157B
公开(公告)日：2023-03-21
申请号：CN202111630526.4
申请日：2021-12-28
Applicant: 江苏先声医学诊断有限公司 , 南京先声诊断技术有限公司 , 南京先声医学检验实验室有限公司
IPC: G16B5/00 , G16B20/50 , G16B40/00 , C12Q1/6886
Abstract: 本发明公开一种基于cfDNA突变进行非小细胞肺癌免疫治疗疗效预测的模型构建方法及其应用。所述方法以cfDNA基因突变为模型输入，以总生存期为疗效评价指标，利用LASSO‑Cox回归方法进行模型构建，获得综合模型并计算bGMS,可预测NSCLC患者的生存风险和免疫治疗响应状况。与当前普遍基于肿瘤组织的标志物相比，本发明具有样本更易获得、无创等优点；与使用传统bTMB标志物相比，具有更高准确性。
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公开(公告)号：CN113403399B
公开(公告)日：2021-10-29
申请号：CN202110949890.0
申请日：2021-08-18
Applicant: 江苏先声医学诊断有限公司 , 江苏先声医疗器械有限公司 , 南京先声医学检验实验室有限公司
IPC: C12Q1/6886 , G01N33/574 , G01N33/68
Abstract: 本发明涉及PCDHGB1突变在预测肺腺癌患者对免疫检查点抑制剂疗法敏感性，以及预测肺腺癌患者肿瘤突变负荷、PD‑L1表达量、DNA错配修复通路基因突变和肿瘤内CD8+T细胞浸润程度中的应用。
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