本发明提供一种电可编程熔丝系统及其编程方法、读取方法，所述电可编程熔丝系统包括存储模块和参考模块。所述存储模块包括多个存储单元和多个第一比较器，所述多个存储单元呈阵列式排布。所述参考模块包括呈线性排布的多个参考单元和一个第二比较器。本发明在每行存储单元中连接一个参考单元以形成一参考模块，且所述参考模块的电路设计与每列所述存储单元的电路设计相同，故不仅在排版上能够节约版图面积，在制版过程中还易统一操作。此外，在读取每行所述存储单元的数据时，仅需读取一次所述参考模块的参考电流值作为存储电流值的统一比较值即可，不仅读取的功耗低，还能保证参考电流值的一致性，以提高读取的可靠性。