本发明公开了一种基于目标遮挡补偿的鱼群自动检测方法，该方法包括：通过在多旋翼无人飞船上搭载相机采集鱼群图像，并进行标记和数据扩充；进行特征提取，使用双支路特征提取网络对输入鱼群图像进行由浅至深的多级特征提取，获得五个特征图；进行特征融合，使用改进的语义嵌入分支将深层特征图的语义信息融合到其上一层的浅层特征图中，并将四倍下采样特征图的细节信息融合到八倍下采样特征图中；通过三个特征图进行鱼目标的预测，得到候选框，并采用改进DIoU_NMS非极大值抑制算法处理重复候选框，输出鱼群检测的结果。本发明可以在鱼群聚集导致相互遮挡时提高鱼群检测的召回率，进而提高鱼群检测的平均精确度。