本发明公开了一种靶向ATP6V0A4p.V512L突变体抑制剂的药物先导化合物及应用，属于生物医药技术领域。用于治疗或者预防肾脏泌氢障碍的药物，包括能够靶向抑制ATP6V0A4p.V512L突变体抑制剂。本发明还涉及用于抑制ATP6V0A4p.V512L突变体的潜在药物筛选方法，包括以下步骤：ATP6V0A4p.V512L突变体的蛋白质结构进行预测，将所述蛋白质与待筛选化合物进行虚拟对接，根据结合亲和力进行虚拟筛选；使用RDKit指纹生成器为虚拟筛选后的化合物生成分子指纹，计算指纹的Tanimoto相似性，使用层次凝聚聚类进行聚类分析；通过分子动力学模拟，计算化合物与突变体的结合自由能，进一步筛选化合物；筛选所得的化合物进行湿实验验证。该化合物可以用于进一步设计和合成高活性高选择性的靶向ATP6V0A4p.V512L突变体的抑制剂，同时为ATP6V0A4p.V512L突变导致的肾脏泌氢障碍患者的靶标药物研发奠定基础。