本发明涉及无人机飞行控制技术领域，提供了基于自适应动态规划的无人机轨迹跟踪控制方法及系统，包括：基于位置环期望值、外部干扰估计值和位置跟踪误差，通过位置子系统的控制律，得到位置子系统控制输入后，采用位置子系统计算得到位置坐标向量及其一阶导，以更新位置跟踪误差，通过干扰观测器，更新外部干扰估计值；基于欧拉角向量参考信号，计算得到前馈控制输入，并结合最优反馈控制输入，计算得到姿态子系统控制输入后，通过姿态子系统计算欧拉角向量及其一阶导数后，采用自适应动态规划方法，对标称误差系统设计最优反馈控制器，更新最优反馈控制输入。保证无人机系统在有限时间内拥有较强鲁棒性的同时还具备最优跟踪性能。