公开(公告)号：KR100318089B1

公开(公告)日：2002-05-13

申请号：KR1019980049662

申请日：1998-11-19

Applicant: 대한민국(관리부서:국립수산과학원)

Inventor： 심두생 ,  김재호 ,  김형락 ,  이주석 ,  손상규

IPC: C12Q1/68

Abstract: 본 발명은 에드와드시엘라 타르다 (
Edwardsiella tarda )의 16S rRNA 검출에 사용되는 올리고 뉴클레오타이드 프로브 (probe) 및 그 제작방법에 관한 것으로, 구체적으로 본 발명의 에드와드시엘라 타르다 (
Edwardsiella tarda )로부터 분리한 서열 10의 16S rRNA, 이로부터 얻어진 특정 서열의 올리고 뉴클레오타이드를 포함하여 에드와드시엘라 타르다 (
Edwardsiella tarda )를 검출하는 올리고 뉴클레오타이드 프로브(probe)는 기존의 올리고 뉴클레오타이드 프로브에 비해 교차 반응이 현저히 감소된, 감도가 높고 특이성이 향상된 프로브이며, 본 발명의 PCR을 이용하는 다중체 프로브의 제조방법은 간단하고 신속하게 특이성이 우수한 다중체 프로브를 제조할 수 있는 경제적인 프로브 제조방법이다.

公开(公告)号：KR1020000033007A

公开(公告)日：2000-06-15

申请号：KR1019980049662

申请日：1998-11-19

Applicant: 대한민국(관리부서:국립수산과학원)

Inventor： 심두생 ,  김재호 ,  김형락 ,  이주석 ,  손상규

IPC: C12Q1/68

Abstract: PURPOSE: A preparation method of probe and probe sequence is provided which is specific for 16S rRNA of E. tarda. CONSTITUTION: PCR primers based on consensus 16S rRNA sequence of eubacteria are used to amplify part of 16S rRNA sequence of E. tarda. PCR product is digested with EcoRI and PstI and cloned into pUC18. Restriction analysis reveals that PstI, HinDIII, and SmaI sites are existed with 16S rRNA specific EcoRI site. Nucleotide sequence of cloned PCR product is determined. Nucleotide sequences of other pathogenic bacteria and E. tarda are compared and E. tarda specific sequence is selected for the probes. One of probe shows sequence similarity with those of Yersinia rocker, Aeromonas sobria, Vibrio angel arum, Vibrio oral, Pasteurella canis, and Staphylococcus epidermis but the other probe does not show any sequence similarity. Multimeric probes having triple repeat of each probes or mixed repeat of each probes are used for slot-blot hybridization. Cross hybridization of one probe is decreased by multimeric probes and sensitivity of multimeric probes is increased.

Abstract translation: 目的：提供探针和探针序列的制备方法，该方法特异于E.tarda的16S rRNA。 构成：使用基于共表达的16S rRNA序列的PCR引物扩增E.tarda的16S rRNA序列的一部分。 PCR产物用EcoRI和PstI消化并克隆到pUC18中。 限制性分析显示，PstI，HinDIII和SmaI位点存在于16S rRNA特异性EcoRI位点。 测定克隆PCR产物的核苷酸序列。 比较其他致病菌和大肠杆菌的核苷酸序列，并为探针选择绦虫特异性序列。 其中一个探针显示与耶尔森氏杆菌，气单胞菌，弧菌弧菌，口服弧菌，巴斯德氏菌和表皮葡萄球菌的序列相似性，但其他探针没有显示任何序列相似性。 每个探针具有三重重复的多聚体探针或每个探针的混合重复用于斑点印迹杂交。 一个探针的交叉杂交通过多聚体探针降低，多聚体探针的灵敏度增加。