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公开(公告)号：WO2019066147A1
公开(公告)日：2019-04-04
申请号：PCT/KR2017/014856
申请日：2017-12-15
Applicant: 한국기초과학지원연구원
Abstract: 본 발명은 고분해능 질량 스펙트럼의 결과를 이용한 O-연결형 당펩티드의 동정 및 정량을 위한 생물정보처리 분석 방법에 관한 것이다. 구체적으로, 본 발명에 따른 생물정보처리 분석 방법은 다양한 종류의 시료에 포함된 종래에 공지되지 않은 당쇄를 갖는 O-연결형 당펩티드의 양적 변화를 효율적이고 정확하게 분석할 수 있고, 고분해능 질량 분석기를 이용함으로써, 시료로부터 암 등을 포함하는 질병의 마커를 발견하여 예측 또는 진단하거나 당단백질 의약품의 O-연결형 당펩티드의 구조를 분석하는데 유용하게 사용될 수 있다.
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公开(公告)号：WO2014051220A1
公开(公告)日：2014-04-03
申请号：PCT/KR2013/000496
申请日：2013-01-22
Applicant: 한국기초과학지원연구원
CPC classification number: G06F19/16 , C12Q1/37 , G01N30/86 , G01N33/6848 , G01N2030/8813 , G01N2030/8831 , G01N2400/00 , G01N2440/38 , G01N2560/00 , G01N2570/00 , H01J49/0027 , H01J49/0036 , H01J49/004
Abstract: 본 발명은 고분해능 질량분석기로부터 얻은 질량 스펙트럼의 결과를 이용하여 일반 펩티드에 비해 상대적으로 낮은 감도 또는 농도로 존재하는 당펩티드를 효율적이고 정확히 동정 및 정량화하여, 질병 표지자(Biomarker)인 당펩티드를 발견하여 효과적으로 암을 예측, 진단할 수 있는 기술에 유용하게 사용될 수 있다.
Abstract translation: 本发明通过使用从高分辨率质谱仪获得的质谱结果，有效和准确地鉴定和定量与一般肽相比具有相对较低灵敏度或浓度的糖肽，因此可有效地用于能够有效地 通过检测作为生物标志物的糖肽来预测和诊断癌症。
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公开(公告)号：KR101341591B1
公开(公告)日：2013-12-16
申请号：KR1020120108011
申请日：2012-09-27
Applicant: 한국기초과학지원연구원
CPC classification number: G06F19/16 , C12Q1/37 , G01N30/86 , G01N33/6848 , G01N2030/8813 , G01N2030/8831 , G01N2400/00 , G01N2440/38 , G01N2560/00 , G01N2570/00 , H01J49/0027 , H01J49/0036 , H01J49/004
Abstract: The present invention be usefully used for a technique capable of predicting and diagnosing cancer by detecting a biomarker by effectively and precisely identifying and quantifying glycopeptide with relatively low sensitivity and concentration compared to ordinary peptide using the result of mass spectrum obtained from a high resolution mass analyzer.
Abstract translation: 本发明可用于通过使用从高分辨率质量分析仪获得的质谱结果与普通肽相比，以相对较低的灵敏度和浓度有效且精确地鉴定和定量糖肽来检测生物标志物，能够预测和诊断癌症的技术 。
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公开(公告)号：KR1020120124767A
公开(公告)日：2012-11-14
申请号：KR1020110042607
申请日：2011-05-04
Applicant: 한국기초과학지원연구원
IPC: G01N33/50 , G06F19/10 , B01D59/44 , G01N33/574
Abstract: PURPOSE: A method for analyzing mass spectrometry result using a mass spectrometer of high resolution(MALDI FT-ICR) is provided to efficiently and accurately identify and quantitate saccharides and to predict and diagnose cancer. CONSTITUTION: A new bioinformatics platform for identifying N-glycans from blood sample comprises: a step of analyzing saccharides hydrolyzed by PNGase F using a mass spectrometer of high resolution(MALDI FT-ICR) to obtain mass spectrum; a step of removing noise from the mass spectrum, selecting peak, and preparing a peak list; a step of grouping isotopes of the peak list; a step of modeling isotopic distribution from saccharide database in the peak list; a step of calculating S-score and identifying saccharides with 4.5 or more of S-score; a step of analyzing correlation based on the identified saccharides and identifying branching N-glycan; and a step of preparing profiling and correlation map.
Abstract translation: 目的：提供使用高分辨率质谱仪（MALDI FT-ICR）分析质谱结果的方法，以有效和准确地鉴定和定量糖类并预测和诊断癌症。 构成：用于从血液样品中鉴定N-聚糖的新的生物信息学平台包括：使用高分辨率质谱仪（MALDI FT-ICR）分析由PNGase F水解的糖类以获得质谱的步骤; 从质谱中去除噪声的步骤，选择峰值和准备峰值列表; 峰值列表同位素分组的步骤; 在峰值列表中从糖类数据库建模同位素分布的步骤; 计算S评分并鉴定S评分4.5以上的糖类的步骤; 基于鉴定的糖分析相关性并鉴定支链N-聚糖的步骤; 并准备剖析和相关图的步骤。
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公开(公告)号：KR101311412B1
公开(公告)日：2013-09-25
申请号：KR1020110042607
申请日：2011-05-04
Applicant: 한국기초과학지원연구원
IPC: G01N33/50 , G06F19/10 , B01D59/44 , G01N33/574
Abstract: 본 발명은 혈액내 당단백질에 당(N-glycan)의 동정을 위해 고분해능 질량분석기(MALDI FT-ICR)를 이용한 질량 스펙트럼 검색 결과를 분석하는 방법에 대한 것으로, 구체적으로 당 절단 효소에 의해 분리된 당을 고분해능 질량분석기(MALDI FT-ICR)로 분석하여 질량 스펙트럼을 얻는 단계(단계 1); 상기 질량 스펙트럼에서 노이즈를 제거하고, 피크를 선택하여 피크의 리스트를 작성하는 단계(단계 2); 상기 피크 리스트에서 동위원소들을 그룹화하는 단계(단계 3); 상기 피크 리스트에서 당 데이터베이스로부터 이론적으로 가능한 동위원소 분포를 모델링하는 단계(단계 4); S-스코어를 계산하고, S-스코어가 4.5 이상인 당을 동정하는 단계(단계 5); 상기 동정된 당을 기본으로 하여 상관관계 분석을 통하여 추가적으로 당(Branching N-glycan)을 동정하는 단계(단계 6); 상기 동정된 당들을 확인하고, 프로파일링 및 상관관계 맵을 작성하는 단계(단계 7)를 포함하는 생물정보처리 분석 방법에 관한 것이다. 본 발명은 고분해능 질량분석기(MALDI FT-ICR)로부터 얻은 질량 스펙트럼의 결과를 이용하여 상대적으로 낮은 감도(또는 농도)로 존재하는 당을 효율적이고 정확히 동정 및 정량화하여, 질병 표지자(Biomarker)인 당을 발견하여 효과적으로 암을 예측, 진단할 수 있는 기술에 유용하게 사용될 수 있다.
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Patent Agency Ranking
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公开(公告)号：KR101046689B1
公开(公告)日：2011-07-06
申请号：KR1020080079991
申请日：2008-08-14
Applicant: 한국기초과학지원연구원
Abstract: 본 발명은 유전자 온톨로지 트리를 이용한 생물학적 시료의 유전자 발현 패턴 시각화 및 분석을 위한 장치 및 방법에 관한 것으로서, 더욱 상세하게는 생물학적 의의를 갖는 유전자 발현 패턴의 분석을 위해 유전자 온톨로지 트리를 이용한 유전자 발현 패턴을 시각화하거나 복잡도를 산출하는 시각화 내지 분석에 대한 장치 및 방법을 제공하고, 상기 장치 및 방법에 의해 생성된 데이터를 이용하여 서로 다른 생물학적 시료의 유전자 발현 패턴을 분석하는 비교장치에 관한 것이다. 본 발명에 의하면, 생물학적 시료의 단백질체 분석이나 RNA 발현 분석 결과로부터 분자 기능, 생물학적 프로세스 또는 세포 내 성분 분야에 대한 유전자 발현 패턴의 파악이 가능하므로 각 시료의 기능 변화, 진화 정도 또는 발달 정도 등 생물학적 의의를 갖는 분석에 유용하게 이용될 수 있다.
유전자 온톨로지, 발현 패턴, 시각화, 복잡도Abstract translation: 本发明涉及一种用于基因表达模式的可视化，并使用基因本体论分类，并且更具体地，涉及使用基因本体树的基因表达模式的分析基因表达模式的生物样品分析的装置和方法具有生物学意义 可视化或提供一种装置和方法，用于可视化分析计算并使用由所述装置和方法涉及一种比较装置，用于分析不同的生物样品的基因表达模式中生成的数据的复杂性。 根据本发明，从结果功能的生物样品蛋白质组分析或RNA表达分析的分子，生物过程或用于在现场图案的组分的细胞的基因表达的可能的识别，因为生物学意义，如功能性的变化，不断变化的程度或样品的发育水平 可以有用地用于分析。
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9.发明授权질량 스펙트럼 데이터 및 １차원 젤에서의 밴드 위치분석을 포함하는 단백질 수식화 분석 시스템 및 이를이용한 단백질 수식화 분석 방법 失效通过质谱数据分析分析其一维凝胶带位置的蛋白质修饰系统及其分析蛋白质修饰方法
公开(公告)号：KR100805777B1
公开(公告)日：2008-02-21
申请号：KR1020070017837
申请日：2007-02-22
Applicant: 한국기초과학지원연구원
CPC classification number: G01N33/6848 , H01J49/004
Abstract: A method for analyzing protein modification is provided to be able to find out the interaction mechanism between proteins in a cell by qualitatively analyzing the states of each proteins from a biological sample where many proteins are admixed and discover a protein as a disease marker, thereby being usefully used for developing a method for diagnosing and treating the disease. A method for analyzing protein modification comprises the steps of: (a) after isolating a sample including proteins through one dimensional gel electrophoresis, cleaving each bands and isolating the proteins from the cleaved bands, cleaving the isolated protein using a protein lyase and then obtaining Tandem mass spectrometry of generated peptides therefrom; (b) comparing the Tandem mass spectrometry input through an interface with protein sequence database to identify the generated peptides; (c) preparing a distribution map using the number of the identified peptides in accordance with the position of the band; (d) filtering the band when the peptide number is less than the band having the biggest number of the peptide as a noise; (e) calculating the peptide rate by dividing the peptide number of each of the bands into the total number of the noise eliminated peptide; (f) putting together the peptides identified in a continuous band as one cluster, selecting the maximum peptide rate of each of the clusters as a representative band position and defining each cluster as an island; (g) calculating the rate of the peptide in each of the island as a total sum of the peptide rate included in the island; and (h) calculating the degree of dispersion regarding each position of the island and the peptide rate from the island position and peptide rate, which are the most identified island among islands where one protein distributes. Further, the one dimensional gel electrophoresis is a sodium dodecyl sulphate-polyacrylamide gel electrophoresis.
Abstract translation: 提供了一种分析蛋白质修饰的方法，通过定性分析来自生物样品的各种蛋白质的状态，通过定性分析细胞内的蛋白质之间的相互作用机制，发现蛋白质作为疾病标记，从而可以发现蛋白质的相互作用机理 有用地用于开发诊断和治疗疾病的方法。 用于分析蛋白质修饰的方法包括以下步骤：（a）通过一维凝胶电泳分离包含蛋白质的样品后，切割每个条带并从切割的条带分离蛋白质，使用蛋白质裂解酶切割分离的蛋白质，然后获得串联 从其产生的肽的质谱法; （b）将通过界面的串联质谱输入与蛋白质序列数据库进行比较以鉴定产生的肽; （c）根据所述带的位置使用所鉴定的肽的数目制备分布图; （d）当肽数小于肽数最多的条带作为噪声时，对带进行过滤; （e）通过将每个条带的肽数除以噪声消除肽的总数来计算肽速率; （f）将在连续带中鉴定的肽组合为一个簇，选择每个簇的最大肽速率作为代表性带位置并将每个簇定义为岛; （g）计算岛中每个岛中的肽的速率，作为包含在岛中的肽速率的总和; 和（h）计算岛上每个位置的分散度和来自岛位置和肽速率的肽速率，其是一个蛋白质分布的岛中最确定的岛。 此外，一维凝胶电泳是十二烷基硫酸钠 - 聚丙烯酰胺凝胶电泳。
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公开(公告)号：KR1020100021205A
公开(公告)日：2010-02-24
申请号：KR1020080079991
申请日：2008-08-14
Applicant: 한국기초과학지원연구원
CPC classification number: G06F19/10
Abstract: PURPOSE: An apparatus for visualizing and analyzing gene expression pattern of biological sample using genetic ontology tree is provided to analyze gene expression pattern of molecular function, biological process or intracelluar ingredient. CONSTITUTION: An apparatus for visualizing gene expression pattern of biological sample using gene ontology tree comprises: a gene ontology term allocation device for allocating ontology term corresponding to a protein or RNA; a coordinate generation device for obtaining coordination information corresponding to the gene ontology tree classified on gene ontology database; a visualization device which generates visualization data on the obtained coordination information; and an output device for outputting visualization data.
Abstract translation: 目的：提供使用遗传本体树对生物样品基因表达模式进行可视化和分析的装置，分析分子功能，生物过程或细胞内成分的基因表达模式。 构成：使用基因本体树可视化生物样品的基因表达模式的装置包括：用于分配对应于蛋白质或RNA的本体术语的基因本体术语分配装置; 用于获得与分类为基因本体数据库的基因本体树相对应的协调信息的坐标生成装置; 生成所获得的协调信息的可视化数据的可视化装置; 以及用于输出可视化数据的输出装置。
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