公开(公告)号：KR101311412B1

公开(公告)日：2013-09-25

申请号：KR1020110042607

申请日：2011-05-04

Applicant: 한국기초과학지원연구원

Inventor： 박건욱 ,  안현주 ,  김재한 ,  칼리토레브릴라 ,  유종신

IPC: G01N33/50 ,  G06F19/10 ,  B01D59/44 ,  G01N33/574

Abstract: 본 발명은 혈액내 당단백질에 당(N-glycan)의 동정을 위해 고분해능 질량분석기(MALDI FT-ICR)를 이용한 질량 스펙트럼 검색 결과를 분석하는 방법에 대한 것으로, 구체적으로 당 절단 효소에 의해 분리된 당을 고분해능 질량분석기(MALDI FT-ICR)로 분석하여 질량 스펙트럼을 얻는 단계(단계 1); 상기 질량 스펙트럼에서 노이즈를 제거하고, 피크를 선택하여 피크의 리스트를 작성하는 단계(단계 2); 상기 피크 리스트에서 동위원소들을 그룹화하는 단계(단계 3); 상기 피크 리스트에서 당 데이터베이스로부터 이론적으로 가능한 동위원소 분포를 모델링하는 단계(단계 4); S-스코어를 계산하고, S-스코어가 4.5 이상인 당을 동정하는 단계(단계 5); 상기 동정된 당을 기본으로 하여 상관관계 분석을 통하여 추가적으로 당(Branching N-glycan)을 동정하는 단계(단계 6); 상기 동정된 당들을 확인하고, 프로파일링 및 상관관계 맵을 작성하는 단계(단계 7)를 포함하는 생물정보처리 분석 방법에 관한 것이다. 본 발명은 고분해능 질량분석기(MALDI FT-ICR)로부터 얻은 질량 스펙트럼의 결과를 이용하여 상대적으로 낮은 감도(또는 농도)로 존재하는 당을 효율적이고 정확히 동정 및 정량화하여, 질병 표지자(Biomarker)인 당을 발견하여 효과적으로 암을 예측, 진단할 수 있는 기술에 유용하게 사용될 수 있다.

公开(公告)号：KR1020120124767A

公开(公告)日：2012-11-14

申请号：KR1020110042607

申请日：2011-05-04

Applicant: 한국기초과학지원연구원

Inventor： 박건욱 ,  안현주 ,  김재한 ,  칼리토레브릴라 ,  유종신

IPC: G01N33/50 ,  G06F19/10 ,  B01D59/44 ,  G01N33/574

Abstract: PURPOSE: A method for analyzing mass spectrometry result using a mass spectrometer of high resolution(MALDI FT-ICR) is provided to efficiently and accurately identify and quantitate saccharides and to predict and diagnose cancer. CONSTITUTION: A new bioinformatics platform for identifying N-glycans from blood sample comprises: a step of analyzing saccharides hydrolyzed by PNGase F using a mass spectrometer of high resolution(MALDI FT-ICR) to obtain mass spectrum; a step of removing noise from the mass spectrum, selecting peak, and preparing a peak list; a step of grouping isotopes of the peak list; a step of modeling isotopic distribution from saccharide database in the peak list; a step of calculating S-score and identifying saccharides with 4.5 or more of S-score; a step of analyzing correlation based on the identified saccharides and identifying branching N-glycan; and a step of preparing profiling and correlation map.

Abstract translation: 目的：提供使用高分辨率质谱仪（MALDI FT-ICR）分析质谱结果的方法，以有效和准确地鉴定和定量糖类并预测和诊断癌症。 构成：用于从血液样品中鉴定N-聚糖的新的生物信息学平台包括：使用高分辨率质谱仪（MALDI FT-ICR）分析由PNGase F水解的糖类以获得质谱的步骤; 从质谱中去除噪声的步骤，选择峰值和准备峰值列表; 峰值列表同位素分组的步骤; 在峰值列表中从糖类数据库建模同位素分布的步骤; 计算S评分并鉴定S评分4.5以上的糖类的步骤; 基于鉴定的糖分析相关性并鉴定支链N-聚糖的步骤; 并准备剖析和相关图的步骤。