一种GWAS相关位点批量t检验的方法

    公开(公告)号:CN118212982A

    公开(公告)日:2024-06-18

    申请号:CN202410185927.0

    申请日:2024-02-20

    Abstract: 本发明公开了一种GWAS相关位点批量t检验的方法,首先将所有待计算的显著相关位点保存在同一个文本文件中,所有的位点按Chr:position命名,每行一个位点。再将表型数据保存为文本文件,每行一个材料,分别为材料名和表型值,用制表符分隔,缺失值用NA表示,文件命名为phe。变异位点文件命名为vcf。将显著相关位点文件、vcf文件和表型文件phe放在同一个文件夹中,运行脚本1,运行命令为:sh t‑test2.sh显著位点文件名,程序将会自动运行,运行完毕后得到每个显著位点的t检验结果文件,文件命名格式为“Chr_position.t‑test.out”。本方法不受计算的显著位点数目的限制,运行效率高;可对GWAS计算结果中的显著位点进行批量t检验。

    一种与大豆赖氨酸相关的KASP标记及其应用

    公开(公告)号:CN116751883B

    公开(公告)日:2023-12-12

    申请号:CN202310651042.0

    申请日:2023-06-02

    Abstract: 本发明公开了一种与大豆赖氨酸相关的KASP标记及其应用,属于分子遗传育种领域。所述KASP标记为S06_15229665和S12_11366121中的一种或多种;所述S06_15229665的核苷酸序列如SEQ ID NO:4所示,所述S12_11366121的核苷酸序列如SEQ ID NO:5所示。本发明开发大豆水解赖氨酸和游离赖氨酸相应的KASP标记并进行基因分型,样品基因分型效果明显,可以灵敏、高效、低成本的预测大豆赖氨酸含量,利于筛选培育高氨基酸含量的大豆品种,辅助大豆功能性分子育种,进一步缩短育种进程。

    一种与大豆萌发期耐盐性状相关的KASP分子标记及应用

    公开(公告)号:CN117025829A

    公开(公告)日:2023-11-10

    申请号:CN202311127670.5

    申请日:2023-09-01

    Abstract: 本发明公开了一种与大豆萌发期耐盐性状相关的KASP分子标记及应用,属于分子标记技术领域。所述分子标记包括如SEQ ID NO.1所示序列和如SEQ ID NO.2所示序列中的至少一种。根据所述分子标记设计检测KASP引物组,对待测大豆样品的DNA进行荧光定量PCR扩增,利用扩增结果可判断所述大豆在萌发期是否表现为耐盐性状。本发明为大豆耐盐品种的选育提供有力的技术支持,有助于耐盐大豆的分子育种改良,与传统育种筛选相比,本发明方法可快速筛选与鉴定萌发期具有耐盐性状的大豆材料,对于减少大豆育种工作量、加速大豆育种进度具有显著的作用,对加速大豆耐盐分子育种进程有极大的意义。

    一株特基拉芽孢杆菌及其应用

    公开(公告)号:CN105695368B

    公开(公告)日:2019-03-22

    申请号:CN201610220110.8

    申请日:2016-04-11

    Abstract: 本发明提供一株保藏号为CCTCC NO:M2016021的特基拉芽孢杆菌WM031,该菌可稳定的定植于西瓜植株中,并有效的防止西瓜枯萎病的发生,使用时,可将该菌制备成菌含量为1010cfu/mL的菌液,对大田中的西瓜苗进行灌根,已到达预防西瓜枯萎病的目的,该菌剂防效高,使用简便,宜于大规模推广应用。

    一株克罗诺杆菌及其应用

    公开(公告)号:CN105238726B

    公开(公告)日:2018-09-18

    申请号:CN201510776030.6

    申请日:2015-11-13

    Abstract: 本发明公开了一株保藏号为CGMCC No.11032的克罗诺杆菌(Cronobacter sp.),该菌可制成XFP‑gy菌剂,用于增强农作物中残留毒死蜱的降解;相对于现有技术,该菌可效降解环境中毒死蜱残留,并长期定植于农作物根部,可增强农作物降解残留毒死蜱的活性,在不影响农作物品质的前提下,高效降解农药残留,绿色无污染;该菌株对毒死蜱的降解能力极强,培养方法简单,生长速度快,不易变异,既可以直接用于土壤和农药生产废水中毒死蜱的降解,也可以接种水稻等作物作为内生菌用于毒死蜱的农残控制,适宜广泛推广使用。

    线粒体GPAT1基因和线粒体GPAT2基因在调控植物次生细胞壁厚度中的应用

    公开(公告)号:CN119662722A

    公开(公告)日:2025-03-21

    申请号:CN202510129070.5

    申请日:2025-02-05

    Abstract: 本发明涉及基因工程技术领域,特别是涉及线粒体GPAT1基因和线粒体GPAT2基因在调控植物次生细胞壁厚度中的应用。本发明首次发现了线粒体GPAT1基因和线粒体GPAT2基因具有调控植物次生细胞壁厚度的作用,具体体现在:线粒体GPAT1基因和线粒体GPAT2基因通过负调控木质素和纤维素生物合成相关基因的来调节次生细胞壁的形成。本发明具体实施例的结果表明:当线粒体GPAT1基因和线粒体GPAT2基因缺失时,木质素和纤维素合成基因会上调,大量的木质素和纤维素在拟南芥双突变体gpat1gpat2幼苗的细胞壁中积累,细胞壁变得更厚更硬,导致子叶质地更硬。

    一种与大豆荚宽相关的KASP标记及其应用

    公开(公告)号:CN118222758B

    公开(公告)日:2024-12-13

    申请号:CN202410555929.4

    申请日:2024-05-07

    Abstract: 本发明公开了一种与大豆荚宽相关的KASP标记及其应用,属于分子遗传育种领域,该KASP标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示,在第20bp处有一个C/T碱基突变。本发明鉴定到与大豆荚宽外观品质性状显著关联的SNP位点S18_51477324(C/T),针对显著关联SNP开发KASP标记并进行基因分型,样品基因分型效果明显,可以灵敏、高效、低成本的预测菜用大豆的荚宽,利于筛选培育荚宽更宽的菜用大豆品种,辅助大豆功能性分子育种,进一步缩短育种进程。

    一种与大豆开花时间相关的分子标记、KASP引物组合及其应用

    公开(公告)号:CN117721240B

    公开(公告)日:2024-07-26

    申请号:CN202410132626.1

    申请日:2024-01-31

    Abstract: 本发明公开了一种与大豆开花时间相关的分子标记、KASP引物组合及其应用,属于分子遗传育种领域。所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,在第23位碱基处存在C/T突变。检测所述分子标记的KASP引物组包括核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示的上游引物F1、核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示的上游引物F2和核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示的下游引物R。本发明开发的KASP引物组合能直接对SNP突变位点的C或T碱基进行特异的区分和检测,在大豆广适性育种中具有重要的应用价值,可实现对大豆开花时间性状的预先选择和分子辅助育种。

    一种与大豆荚色相关的KASP标记及其应用

    公开(公告)号:CN118222759A

    公开(公告)日:2024-06-21

    申请号:CN202410555982.4

    申请日:2024-05-07

    Abstract: 本发明公开了一种与大豆荚色相关的KASP标记及其应用,属于分子遗传育种领域,该KASP标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示,在第20bp处有一个G/T碱基突变。本发明鉴定到与大豆荚色外观品质性状显著关联的SNP位点S18_55553200(G/T),针对显著关联SNP开发KASP标记并进行基因分型,样品基因分型效果明显,可以灵敏、高效、低成本的预测菜用大豆的荚色,利于筛选培育荚色更优的菜用大豆品种,辅助大豆功能性分子育种,进一步缩短育种进程。

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