一种GWAS相关位点批量t检验的方法

    公开(公告)号:CN118212982A

    公开(公告)日:2024-06-18

    申请号:CN202410185927.0

    申请日:2024-02-20

    Abstract: 本发明公开了一种GWAS相关位点批量t检验的方法,首先将所有待计算的显著相关位点保存在同一个文本文件中,所有的位点按Chr:position命名,每行一个位点。再将表型数据保存为文本文件,每行一个材料,分别为材料名和表型值,用制表符分隔,缺失值用NA表示,文件命名为phe。变异位点文件命名为vcf。将显著相关位点文件、vcf文件和表型文件phe放在同一个文件夹中,运行脚本1,运行命令为:sh t‑test2.sh显著位点文件名,程序将会自动运行,运行完毕后得到每个显著位点的t检验结果文件,文件命名格式为“Chr_position.t‑test.out”。本方法不受计算的显著位点数目的限制,运行效率高;可对GWAS计算结果中的显著位点进行批量t检验。

    一种与大豆赖氨酸相关的KASP标记及其应用

    公开(公告)号:CN116751883B

    公开(公告)日:2023-12-12

    申请号:CN202310651042.0

    申请日:2023-06-02

    Abstract: 本发明公开了一种与大豆赖氨酸相关的KASP标记及其应用,属于分子遗传育种领域。所述KASP标记为S06_15229665和S12_11366121中的一种或多种;所述S06_15229665的核苷酸序列如SEQ ID NO:4所示,所述S12_11366121的核苷酸序列如SEQ ID NO:5所示。本发明开发大豆水解赖氨酸和游离赖氨酸相应的KASP标记并进行基因分型,样品基因分型效果明显,可以灵敏、高效、低成本的预测大豆赖氨酸含量,利于筛选培育高氨基酸含量的大豆品种,辅助大豆功能性分子育种,进一步缩短育种进程。

    一种与大豆萌发期耐盐性状相关的KASP分子标记及应用

    公开(公告)号:CN117025829A

    公开(公告)日:2023-11-10

    申请号:CN202311127670.5

    申请日:2023-09-01

    Abstract: 本发明公开了一种与大豆萌发期耐盐性状相关的KASP分子标记及应用,属于分子标记技术领域。所述分子标记包括如SEQ ID NO.1所示序列和如SEQ ID NO.2所示序列中的至少一种。根据所述分子标记设计检测KASP引物组,对待测大豆样品的DNA进行荧光定量PCR扩增,利用扩增结果可判断所述大豆在萌发期是否表现为耐盐性状。本发明为大豆耐盐品种的选育提供有力的技术支持,有助于耐盐大豆的分子育种改良,与传统育种筛选相比,本发明方法可快速筛选与鉴定萌发期具有耐盐性状的大豆材料,对于减少大豆育种工作量、加速大豆育种进度具有显著的作用,对加速大豆耐盐分子育种进程有极大的意义。

    在不同豆类作物中通用的长豇豆InDel分子标记及其开发方法和应用

    公开(公告)号:CN110004245A

    公开(公告)日:2019-07-12

    申请号:CN201910210586.7

    申请日:2019-03-20

    Abstract: 本发明公开了在不同豆类作物中通用的长豇豆InDel分子标记及其开发方法和应用。通用的长豇豆InDel分子标记,包括以豆类DNA为模板,利用如下SEQ ID NO.1~24任意所示的一组或几组引物对进行PCR扩增得到。本发明通过对苏紫41和苏豇1419进行转录组测序,将转录组组装序列进行BLAST比对,筛选有插入/缺失的转录本,开发InDel标记。分析所开发InDel标记的可行性后,再利用筛选得到的有效扩增标记分析其在不同豆类材料中的通用性。本发明的InDel分子标记在不同豆类材料上具有通用性,可用于今后豆类材料的遗传图谱构建、QTL定位、遗传多样性分析、分子标记辅助选择。

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