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公开(公告)号:CN118212982A
公开(公告)日:2024-06-18
申请号:CN202410185927.0
申请日:2024-02-20
Applicant: 江苏省农业科学院
Abstract: 本发明公开了一种GWAS相关位点批量t检验的方法,首先将所有待计算的显著相关位点保存在同一个文本文件中,所有的位点按Chr:position命名,每行一个位点。再将表型数据保存为文本文件,每行一个材料,分别为材料名和表型值,用制表符分隔,缺失值用NA表示,文件命名为phe。变异位点文件命名为vcf。将显著相关位点文件、vcf文件和表型文件phe放在同一个文件夹中,运行脚本1,运行命令为:sh t‑test2.sh显著位点文件名,程序将会自动运行,运行完毕后得到每个显著位点的t检验结果文件,文件命名格式为“Chr_position.t‑test.out”。本方法不受计算的显著位点数目的限制,运行效率高;可对GWAS计算结果中的显著位点进行批量t检验。
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公开(公告)号:CN116751883B
公开(公告)日:2023-12-12
申请号:CN202310651042.0
申请日:2023-06-02
Applicant: 江苏省农业科学院
IPC: C12Q1/6895 , C12N15/11
Abstract: 本发明公开了一种与大豆赖氨酸相关的KASP标记及其应用,属于分子遗传育种领域。所述KASP标记为S06_15229665和S12_11366121中的一种或多种;所述S06_15229665的核苷酸序列如SEQ ID NO:4所示,所述S12_11366121的核苷酸序列如SEQ ID NO:5所示。本发明开发大豆水解赖氨酸和游离赖氨酸相应的KASP标记并进行基因分型,样品基因分型效果明显,可以灵敏、高效、低成本的预测大豆赖氨酸含量,利于筛选培育高氨基酸含量的大豆品种,辅助大豆功能性分子育种,进一步缩短育种进程。
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公开(公告)号:CN117025829A
公开(公告)日:2023-11-10
申请号:CN202311127670.5
申请日:2023-09-01
Applicant: 江苏省农业科学院
IPC: C12Q1/6895 , C12Q1/6858 , C12N15/11
Abstract: 本发明公开了一种与大豆萌发期耐盐性状相关的KASP分子标记及应用,属于分子标记技术领域。所述分子标记包括如SEQ ID NO.1所示序列和如SEQ ID NO.2所示序列中的至少一种。根据所述分子标记设计检测KASP引物组,对待测大豆样品的DNA进行荧光定量PCR扩增,利用扩增结果可判断所述大豆在萌发期是否表现为耐盐性状。本发明为大豆耐盐品种的选育提供有力的技术支持,有助于耐盐大豆的分子育种改良,与传统育种筛选相比,本发明方法可快速筛选与鉴定萌发期具有耐盐性状的大豆材料,对于减少大豆育种工作量、加速大豆育种进度具有显著的作用,对加速大豆耐盐分子育种进程有极大的意义。
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公开(公告)号:CN111826458B
公开(公告)日:2022-08-16
申请号:CN201910327421.8
申请日:2019-04-23
Applicant: 江苏省农业科学院
IPC: C12Q1/6895 , C12N15/11
Abstract: 本发明公开了用于鉴定绿豆抗白粉病表型的分子标记VrMLO_Indel3及其引物和应用。用于鉴定绿豆抗白粉病表型的分子标记,所述的分子标记VrMLO_Indel3上游引物如SEQ ID NO.1所示,下游引物如SEQ ID NO.2所示,在抗白粉病品种中能够PCR扩增出大小为257bp的特征条带,在感白粉病品种中能够PCR扩增出大小为277bp的特征条带。本发明通过定位绿豆抗白粉病位点,发现了与绿豆抗白粉病基因共分离的分子标记,该标记选择效率达100%。通过本发明分子标记引物鉴定或筛选绿豆白粉病抗性,方法快速简便,选择效率高且成本低廉。
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公开(公告)号:CN112680463B
公开(公告)日:2022-05-06
申请号:CN202110066635.1
申请日:2021-01-18
Applicant: 江苏省农业科学院
IPC: C12N15/40 , C12Q1/70 , C12Q1/6844 , C12N15/11 , C12R1/94
Abstract: 本发明公开了一种野豌豆潜隐病毒的CP基因,所述CP基因的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示。本发明还公开了包括所述CP基因的重组载体、扩增所述的CP基因的特异性引物对,检测野豌豆潜隐病毒的CP基因的引物组,野豌豆潜隐病毒的检测试剂盒以及一种非诊断目的的野豌豆潜隐病毒检测方法。本发明的检测试剂盒及其检测方法不需要PCR仪,成本低廉,操作简单,1 h内就可以高特异性、高效率地将有限数量的DNA扩增至100万份,其灵敏度高于PCR技术,并且反应结果便于识别。
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公开(公告)号:CN112877467A
公开(公告)日:2021-06-01
申请号:CN202110429090.6
申请日:2021-04-21
Applicant: 江苏省农业科学院
IPC: C12Q1/6895 , C12Q1/6858 , C12N15/11 , A01H1/04
Abstract: 本发明提供了一种与大豆蛋白含量显著关联的单核苷酸突变位点SNP、KASP标记及其应用,属于植物分子育种领域。本发明与大豆蛋白含量显著关联的SNP S14_73926位于大豆基因组v2.0的14号染色体73,926bp位置,发生了碱基G至A的替换,表型变异解释率达到6.4%,并对该SNP位点开发了KASP标记,本发明提供的大豆蛋白含量显著关联的SNP及KASP标记可用于大豆蛋白性状的分子标记辅助选择育种,对于加快大豆高蛋白育种的遗传改良进程,提高育种选择效率具有重要的理论和实践指导意义。
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公开(公告)号:CN110004245A
公开(公告)日:2019-07-12
申请号:CN201910210586.7
申请日:2019-03-20
Applicant: 江苏省农业科学院
IPC: C12Q1/6895 , C12N15/11
Abstract: 本发明公开了在不同豆类作物中通用的长豇豆InDel分子标记及其开发方法和应用。通用的长豇豆InDel分子标记,包括以豆类DNA为模板,利用如下SEQ ID NO.1~24任意所示的一组或几组引物对进行PCR扩增得到。本发明通过对苏紫41和苏豇1419进行转录组测序,将转录组组装序列进行BLAST比对,筛选有插入/缺失的转录本,开发InDel标记。分析所开发InDel标记的可行性后,再利用筛选得到的有效扩增标记分析其在不同豆类材料中的通用性。本发明的InDel分子标记在不同豆类材料上具有通用性,可用于今后豆类材料的遗传图谱构建、QTL定位、遗传多样性分析、分子标记辅助选择。
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公开(公告)号:CN106399326A
公开(公告)日:2017-02-15
申请号:CN201610880665.5
申请日:2016-10-09
Applicant: 江苏省农业科学院
CPC classification number: C07K14/415 , C12N5/04 , C12N15/11 , C12N15/81 , C12N15/8205 , C12N2502/70 , C12N2502/99
Abstract: 本发明公开了大豆bHLH转录因子基因GmFER及其编码蛋白和应用。具体而言,本发明的GmFER基因的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示,由其编码的蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO:2所示。半定量PCR检测结果表明,GmFER基因主要在大豆的根中表达;在Cd胁迫后,其表达量明显提高,说明该基因受Cd诱导;在酵母和植物中过量表达GmFER基因能够提高酵母和植物对Cd的耐受性,具有较高的应用价值。
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公开(公告)号:CN104098665B
公开(公告)日:2016-05-25
申请号:CN201410368246.4
申请日:2014-07-29
Applicant: 江苏省农业科学院
Abstract: 本发明公开了一种大豆GmHKT蛋白及其编码基因与应用,属于植物基因工程领域。该大豆GmHKT蛋白,是具有序列表中的SEQ ID №:2所述氨基酸残基序列的蛋白质。该大豆GmHKT蛋白及其编码基因可用于培育耐盐植物种质特别是耐盐大豆新种质。
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