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公开(公告)号：CN116083348A
公开(公告)日：2023-05-09
申请号：CN202310003730.6
申请日：2023-01-03
Applicant: 西安交通大学
IPC: C12N5/077
Abstract: 本发明涉及人原代成骨细胞分离和培养技术领域，尤其涉及一种人原代成骨细胞分离培养方法及试剂盒，其试剂盒包括洗涤液A、洗涤液B、组织消化液A、组织消化液B和成骨细胞培养液，洗涤液A包括PBS、青霉素、链霉素以及庆大霉素；洗涤液B包括RPMI 1640培养基、青霉素、链霉素以及庆大霉素；组织消化液A包括PBS以及胰酶；组织消化液B包括RPMI 1640培养基、胰酶以及胶原酶I；成骨细胞培养液包括αMEM培养基、胎牛血清、青霉素以及链霉素。本发明将外植体培养法和胶原酶消化法相结合，将消化下来的人成骨细胞和人松质骨碎片共同培养，加快了成骨细胞从松质骨中爬出的速度，提高了人原代成骨细胞的分离和培养效率。
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公开(公告)号：CN112102876B
公开(公告)日：2023-03-28
申请号：CN202011035802.8
申请日：2020-09-27
Applicant: 西安交通大学
Abstract: 本发明公开了一种对基因线路和转录调控关系自动化建模的方法：根据一组关键词生成备选数学模型集合，其中每一个模型由不同关键词之间的组合定义；对于生成的模型，利用用户给定的表征数据进行参数估计；在备选数学模型集合中选择具有最小AIC的模型为最优模型；将选择的最优模型以合成生物学规范格式进行输出。本发明简化了数学模型的反复试错和参数估计的步骤，从而将合成生物学家从繁琐的模型细节中解放出来，可以加快基因线路构建的速度，同时加深对转录调控网络的理解，从而有利于复杂疾病的研究。
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公开(公告)号：CN108334749B
公开(公告)日：2020-07-28
申请号：CN201810119400.2
申请日：2018-02-06
Applicant: 西安交通大学
Abstract: 本发明公开了一种基于染色质调控环路检测复杂疾病上位性的方法及系统：收集并整理与复杂疾病相关细胞系的染色质远程交互作用数据和染色质分割状态数据；利用上述数据建立染色质调控环路；计算调控环路内能影响复杂疾病表型的SNP相互作用。本发明利用染色质远程交互作用等数据建立基于基因相互作用的染色质调控环路，并依据染色质调控环路计算上位性，与现有技术相比，本发明不仅能够大幅度降低计算量，还能减少假阴性结果，从而快速、准确地探索与复杂疾病相关的SNP相互作用，为后续设计药物等提供了潜在靶标。
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公开(公告)号：CN119548630A
公开(公告)日：2025-03-04
申请号：CN202411791494.X
申请日：2024-12-06
Applicant: 西安交通大学
IPC: A61K45/00 , A61P19/10 , C12Q1/6883 , C07K14/715 , C12N7/01 , G16H50/20
Abstract: 本发明公开了XCR1在制备骨质疏松治疗及检测产品中的应用，属于疾病标志物技术领域。以XCR1作为骨质疏松的检测标志物，通过检测受试者骨组织中XCR1的表达含量来判断受试者是否患有骨质疏松症，并开发针对XCR1为药物靶点，以预防和治疗骨质疏松，通过调控患者骨组织中XCR1的表达量以缓解患者的骨质疏松症等骨相关疾病。
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公开(公告)号：CN117599930A
公开(公告)日：2024-02-27
申请号：CN202311783463.5
申请日：2023-12-22
Applicant: 西安交通大学
Abstract: 本发明公开了一种低温提取软骨总蛋白的研磨装置及其提取方法，属于蛋白提取装置技术领域。包括挤压杆、底座和保温外壳，底座中心开设有用于盛放软骨组织的研磨槽，研磨槽外周同轴开设有用于盛放液氮的液氮槽。挤压杆包括能够伸入研磨槽底部的挤压杆本体，挤压杆本体顶部设有把手，中部套设有用于防止液氮飞溅出来的防溅环，保温外壳套设于底座外部。通过使用该装置提取软骨总蛋白，能够解决实验室研磨装置在使用时安全风险高、操作复杂、损伤样本、污染样本以及研磨程度难以控制的问题。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN116676326A
公开(公告)日：2023-09-01
申请号：CN202310487105.3
申请日：2023-04-28
Applicant: 西安交通大学
IPC: C12N15/52 , C12N15/867 , C12N15/66 , C12N5/10
Abstract: 本发明公开了一种Rnf157基因片段过表达稳转细胞株及其构建方法，方法包括：S1，构建Rnf157慢病毒过表达质粒；S2，对Rnf157慢病毒过表达质粒进行慢病毒质粒包装，利用Rnf157慢病毒过表达质粒与包装质粒构建Rnf157稳定过表达的细胞株；S3，经过抗性筛选后得到Rnf157基因片段过表达稳定细胞株。本发明在构建过表达载体时采用无缝克隆的方法，构建过程中不受酶切位点的限制，成功率高。本发明在构建过表达载体时在起始密码子前引入Kozak序列，提高了表达效率，在终止密码子前引入核定位信号肽序列，使Rnf157定位在细胞核内，真实模拟了Rnf157在细胞内发挥功能的条件。本发明的细胞株能够稳定表达Rnf157，解决了瞬时转染实验中外源基因过表达维持时间短的缺点。
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公开(公告)号：CN106682456B
公开(公告)日：2019-01-29
申请号：CN201611258007.9
申请日：2016-12-30
Applicant: 西安交通大学
Abstract: 本发明公开了一种基于基因组表观调控元件特征的复杂疾病易感基因的挖掘方法，收集待分析病症的已知易感基因，以及已知易感基因的所有表观调控元件信息；利用表观调控元件信息，根据基因组的物理位置对所有已知易感基因的启动子区域进行注释，采用富集分析的方法比对目标集合与参考集合，找出已知易感基因中显著富集的调控元件，进行已知易感基因表观调控元件的特征提取；根据提取出的表观调控元件特征进行反向预测，对所有已知易感基因重新进行打分，得到最终的判决结果。本发明将表观遗传学信息和基因组DNA序列信息有机结合，通过提取表观调控元件特征，从全局上预测疾病特征性易感基因，可显著提供发现新易感基因的功效。
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公开(公告)号：CN114446394B
公开(公告)日：2025-04-25
申请号：CN202210103106.9
申请日：2022-01-27
Applicant: 西安交通大学
IPC: G16B40/00
Abstract: 本发明涉及宏基因组序列聚类技术领域，尤其涉及一种利用双层概率模型聚类宏基因组序列的方法，包括P1，利用第一层概率模型对初始宏基因组中的所有序列进行聚类，获得多个初级聚类；P2，利用第二层概率模型对每一个初级聚类进行再次聚类，获得最终聚类；所述第二层模型包括种子选择模型、k‑mer频率概率模型和覆盖度概率模型。本发明采用的利用双层概率模型聚类宏基因组序列的方法利用两层模型对初始宏基因组中的所有序列进行处理，能够有效利用宏基因组序列不同维度的特征，适用于所有宏基因组测序数据，例如肠道微生物数据、土壤微生物数据和水微生物数据等。
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公开(公告)号：CN116798511A
公开(公告)日：2023-09-22
申请号：CN202310397466.9
申请日：2023-04-13
Applicant: 西安交通大学
IPC: G16B20/20 , G06N3/0464
Abstract: 本发明涉及一种错配sgRNA选取方法及其在DNA特定位点上CRISPR系统中的应用，涉及基因编辑领域，该方法包括：搭建sgRNA脱靶错配活性预测模型、给定DNA位点上错配sgRNA活性的预测与挑选、挑选出的错配sgRNA脱靶效应预测。本发明通过分析sgRNA‑DNA序列对在不同匹配情况下错配sgRNA活性的改变规律，建立基于深度学习模型的sgRNA错配活性预测模型，并对给定DNA位点上与之结合的错配sgRNA进行活性预测与脱靶效应分析。本发明将与目标DNA位点有错配关系的sgRNA列入备选，扩大了sgRNA设计的可能性，能够有效降低该位点上CRISPR系统的脱靶效应，适用于所有需要CRISPR/Cas9系统降低脱靶效应的情形，例如基因敲除、基因治疗等，可以解决现有sgRNA技术方法的局限性。
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公开(公告)号：CN113284611B
公开(公告)日：2023-06-06
申请号：CN202110535516.6
申请日：2021-05-17
Applicant: 西安交通大学
Abstract: 本发明公开了一种基于个体通路活性的癌症诊断和预后预测系统、设备及存储介质，系统包括：获取数据模块，用于获取待测个体的转录组测序数据；标准化处理模块，用于对待测个体的转录组测序数据进行标准化处理，将标准化后的基因表达值转化为基因排序值，通路活性计算模块，用于根据基因排序值计算通路活性；预测模块，用于根据通路活性数据利用癌症诊断模型和癌症预后预测模型分别进行癌症诊断及预后预测。与已有技术相比，本发明系统不依赖于群体，消除了由癌症样本间异质性和跨平台测序产生的批次效应，更全面稳定的反应个体的物质代谢水平，提高了癌症诊断和预后预测的效率，为后续癌症异质性的研究及个性化医疗的发展提供了参考。
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