公开(公告)号：CN113096741A

公开(公告)日：2021-07-09

申请号：CN202110414199.2

申请日：2021-04-16

Applicant: 南京林业大学

Inventor： 丁晓磊 ,  叶建仁 ,  林司曦 ,  黄金思 ,  奚晓桐 ,  汪青桐

IPC: G16B40/30 ,  G16B20/20 ,  C12Q1/6869

Abstract: 本发明公开了一种分析松材线虫种群遗传多样性的方法，先收集来自于不同地理位置的松材线虫虫株，提取其DNA并进行高通量测序；利用自主参与编写的生物信息学软件分析全基因组信息，得到各种SNPs数据及基因型类型，获知松材线虫体内SNPs位点分布情况，进行聚类分析，筛选获得特异性SNP位点。本申请通过聚类分析可将这各虫株分为三类：其中四川省虫株单独聚为A类，广东省有两株虫株分为B类，其余6株虫株分为C类。并且焦磷酸测序结果显示GD位点可将C类虫株与其他两类分开。广东省和四川省松材线虫遗传多样性较高；为推测松材线虫病的传播途径提供了理论基础。

公开(公告)号：CN108866047A

公开(公告)日：2018-11-23

申请号：CN201810926768.X

申请日：2018-08-14

Applicant: 南京林业大学

Inventor： 叶建仁 ,  陈飞飞 ,  刘婉慧 ,  王俊伟 ,  唐旭 ,  黄金思

IPC: C12N15/10

Abstract: 本发明公开了一种基于反复冻融方式的基因组DNA提取方法，向提取细胞培养物(细菌，真菌，线虫等)加入提取缓冲液，混匀后反复冻融两次，加入RNase 37℃孵育10min，再加入5M NaCl和10％SDS充分混匀后，再次冻融，加入苯酚‑氯仿‑异戊醇(25∶24∶1)的混合溶液，抽提；加入氯仿‑异戊醇(24∶1)混合溶液，抽提；加入冷乙醇和醋酸钠，离心，沉淀经乙醇洗涤后室温干燥；加ddH2O或TE缓冲液溶解DNA。本方法基于反复冻融方式进行，适用广泛，效率高、提取的DNA质量高，具有很好的通用性。

公开(公告)号：CN108130339A

公开(公告)日：2018-06-08

申请号：CN201810026881.2

申请日：2018-01-11

Applicant: 南京林业大学

Inventor： 叶建仁 ,  陈飞飞 ,  刘婉慧 ,  吴学连 ,  黄金思

IPC: C12N15/74 ,  C12R1/01

Abstract: 本发明公开了一种适用于吡咯伯克霍尔德氏菌JK-SH007的高效转化方法，包括：1)取感受态细胞，冰浴融化；2)取pHKT2质粒加入含感受态细胞混匀，冰浴15～75min；3)液氮冷冻30～150sec，32～42℃水浴1～5min；4)冰浴5min；5)加LB无抗生素液体培养基，200rpm，30℃震荡培养3h；6)离心浓缩菌液，弃上清液，重悬菌液后涂布于含有TMP的平板，28℃恒温培养，36h后获得转化细胞。本发明的方法，操作简单，转化率高，最高达到6363.64cfu/μg。本申请成功建立生防菌B.pyrrocinia JK-SH007的最优转化体系，为后续的实验提供技术支持。