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公开(公告)号：CN112750498A
公开(公告)日：2021-05-04
申请号：CN202011625974.0
申请日：2020-12-30
Applicant: 同济大学
Abstract: 本发明属于基础研究领域，尤其涉及一种靶向逆转录引物结合位点从而抑制HIV病毒复制的方法。首先公开了一种从数据库中筛选出HIV抑制因子的方法，包括：S1：从数据库提取锌指蛋白ChIP结合峰的记录数据文件；S2：整理HIV靶点序列，利用MEME工具获得靶点基序Motif；获得人类基因组上含有的HIV靶点的位置信息；S3：将锌指蛋白ChIPseq结合峰文件与人类基因组上HIV靶点的位置信息文件进行比对，得到潜在的HIV靶向抑制的锌指蛋白。本发明提供了一种寻找HIV限制因子的方法，找到了HIV的两个限制性锌指蛋白ZNF417和ZNF587，填补了人体对于HIV的天然免疫作用这一领域的空白。
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公开(公告)号：CN115322996A
公开(公告)日：2022-11-11
申请号：CN202210678711.9
申请日：2022-06-16
Applicant: 同济大学
Abstract: 本发明公开一种基于进化生物学分析的靶向特定DNA序列的人类KRAB锌指蛋白的筛选方法，涉及基础研究领域。本发明公开的筛选方法，包括：S1、在数据库中筛选人类中具有KRAB结构域特征的KRAB‑ZFPs，并推测其出现的时间；S2、通过进化分析，确定目的靶向序列出现在物种基因组中的时间，并筛选与该序列同一时间出现的KRAB‑ZFPs；S3、通过程序预测筛选得到的KRAB‑ZFPs与靶向DNA序列的结合指数排序，迅速缩小KRAB‑ZFPs的范围；S4、通过双荧光报告系统技术迅速筛选靶向目的DNA序列并具有抑制能力的候选KRAB‑ZFPs，并通过ChIP‑seq技术进行生物学验证。本发明通过进化生物学分析结合相关分子实验鉴定出人类基因组中靶向内源性逆转录病毒元件Pro‑PBS序列的KRAB锌指蛋白ZNF506，证明了该方案的可行性。
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公开(公告)号：CN112750498B
公开(公告)日：2022-06-24
申请号：CN202011625974.0
申请日：2020-12-30
Applicant: 同济大学
Abstract: 本发明属于基础研究领域，尤其涉及一种靶向逆转录引物结合位点从而抑制HIV病毒复制的方法。首先公开了一种从数据库中筛选出HIV抑制因子的方法，包括：S1：从数据库提取锌指蛋白ChIP结合峰的记录数据文件；S2：整理HIV靶点序列，利用MEME工具获得靶点基序Motif；获得人类基因组上含有的HIV靶点的位置信息；S3：将锌指蛋白ChIPseq结合峰文件与人类基因组上HIV靶点的位置信息文件进行比对，得到潜在的HIV靶向抑制的锌指蛋白。本发明提供了一种寻找HIV限制因子的方法，找到了HIV的两个限制性锌指蛋白ZNF417和ZNF587，填补了人体对于HIV的天然免疫作用这一领域的空白。
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公开(公告)号：CN114149976A
公开(公告)日：2022-03-08
申请号：CN202111427318.4
申请日：2021-11-26
Applicant: 同济大学
Abstract: 本发明属于生化检测领域，涉及一种真核细胞S‑腺苷甲硫氨酸浓度感知荧光报告系统，填补了活细胞内SAM浓度灵敏检测的技术空白，同时实现了调控SAM代谢的功能基因筛选。首先公开了一种基于大肠杆菌蛋氨酸代谢途径中MetJ阻遏蛋白和met‑box序列的结合偏好性，利用AAVS1定点插入构建的真核细胞的SAM感知系统。主要包括：S1：从MetJ蛋白结合的候选序列中确定可实时反映SAM浓度的met‑box序列,并筛选优选序列；S2：利用AAVS1定点插入荧光报告序列，获得等位基因双荧光报告系统；S3：将MetJ蛋白和Cas9蛋白构入报告系统，获得可感知SAM浓度的双荧光报告系统。本发明提供了一种真核细胞SAM浓度实时感知荧光报告系统，利用此系统可检测活细胞内SAM浓度并筛选调控SAM代谢的相关基因。
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