本发明公开了一种空中旋翼与螺旋桨协同驱动无人飞船超声水下探测方法，所述空中旋翼与螺旋桨协同驱动无人飞船超声水下探测方法通过控制无人飞船上方的空中旋翼，尾部下方的水下螺旋桨，来移动和平衡无人飞船。包括以下步骤：接收控制命令得到探测定点位置；飞行到达探测定点；使用姿态仪测量记录无人飞船的姿态，统计波浪运动方向；控制无人飞船朝向垂直于波浪运动方向；控制无人飞船在探测定点周围航行；控制超声微阵列采集水域参数；保持无人飞船姿态；若需要进行扫描探测，改变无人飞船翻滚角和偏航角并进行探测；若完成该定点水域探测，则接收控制命令并飞行至下一个探测定点，否则继续航行探测。本发明可提高无人飞船的探测速度和探测精度。