本发明公开了一种燃料电池阳极排水阀控制方法，包括：燃料电池系统启动后，根据第一设定条件开启排水阀；排水阀开启后，根据第二设定条件判断排水阀是否完全排空；判断排水阀完全排空后，关闭排水阀；其中，第一设定条件中，包括电堆输出电流需达到设定值和排水阀开启时间需达到设定值。本发明的燃料电池阳极排水阀控制方法，可以实现对排水阀的精确控制，在保证排水充分的同时避免氢气泄露，提高系统性能，降低系统氢耗率。本发明还提供了一种燃料电池阳极排水阀控制系统、燃料电池系统和计算机可读存储介质。