一种植物基因组survey的分析方法
    3.
    发明公开

    公开(公告)号:CN117672371A

    公开(公告)日:2024-03-08

    申请号:CN202311737474.X

    申请日:2023-12-18

    Abstract: 本发明的一种植物基因组survey的分析方法属于植物基因组学领域,通过植物材料和测序、数据的质控、去除DNA中来源于细胞器的序列、再用k‑mer分析估计基因组大小和重复率,对得到的序列进行初步组装,组装前使用KmerGenie(v1.7051)选择最佳的k‑mer进行组装。然后,使用SOAPdenovo2(v.2.04)根据所选的最佳k‑mer构建初始contigs和scaffolds。本发明的一种植物基因组survey的分析方法,旨在提供一种更为精准的k‑mer分析。对于有细胞器基因组参考或者近缘参考信息的物种,采用直接比对的办法去除细胞器序列;而对于没有参考的,可以使用GetOrganelle进行初步组装,然后作为参考序列进行过滤。这种方法对各种植物物种的基因组survey具有更广泛的适用性,有助于对基因组大小和复杂性进行更精确的评估。

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