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公开(公告)号：CN106566872A
公开(公告)日：2017-04-19
申请号：CN201510669935.3
申请日：2015-10-13
Applicant: 中国农业大学
IPC: C12Q1/68
CPC classification number: C12Q1/6869 , C12Q2525/191 , C12Q2563/143 , C12Q2521/301
Abstract: 本发明提供了一种基于测序基因分型技术的猪SNP标记位点的分析方法，包括以下步骤：(1)预测用EcoRI与MspI的双酶切猪基因组所获得的酶切片段分布情况；(2)根据EcoRI与MspI的酶切识别序列设计通用接头、条形码接头及PCR扩增引物；(3)构建简化基因组测序文库；(4)利用步骤(3)构建的文库进行上机测序；(5)根据测序结果获得SNP标记位点。本发明提供的方法中所使用的酶切组合适用于所有的猪品种，利用该组合进行简化基因组测序，能够得到高于目前市场已有芯片上的SNP数目，能够用于全基因关联分析研究和基因组选择研究，同时还能保证单个个体的分型成本低于目前流行的芯片。
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公开(公告)号：CN112885408B
公开(公告)日：2024-10-01
申请号：CN202110199054.5
申请日：2021-02-22
Applicant: 中国农业大学
Abstract: 本发明涉及涉及遗传学领域，尤其涉及一种基于低深度测序检测SNP标记位点的方法及装置。所述方法包括：获取待检测个体的基因组DNA；将所述基因组DNA进行个体低深度全基因组测序，并将测序结果比对到参考基因组得到多态位点信息；基于隐马尔可夫模型，利用参考单倍型数据库对所述多态位点信息进行基因分型；所述参考单倍型数据库包括所述待检测个体归属的育种群体的突变位点信息。本发明利用单一样本的低深度测序数据，在极短的时间内进行全基因组千万数量级的SNP位点的高准确度的，标准化的基因分型。
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公开(公告)号：CN118662151A
公开(公告)日：2024-09-20
申请号：CN202410819966.1
申请日：2024-06-24
Applicant: 中国农业大学
Abstract: 本发明涉及家禽智能化测定技术领域，提供一种用于活体动物清醒无损测定的三维X射线扫描CT装置，包括样本舱、射线发生器、射线接收器和屏蔽外壳，样本舱容纳活体家禽，样本舱包括舱桶和支撑架，支撑架上设有绑扎组件，支撑架架设于舱桶上端，以使活体家禽呈倒挂状态；射线发生器发射射线并能穿过样本舱，射线接收器接收射线并转化为图像信号；屏蔽外壳内部具有用于容纳样本舱、射线发生器和射线接收器的容纳空间，屏蔽外壳阻断射线向外传播。如此设置，在对活体家禽进行测量时，可以使活体家禽倒挂于样本舱的内部，倒挂状态的活体家禽能够保持安静，可以避免对活体家禽的麻醉操作，有利于提高测量效率；且可以实现对活体家禽进行无损、连续检测，解决了传统育种表型需要屠宰测定的弊端。
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公开(公告)号：CN112885408A
公开(公告)日：2021-06-01
申请号：CN202110199054.5
申请日：2021-02-22
Applicant: 中国农业大学
Abstract: 本发明涉及涉及遗传学领域，尤其涉及一种基于低深度测序检测SNP标记位点的方法及装置。所述方法包括：获取待检测个体的基因组DNA；将所述基因组DNA进行个体低深度全基因组测序，并将测序结果比对到参考基因组得到多态位点信息；基于隐马尔可夫模型，利用参考单倍型数据库对所述多态位点信息进行基因分型；所述参考单倍型数据库包括所述待检测个体归属的育种群体的突变位点信息。本发明利用单一样本的低深度测序数据，在极短的时间内进行全基因组千万数量级的SNP位点的高准确度的，标准化的基因分型。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN117334250A
公开(公告)日：2024-01-02
申请号：CN202210722057.7
申请日：2022-06-24
Applicant: 中国农业大学
Abstract: 本发明涉及一种基于测序数据优选功能位点的方法，具体步骤为：1.通过基因组测序得到全部样本的SNP位点，在全部样本中随机挑选出若干样本作为发现群体，提取生物学先验信息；2.根据步骤1获得的生物学先验信息划定基因组重要区域；3.全基因组进行划框连锁不平衡过滤，在重要区域内降低LD过滤的阈值或者不进行过滤，提升重要区域的标记密度，最终筛选出性状特异性标记集合。本发明在进行育种值估计之前，首先进行选择性连锁不平衡位点筛选可以增加位点的信噪比，提升预测准确性。此外降低位点数目可以大幅度降低计算资源和时间的消耗，提升育种效率。
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公开(公告)号：CN115287364A
公开(公告)日：2022-11-04
申请号：CN202210732402.5
申请日：2022-06-24
Applicant: 中国农业大学
IPC: C12Q1/6888 , C12Q1/6874 , G16B20/20 , G16B20/30 , G16B40/00
Abstract: 本发明涉及一种猪达百公斤体重日龄性状育种17K SNP测序分型芯片。本发明利用大规模低深度全基因组重测序技术得到的遗传标记特异性筛选与猪达百公斤体重日龄性状相关的功能标记信息，极大剔除了测序数据信息中的噪音位点，同时保留与猪达百公斤体重日龄性状体重相关的功能位点，最终形成一种应用于猪达百公斤体重日龄性状育种的17K SNP测序分型芯片，降低分型成本的同时，极大地提升了猪达百公斤体重日龄性状的育种准确性。
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公开(公告)号：CN106567132B
公开(公告)日：2020-06-16
申请号：CN201510660588.8
申请日：2015-10-13
Applicant: 中国农业大学
IPC: C40B50/06
Abstract: 本发明提供了一种简化基因组测序的建库方法，包括在酶切产物两端分别连接通用接头和条形码接头获得连接产物并进行混池；在混池后的连接产物中加入1.2‑1.4倍体积的磁珠进行第一纯化获得第一纯化产物；在所述第一纯化产物中加入0.8‑0.9倍体积的磁珠进行第二纯化获得第二纯化产物；对第二纯化产物进行PCR扩增获得PCR产物；在PCR产物中加入1.2‑1.4倍体积的磁珠进行第三纯化获得第三纯化产物；在第三纯化产物中加入0.8‑0.9倍体积的磁珠进行第四纯化获得简化基因组测序文库。该方法能够稳定抓取基因组特定长度片段用于高通量SNP分型的建库，减少PCR过程中短的酶切产物所造成的影响，使得简化基因组测序技术能够在不同内切酶、不同物种中更好的移植和推广。
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公开(公告)号：CN106566872B
公开(公告)日：2018-08-14
申请号：CN201510669935.3
申请日：2015-10-13
Applicant: 中国农业大学
IPC: C12Q1/6869
Abstract: 本发明提供了一种基于测序基因分型技术的猪SNP标记位点的分析方法，包括以下步骤：(1)预测用EcoRI与MspI的双酶切猪基因组所获得的酶切片段分布情况；(2)根据EcoRI与MspI的酶切识别序列设计通用接头、条形码接头及PCR扩增引物；(3)构建简化基因组测序文库；(4)利用步骤(3)构建的文库进行上机测序；(5)根据测序结果获得SNP标记位点。本发明提供的方法中所使用的酶切组合适用于所有的猪品种，利用该组合进行简化基因组测序，能够得到高于目前市场已有芯片上的SNP数目，能够用于全基因关联分析研究和基因组选择研究，同时还能保证单个个体的分型成本低于目前流行的芯片。
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公开(公告)号：CN106567132A
公开(公告)日：2017-04-19
申请号：CN201510660588.8
申请日：2015-10-13
Applicant: 中国农业大学
IPC: C40B50/06
Abstract: 本发明提供了一种简化基因组测序的建库方法，包括在酶切产物两端分别连接通用接头和条形码接头获得连接产物并进行混池；在混池后的连接产物中加入1.2-1.4倍体积的磁珠进行第一纯化获得第一纯化产物；在所述第一纯化产物中加入0.8-0.9倍体积的磁珠进行第二纯化获得第二纯化产物；对第二纯化产物进行PCR扩增获得PCR产物；在PCR产物中加入1.2-1.4倍体积的磁珠进行第三纯化获得第三纯化产物；在第三纯化产物中加入0.8-0.9倍体积的磁珠进行第四纯化获得简化基因组测序文库。该方法能够稳定抓取基因组特定长度片段用于高通量SNP分型的建库，减少PCR过程中短的酶切产物所造成的影响，使得简化基因组测序技术能够在不同内切酶、不同物种中更好的移植和推广。
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