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公开(公告)号：CN109637583B
公开(公告)日：2020-06-16
申请号：CN201811561956.3
申请日：2018-12-20
Applicant: 中国科学院昆明植物研究所
Abstract: 本发明提供了植物基因组差异甲基化区域的检测方法，属于基因组学和生物信息学技术领域。通过植物全基因组甲基化测序分别获得处理组和对照组全基因组上单位点甲基化数据；分别读取处理组和对照组全基因组上单位点甲基化信息，分区段储存；采用以200bp为一个窗口，以50bp为步长滑动窗口扫描存储的全基因组每一区段的甲基化信息，将扫描得到的甲基化信息分区段储存到python字典中；对存储在python字典中的全基因组每一区段的甲基化信息进行筛选，根据得到的有效全基因组上单位点甲基化信息统计每个窗口中各区段的甲基化信息。本发明利用python字典把整个染色体以50bp为区段储存，方便后续的运算，节省了大量时间。
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公开(公告)号：CN109575110A
公开(公告)日：2019-04-05
申请号：CN201811562387.4
申请日：2018-12-20
Applicant: 中国科学院昆明植物研究所
Abstract: 本发明提供了一种对质子浓度发生响应的荧光探针及其应用，涉及荧光探针的改造与应用技术领域。本发明所述荧光探针的氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示。所述荧光探针具有在体外和体内亚细胞器间隔区对酸碱度同样灵敏的特性；且可成功转运至苔藓类囊体中，从而指示光合作用时类囊体内质子浓度的变化，还可用于植物发生抗逆反应组织器官间质子变化检测，细胞分裂过程中酸碱度变化，根细胞吸收传输营养物质时的PH动态变化等。
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公开(公告)号：CN109575110B
公开(公告)日：2021-05-25
申请号：CN201811562387.4
申请日：2018-12-20
Applicant: 中国科学院昆明植物研究所
Abstract: 本发明提供了一种对质子浓度发生响应的荧光探针及其应用，涉及荧光探针的改造与应用技术领域。本发明所述荧光探针的氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示。所述荧光探针具有在体外和体内亚细胞器间隔区对酸碱度同样灵敏的特性；且可成功转运至苔藓类囊体中，从而指示光合作用时类囊体内质子浓度的变化，还可用于植物发生抗逆反应组织器官间质子变化检测，细胞分裂过程中酸碱度变化，根细胞吸收传输营养物质时的PH动态变化等。
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公开(公告)号：CN116004506A
公开(公告)日：2023-04-25
申请号：CN202310116234.1
申请日：2023-02-15
Applicant: 中国科学院昆明植物研究所
Abstract: 本发明公开了一种星油藤叶片细胞来源的原生质体的制备方法与质粒转化方法。本发明通过优化星油藤叶片酶裂解时间，裂解温度和试剂使用浓度等条件，获得了高效的星油藤叶片原生质体分离方法。在此基础上，摸索了星油藤原生质体瞬时转化的方法，成功将带有GFP(绿色荧光蛋白)的外源质粒转化到星油藤叶片原生质体。该方法可以进一步用于基因功能分析。本发明为星油藤功能基因分析建立了一种快速有效的瞬时转化体系，为后期星油藤关键功能基因的深入研究奠定了工作基础。
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公开(公告)号：CN109637583A
公开(公告)日：2019-04-16
申请号：CN201811561956.3
申请日：2018-12-20
Applicant: 中国科学院昆明植物研究所
Abstract: 本发明提供了植物基因组差异甲基化区域的检测方法，属于基因组学和生物信息学技术领域。通过植物全基因组甲基化测序分别获得处理组和对照组全基因组上单位点甲基化数据；分别读取处理组和对照组全基因组上单位点甲基化信息，分区段储存；采用以200bp为一个窗口，以50bp为步长滑动窗口扫描存储的全基因组每一区段的甲基化信息，将扫描得到的甲基化信息分区段储存到python字典中；对存储在python字典中的全基因组每一区段的甲基化信息进行筛选，根据得到的有效全基因组上单位点甲基化信息统计每个窗口中各区段的甲基化信息。本发明利用python字典把整个染色体以50bp为区段储存，方便后续的运算，节省了大量时间。
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