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公开(公告)号：CN109943545B
公开(公告)日：2021-08-03
申请号：CN201910250807.3
申请日：2019-03-29
Applicant: 浙江大学
Abstract: 本发明提供一种酰基转移酶结构域定向改造合成化合物的方法，该方法通过催化合成链霉菌次级代谢产物主链的I型聚酮合酶中专一转移相同底物的酰基转移酶结构域的氨基酸序列比对，从而得到其转移底物的关键氨基酸位点。利用AT结构域与底物的对接模型和分子动力学模拟、AT结构域的点突变和体外生化反应分析验证上述转移底物的关键氨基酸位点。通过替换其他AT结构域转移底物的关键位点，改变其转移的底物，从而发酵产生新型化合物。本发明确定AT结构域中关键氨基酸步骤简单，筛选突变株相对快速，为链霉菌合成新型I型聚酮化合物提供了普遍通用的技术，为链霉菌产生更多的药物提供依据，为产生链霉菌次级代谢新型天然产物提供了一种新的途径。
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公开(公告)号：CN112795494A
公开(公告)日：2021-05-14
申请号：CN202110005976.8
申请日：2021-01-05
Applicant: 浙江大学 , 中国科学院上海药物研究所
Abstract: 本发明公开了一种基因工程菌及其构建方法和用途。通过基因工程技术改造植物内生真菌齿梗孢霉，获得高表达PKS17的基因工程菌，例如，MCA17。该基因工程菌的发酵产物为新化合物MCA17‑1，其唯一手性中心为S‑构型。体外细胞实验显示，化合物MCA17‑1在1μM下即可显著抑制星状细胞活化，其本身或其衍生物有望成为治疗纤维化的候选药物。由于化合物MCA17‑1可以通过该基因工程菌大规模发酵得到，成本低，环境污染少，因此，该基因工程菌和发酵产物在抗纤维化活性的药物制备中具有很好的应用开发前景。
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公开(公告)号：CN109161559A
公开(公告)日：2019-01-08
申请号：CN201811027547.5
申请日：2018-09-04
Applicant: 浙江大学
Abstract: 本发明提供一种高效的链霉菌基因组精简系统的构建及应用，本发明的链霉菌基因组精简系统是在全基因组比对分析大片段冗余基因区的基础上，组合了同源重组系统和高效的位点特异性重组系统(Cre/loxP系统)进行靶向大片段缺失。同源重组系统中采用了基于自杀载体的同源重组策略，大大提高了敲除的靶向性和效率，用于一次性缺失约700Kb的冗余基因区时效率高达100％。本发明方法操作简单、高效、靶向性强、正确率高。本发明为构建链霉菌底盘细胞奠定了理论基础，有利于实现合成生物学底盘细胞的高效构建，为药物产业化和新药研发提供强大支撑。
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公开(公告)号：CN113053461B
公开(公告)日：2022-05-10
申请号：CN202110277189.9
申请日：2021-03-15
Applicant: 浙江大学
Abstract: 本发明公开了一种基于靶标的基因簇定向挖掘方法，该方法可以挖掘出与所提供的靶标蛋白质相关的、可能具有次级代谢产物的生物合成基因簇，这些基因簇后续可以通过生物化学实验，验证是否具有产生与靶标蛋白质存在相互作用的活性天然产物的功能。步骤如下：1)构建蛋白质和基因组数据库；2)将靶标蛋白质序列与蛋白质数据库中的蛋白质序列进行序列比对，获得数据库中相似的蛋白质；3)提取相似蛋白质对应的基因组，以及各个基因组中相似蛋白质编码基因的位置；4)检测每个基因组中所含的基因簇位置；5)判断检测出的每个基因簇是否命中，即判断相似蛋白质编码基因是否处于基因簇中；6)进行基因备份分析，取得分较高的基因簇作为挖掘结果。
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公开(公告)号：CN108841769B
公开(公告)日：2021-03-02
申请号：CN201810509800.4
申请日：2018-05-24
Applicant: 浙江大学
Abstract: 本发明公开了一种高产非达霉素的基因工程菌德干高原游动放线菌YP‑2(Actinoplanes deccanensis YP‑2)及构建方法，通过将非达霉素生物合成正调控基因导入出发菌德干高原游动放线菌YP‑1中，筛选得到高产非达霉素的基因工程菌德干高原游动放线菌YP‑2，产量比出发菌提高了400％～500％，高达130mg/L，具有很好的应用前景。本发明方法高效、准确、操作方便，为放线菌药物高效生物合成途径的构建提供了一种新的研究手段。所述的非达霉素基因工程菌德干高原游动放线菌YP‑2可在制备治疗艰难梭菌感染引起的腹泻药物中应用。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN110174514B
公开(公告)日：2020-05-26
申请号：CN201910344063.1
申请日：2019-04-23
Applicant: 浙江大学
IPC: G01N33/68
Abstract: 本发明公开一种基于蛋白组学的链霉菌次级代谢高效启动子挖掘方法及应用。是通过比较分析链霉菌蛋白质二维电泳结果，经质谱鉴定分析，筛选次级代谢中表达水平相对提高明显的基因，并扩增这些基因的启动子区域，作备选启动子。以强启动子ermE*p作参照，利用egfp报告基因表征备选启动子活性，确证启动子在次级代谢中相对高活性。此外，与ermE*p相比，应用筛选得到的启动子高表达恰塔努加链霉菌纳他霉素途径特异性正调控因子，使纳他霉素产量提高20％。本发明方法可在链霉菌天然产物高产改造中的应用，用于链霉菌次级代谢基因表达调控。
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公开(公告)号：CN110174514A
公开(公告)日：2019-08-27
申请号：CN201910344063.1
申请日：2019-04-23
Applicant: 浙江大学
IPC: G01N33/68
Abstract: 本发明公开一种基于蛋白组学的链霉菌次级代谢高效启动子挖掘方法及应用。是通过比较分析链霉菌蛋白质二维电泳结果，经质谱鉴定分析，筛选次级代谢中表达水平相对提高明显的基因，并扩增这些基因的启动子区域，作备选启动子。以强启动子ermE*p作参照，利用egfp报告基因表征备选启动子活性，确证启动子在次级代谢中相对高活性。此外，与ermE*p相比，应用筛选得到的启动子高表达恰塔努加链霉菌纳他霉素途径特异性正调控因子，使纳他霉素产量提高20％。本发明方法可在链霉菌天然产物高产改造中的应用，用于链霉菌次级代谢基因表达调控。
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公开(公告)号：CN108265074A
公开(公告)日：2018-07-10
申请号：CN201810129024.5
申请日：2018-02-08
Applicant: 浙江大学
Abstract: 本发明提供一种内生真菌高效遗传体系的构建方法，包括(1)适用于齿梗孢霉的农杆菌转化法；(2)齿梗孢霉体内高表达系统；(3)齿梗孢霉体内荧光表达系统；(4)齿梗孢霉基因定向敲除系统。所述内生菌为齿梗孢霉(Calcarisporium arbuscula)。本发明所提供的内生真菌齿梗孢霉遗传体系，首次建立了齿梗孢霉体内高表达系统，筛选出四个与齿梗孢霉适配的强启动子。本发明可在激活隐性基因簇、化合物生物合成机制以及酶功能研究中的应用。本发明方法设计合理，与现有原生质体转化法相比，其成本低廉、操作简单、实验周期短、转化效率高，为齿梗孢霉的基因工程研究和遗传改造提供材料。
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公开(公告)号：CN103864887B
公开(公告)日：2016-01-20
申请号：CN201410006385.2
申请日：2014-01-07
Applicant: 浙江大学
IPC: C07K1/22
Abstract: 本发明提供一种链霉菌生物合成调控蛋白的体外筛选方法，将培养的链霉菌细胞破碎，得到链霉菌全蛋白质组溶液，将有生物素标记的dptE基因启动子DNA片段与链亲和素耦合的琼脂糖相结合后，再与蛋白质组溶液相互混合，经亲和结合与洗脱后，得到链霉菌中与目的DNA片段相互结合的蛋白质溶液。最后，经胰酶消化后，再使用高效液相色谱以及串联质谱（HPLC-MS/MS）的方法对结合蛋白的氨基酸残基进行分析，获得部分肽段序列，通过比对从而精确确定与目的DNA片段相结合的调控因子。本发明筛选未知调控蛋白，该方法高效，准确，操作方便，为链霉菌体内调控因子的筛选提供了一种新的研究手段。
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公开(公告)号：CN114410604B
公开(公告)日：2023-11-14
申请号：CN202011172801.8
申请日：2020-10-28
Applicant: 浙江大学
Abstract: 本发明公开了环氧水解酶及其编码基因和应用。本发明从丝状真菌异冠裸胞壳中鉴定出具有催化半频哪醇重排功能的环氧水解酶AstD，并在NCBI数据库中基于同源序列比对，发现具有催化半频哪醇重排功能的同源蛋白MrvD；进一步，构建了高表达AstD或MrvD的基因工程丝状真菌，重构了asteltoxin生物合成途径，培养的基因工程菌可在细胞体内实现高效的半频哪醇重排反应，并应用于天然产物asteltoxin T1的大量制备。本发明有助于定向进化实现高效广谱的半频哪醇重排，为新型生物催化剂的开发并实现手性特异性药物的高效绿色生物合成奠定基础，具有重要的应用前景。
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