一种高灵敏度高特异性错配核酸序列的设计方法

    公开(公告)号:CN109136331A

    公开(公告)日:2019-01-04

    申请号:CN201810963038.7

    申请日:2018-08-22

    Applicant: 中山大学

    Abstract: 本发明公开了一种高灵敏度高特异性错配核酸序列的设计方法,通过计算错配序列和目标序列和同源干扰序列的ΔMFE值,确定候选错配核酸序列。本发明的方法,避免了错配核酸序列设计依赖于经验,大大减少了错配核酸序列,特别是错配引物的设计工作量,可以快速从大量错配核酸序列中获得少量的候选核酸序列,有利于从少量候选核酸序列中确定最佳的核酸序列。基于本方法设计的错配引物,在目标序列浓度低时,依然可以与目标序列保持较高的亲和力,同时与干扰同源序列的亲和力较差,有效提高了目标序列的扩增灵敏度,可以更好地用于高度同源核酸序列,特别是miRNA的扩增。

    核酸探针和检测基因组片段的方法

    公开(公告)号:CN108707652A

    公开(公告)日:2018-10-26

    申请号:CN201810535249.0

    申请日:2014-11-26

    Abstract: 本文尤其提供一种处理核酸样本的方法。在一些实施方案中,所述方法包括:a)使包含靶片段的样本与核酸探针杂交,所述核酸探针包含:i.头部序列和尾部序列,其中所述头部序列和所述尾部序列在第一寡核苷酸分子的末端处;以及ii.夹板序列,所述夹板序列依次包含:与所述头部序列互补的上游侧翼序列、与所述靶片段互补的靶标互补序列以及与所述尾部序列互补的下游侧翼序列;从而产生杂交产物,其中所述靶片段的末端可连接地邻近所述第一寡核苷酸分子中的头部序列和尾部序列的末端;以及b)将所述靶片段的末端连接至所述第一寡核苷酸分子的头部序列和尾部序列的末端,从而产生包含所述靶片段以及所述头部序列和尾部序列的环状产物。还提供用于进行所述方法的探针和试剂盒。

    一种超支化一锅法滚环扩增检测单核苷酸多态性的方法

    公开(公告)号:CN108707649A

    公开(公告)日:2018-10-26

    申请号:CN201810792602.3

    申请日:2018-07-18

    CPC classification number: C12Q1/6858 C12Q2531/125 C12Q2563/107

    Abstract: 本发明公开了一种超支化一锅法滚环扩增检测单核苷酸多态性的方法。结合超支化一锅法滚环扩增反应和无标记荧光检测,建立了一种灵敏度高和特异性好的单核苷酸多态性检测方法。方法利用了特异性的连接反应和强有力的目标DNA引导的支化滚环扩增反应,在一锅法的基础上引入第二引物,其能通过一锅法超支化滚环扩增反应进行有效的扩增并产生了不同长度的DNA产物,随后加入高灵敏的SYBR Green I染料进行荧光测量,提高了一锅法滚环扩增的灵敏度,方法可用于单核苷酸多态性的快速定量检测。

    一种用于茎环引物-滚环扩增反应的茎环引物以及茎环引物-滚环扩增的应用

    公开(公告)号:CN107760763A

    公开(公告)日:2018-03-06

    申请号:CN201711156103.7

    申请日:2017-11-20

    Applicant: 东南大学

    Inventor: 王进科 张贝贝

    CPC classification number: C12Q1/6844 C12Q2531/125 C12Q2525/301

    Abstract: 本发明公开了一种用于茎环引物-滚环扩增反应的茎环引物以及茎环引物-滚环扩增的应用,该茎环引物为一种具有双链茎部和单链环区的单分子链内发卡结构,通过茎环引物进行茎环引物-滚环扩增可以对核酸分子进行检测。本发明通过在滚环扩增反应中使用茎环引物开发了一种创新性的滚环扩增方法。该滚环扩增方法在核酸检测中具有卓越和独特的优点,包括在液相和固相中的灵活性检测、高通量和高灵敏度,在容易实现的恒定反应条件下进行自控的线性或指数扩增,并且可以在溶液中均相和快速地检测靶核酸分子。本发明茎环引物-滚环扩增方法克服了目前滚环扩增方法中的几乎所有的局限性。

    一种乳液中进行滚环扩增的数字核酸分析方法

    公开(公告)号:CN106929598A

    公开(公告)日:2017-07-07

    申请号:CN201710323897.5

    申请日:2017-05-04

    CPC classification number: C12Q1/6851 C12Q2531/125 C12Q2563/143 C12Q2563/149

    Abstract: 本发明提供了一种乳液中进行滚环扩增的数字核酸分析方法,本发明所述数字核酸分析方法是以引物标记的磁珠为载体,在乳液中发生滚环扩增反应,磁珠在反应后生成大量的扩增产物并捕捉与之互补的荧光标记引物,形成磁珠‑扩增产物‑荧光标记引物的复合物,反应后的乳液经破乳后收集反应磁珠,使用显微镜和流式细胞仪采集磁珠的荧光信号,通过对荧光磁珠数的计数实现对目标DNA的数字核酸分析。本发明所述的一种乳液中进行滚环扩增的数字核酸分析方法利用滚环扩增的优势缩短了时间、提高了效率,该方法为基因诊断和基因治疗等研究提供了一种工艺简单、信号稳定、具有较高的灵敏度与准确性的数字核酸分析手段。

    一种连接反应引发的超分支滚环扩增检测miRNA的方法

    公开(公告)号:CN106834508A

    公开(公告)日:2017-06-13

    申请号:CN201710162311.1

    申请日:2017-03-17

    Applicant: 武汉大学

    Abstract: 本发明公开了一种连接反应引发的超分支滚环扩增检测miRNA的方法,属于分子生物学和核酸化学领域。本发明方法主要由三部分组成;第一部分是5'端磷酸化的锁式探针的两末端与靶标miRNA互补配对后利用SplintR连接酶连接成环;第二部分是超分支滚环扩增,锁式探针成环后作为模板、靶标miRNA作为引物,在phi29 DNA聚合酶的作用下发生线性滚环扩增,通过引入二级引物,使线性滚环扩增沿着支链方向发展,达到信号进一步放大;第三部分是往滚环扩增产物中加入SYBR GREEN I染料进行检测。本发明操作简单、成本较低、体系单一、灵敏度高、无背景荧光信号干扰,适于复杂生物环境中miRNA的检测。

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