Abstract:
The present teachings provide DNA methylation quantification methods that avoid bisulfite treatment of DNA. Methylation-specific binding proteins (MeDNA binding proteins) and non-methylation specific binding proteins (non-MeDNA binding proteins) are employed in various embodiments to modulate the accessibility of nucleic acids to primer extension reactions. After selectively removing the target nucleic acids, the extension products can be analyzed and methylation quantitated. In some embodiments, the analysis comprises real-time PCR.
Abstract:
Un método para detectar un ARN pequeño maduro, comprendiendo el método: proporcionar una muestra que comprende una molécula de ARN pequeño que comprende aproximadamente 20-30 nucleótidos que se ha procesado a partir de un precursor de ARN más grande (ARN pequeño maduro); poliadenilar el extremo 3' del ARN pequeño maduro; realizar la transcripción inversa del ARN pequeño maduro poliadenilado usando un cebador de transcripción inversa universal, de modo que se forma así un ADNc del ARN pequeño maduro, en donde el cebador de transcripción inversa universal comprende una parte de poli(T) y una parte de cola, en donde la parte de cola comprende una parte de cebador universal; ligar un adaptador de ligadura universal al extremo 3' del ADNc en presencia de una férula de ligadura, en donde la férula de ligadura comprende una región terminal 3' que contiene de aproximadamente 3 nucleótidos a aproximadamente 6 nucleótidos que se hibridan con el extremo 3' del ADNc del ARN pequeño maduro y una región terminal 5' que se hibrida con el extremo 5' del adaptador de ligadura, de modo que se forma un producto de ligadura de ADNc; amplificar el producto de ligadura de ADNc usando un par de cebadores directo e inverso universales para formar un producto de amplificación; y detectar el producto de amplificación.
Abstract:
The present disclosure is drawn to methods for detection, quantitation and analysis of nucleotides of interest, for example SNPs, in nucleic acid sequences of interest using universal FRET-based reporter primers.
Abstract:
The present disclosure is drawn to methods for detection, quantitation and analysis of nucleotides of interest, for example SNPs, in nucleic acid sequences of interest using universal FRET-based reporter primers.
Abstract:
Disclosed herein are compositions, methods and kits for analyzing three-dimensional chromatin and/or chromosome conformation. Method are also disclosed for using the methods disclosed herein for diagnosing diseases such as cancer.
Abstract:
Un cebador oligonucleotidico que comprende una secuencia de etiqueta de Restriccion de amplificacion dirigida a secuencia (STAR) 5' y una secuencia de hibridacion del acido nucleico objetivo, en donde la secuencia de la etiqueta STAR es capaz de formar una estructura de tallo-lazo tras la extension del oligonucleotido a lo largo del acido nucleico objetivo, en donde la secuencia de la etiqueta STAR comprende una secuencia igual a la totalidad o a una parte de una parte de hibridacion del acido nucleico objetivo de un segundo cebador para usarse con el oligonucleotido en una reaccion de amplificacion, o en donde la secuencia de la etiqueta STAR es complementaria a todo o a una parte del sitio de union objetivo de un segundo cebador para usarse con el cebador oligonucleotidico en una reaccion de amplificacion; y en donde el cebador oligonucleotidico y el segundo cebador son un par de cebadores directo e inverso.
Abstract:
A method for quantitation of biological material in a biological sample is provided. The method includes receiving amplification data from amplification of a first and a second reference sample and receiving amplification data from amplification of a biological sample. The method further includes determining an efficiency from the received amplification data from amplification of the first and second reference sample. The method includes determining a relative PCR efficiency for the biological sample. Next, the method includes determining a quantity of biological material in the biological sample using the relative PCR efficiency.