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公开(公告)号：CN113764043B
公开(公告)日：2022-05-20
申请号：CN202111063261.4
申请日：2021-09-10
Applicant: 东北林业大学 , 电子科技大学长三角研究院(衢州)
Abstract: 基于位置特异性得分矩阵的囊泡转运蛋白识别方法及识别设备，本发明涉及囊泡转运蛋白识别方法及识别设备。本发明的目的是为了解决现有囊泡转运蛋白的识别方法效率低、成本高的问题。过程为：S1、获取蛋白序列数据文件；S2、基于S1生成位置特异性得分矩阵，并采用AATP算法从位置特异性得分矩阵中提取特征向量；S3、使用不平衡处理算法得到处理后的特征向量；S4、采用MRMD算法得到特征向量集合；S5、采用XGBoost作为分类器，并进行超参数优化；S6、得到训练好的分类器模型；S7、将待测数据集输入训练好的分类器模型得到分类结果，完成对囊泡转运蛋白的识别。本发明用于蛋白识别领域。
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公开(公告)号：CN119479784A
公开(公告)日：2025-02-18
申请号：CN202411539537.5
申请日：2024-10-31
Applicant: 东北林业大学
Abstract: 一种基于图神经网络的药物靶点亲和力预测方法，涉及一种药物靶点亲和力预测方法。为了解决现有方法存在药物靶点亲和力预测精度低的问题。本发明从药物原子图中学习药物全局特征；对正例蛋白质疏水图、正例蛋白质氢键图、正例蛋白质接触图提取氨基酸正例特征，进行融合池化得到氨基酸正例融合池化特征作为蛋白质全局特征；对药物原子图抽取子图得到药物子图特征作为药物局部信息；对正例蛋白质疏水图、正例蛋白质氢键图、正例蛋白质接触图抽取子图，得到蛋白质子图特征作为蛋白质局部信息。药物局部特征和药物全局特征拼接为药物特征，蛋白质局部特征和蛋白质全局特征拼接为蛋白质特征，二者拼接为药物‑蛋白质联合特征，用于药物靶点亲和力预测。
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公开(公告)号：CN117012382A
公开(公告)日：2023-11-07
申请号：CN202310581700.3
申请日：2023-05-22
Applicant: 东北林业大学
IPC: G16H50/30 , G16B40/00 , G06F18/22 , G06F18/214 , G06F18/243 , G06F18/25 , G06N3/0464 , G06N3/08
Abstract: 基于深度特征融合的疾病相关circRNA预测系统，本发明涉及疾病相关circRNA预测系统。本发明的目的是为了解决现有基于机器学习的方法只是将circRNA和disease的特征分别处理后进行简单的拼接，只关注网络中相邻结点的特征和本身的特征，没有将disease的特征信息与circRNA的特征信息进行整合，导致disease的特征与circRNA特征中的有效信息没有得到充分利用，对disease与circRNA的关联性预测准确率低的问题。系统包括：circRNA‑disease之间的关联关系获取模块、矩阵获取模块、circRNA整合相似性矩阵获取模块、disease整合相似性矩阵获取模块、局部特征提取模块、circRNA的全局特征提取模块、disease的全局特征提取模块、disease特征获取模块、circRNA特征获取模块、disease与circRNA的关联预测模块、待测模块。本发明用于生物信息领域。
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公开(公告)号：CN113611355B
公开(公告)日：2022-07-29
申请号：CN202110950026.2
申请日：2021-08-18
Applicant: 东北林业大学 , 电子科技大学长三角研究院(衢州)
Abstract: 基于氨基酸组成和蛋白质相互作用识别抗氧化蛋白方法，涉及医药技术领域，针对现有技术中根据序列信息预测的二级结构，使用PSI‑PRED等工具提取蛋白质二级结构信息的特征时，预测的蛋白质二级结构存在误差，进而导致抗氧化蛋白识别准确低的问题，本申请提出了一种全新的抗氧化蛋白识别方法，利用蛋白质‑蛋白质相互作用的特征和氨基酸的组成来表达抗氧化蛋白序列的特征，能够实现对抗氧化蛋白的准确识别，为相应蛋白质定位、疾病分析及药物研究提供了理论基础。本申请在处理不平衡的抗氧化蛋白数据时引入了多种不平衡数据处理方法，最终使用SMOTE算法处理数据得到的模型最优，优化了抗氧化蛋白的识别效果。
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公开(公告)号：CN118692557A
公开(公告)日：2024-09-24
申请号：CN202410892280.5
申请日：2024-07-04
Applicant: 东北林业大学
Abstract: 一种基于图神经网络的药物靶点亲和力预测方法，涉及一种药物靶点亲和力预测方法。为了解决现有方法存在药物靶点亲和力预测精度低的问题。本发明从药物原子图中学习药物全局特征；对正例蛋白质疏水图、正例蛋白质氢键图、正例蛋白质接触图提取氨基酸正例特征，进行融合池化得到氨基酸正例融合池化特征作为蛋白质全局特征；对药物原子图抽取子图得到药物子图特征作为药物局部信息；对正例蛋白质疏水图、正例蛋白质氢键图、正例蛋白质接触图抽取子图，得到蛋白质子图特征作为蛋白质局部信息。药物局部特征和药物全局特征拼接为药物特征，蛋白质局部特征和蛋白质全局特征拼接为蛋白质特征，二者拼接为药物‑蛋白质联合特征，用于药物靶点亲和力预测。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN118629507A
公开(公告)日：2024-09-10
申请号：CN202410670842.1
申请日：2024-05-28
Applicant: 东北林业大学
IPC: G16B40/00 , G16B30/10 , G06N3/0455 , G06N3/08 , G06F17/16
Abstract: 基于域分离网络的lncRNA m6A甲基化位点预测网络模型确定方法及预测方法，属于生物信息技术领域。本发明分别使用One‑Hot、核苷酸理化性质与频率、位置特异性k‑mer倾向三种编码方法进行序列编码，通过三个同构的网络，分别提取源域mRNA的私有特征、目标域lncRNA的私有特征，以及来自二者的共享特征；基于这些特征进行模型的训练，训练过程中，控制源域和目标域的共享特征的相似性损失获取到高质量共享特征，控制私有特征和共享特征的差异损失将二者分离，控制重构特征与原始特征的损失减少特征丢失。最后提取训练好三个同构的网络中的共享特征提取网络再连接一个分类器，得到用于lncRNA m6A甲基化位点预测的网络模型。
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公开(公告)号：CN117012382B
公开(公告)日：2024-08-23
申请号：CN202310581700.3
申请日：2023-05-22
Applicant: 东北林业大学
IPC: G16H50/30 , G16B40/00 , G06F18/22 , G06F18/214 , G06F18/243 , G06F18/25 , G06N3/0464 , G06N3/08
Abstract: 基于深度特征融合的疾病相关circRNA预测系统，本发明涉及疾病相关circRNA预测系统。本发明的目的是为了解决现有基于机器学习的方法只是将circRNA和disease的特征分别处理后进行简单的拼接，只关注网络中相邻结点的特征和本身的特征，没有将disease的特征信息与circRNA的特征信息进行整合，导致disease的特征与circRNA特征中的有效信息没有得到充分利用，对disease与circRNA的关联性预测准确率低的问题。系统包括：circRNA‑disease之间的关联关系获取模块、矩阵获取模块、circRNA整合相似性矩阵获取模块、disease整合相似性矩阵获取模块、局部特征提取模块、circRNA的全局特征提取模块、disease的全局特征提取模块、disease特征获取模块、circRNA特征获取模块、disease与circRNA的关联预测模块、待测模块。本发明用于生物信息领域。
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公开(公告)号：CN113764045B
公开(公告)日：2022-05-06
申请号：CN202111056316.9
申请日：2021-09-09
Applicant: 东北林业大学 , 电子科技大学长三角研究院(衢州)
Abstract: 基于XGboost算法的DNA结合蛋白识别方法、系统、存储介质及设备，属于计算机与蛋白质识别结合技术领域。本发明为了解决现有的DNA结合蛋白识别方法存在不能兼顾通用性和识别准确率的问题。本发明利用DNA结合蛋白识别分类器对待识别的DNA结合蛋白进行识别；DNA结合蛋白识别分类器的确定过程中，首先获取处理的DNA结合蛋白特征数据集；采用不同的提取算法提取DNA结合蛋白数据集的数据特征，得到多个特征文件；并将不同特征提取算法提取的序列特征矩阵拼接起来，得到拼接后的特征矩阵；然后对生成的特征矩阵进行规范化处理，使用MRMD算法矩阵进行降维处理；最后使用XGboost算法构建并训练DNA结合蛋白识别分类器模型。主要用于DNA结合蛋白的识别。
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公开(公告)号：CN206441072U
公开(公告)日：2017-08-25
申请号：CN201720153183.X
申请日：2017-02-21
Applicant: 东北林业大学
Inventor： 赵玉茗
Abstract: 本实用新型公开了一种基于物联网的医院专用病史信息检索终端，包括机体、控制器、触控屏和二级显示屏，所述机体上面安装有所述触控屏，所述触控屏内部安装有所述控制器，所述控制器一侧设置有打印机，所述触控屏下面设置有身份信息读卡器，所述身份信息读卡器一侧设置有医保卡读卡器，所述医保卡读卡器一侧设置有指纹识别器，所述触控屏上方设置有摄像头，所述摄像头一侧设置有语音播报器，所述机体顶部安装有网络连接器。有益效果在于：病人及家属均可对病人病史进行查询，还可通过扫描二维码后进行手机快速查询，同时医生将病人近期病症输入后，与该病症相关的所有病史均会自动检索并显示在所述触控屏上，方便医生查看。
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公开(公告)号：CN206515818U
公开(公告)日：2017-09-22
申请号：CN201720153219.4
申请日：2017-02-21
Applicant: 东北林业大学
Inventor： 赵玉茗
IPC: G06F15/02
Abstract: 本实用新型公开了一种交通违章信息自动检索机，包括安装底板、中央处理器、电机、摄像头，所述安装底板上端安装有立柱，所述立柱内部安装有所述电机，所述电机轴端安装有丝杠，所述丝杠外侧安装有移动套筒，所述移动套筒上端安装有支撑座，所述支撑座上端安装有壳体，所述壳体内部安装有所述中央处理器，所述中央处理器上表面上部安装有液晶显示屏，所述中央处理器上表面下部一侧安装有键盘，所述中央处理器上表面下部另一侧安装有调节键，所述壳体一侧安装有通信接口，所述壳体前侧安装有所述摄像头。有益效果在于：能够快速输入信息进行违章查询，同时能够根据使用人员的身高进行高度调节，满足不同人的使用需求。
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